一、东北红豆杉内生真菌的多样性（论文文献综述）
张智慧[1]（2021）在《东北红豆杉产紫杉醇内生真菌Alternaria alternata F3的分离鉴定及体外抗癌活性研究》文中进行了进一步梳理东北红豆杉（Taxus cuspidata）是红豆杉科红豆杉属植物的一种,主要分布在中国东北、日本、韩国、朝鲜和俄罗斯远东,因其能产生一线抗癌药物紫杉醇而受到广泛关注。红豆杉是我国珍稀濒危保护树种,其紫杉醇含量极低。传统方法从红豆杉树皮中提取分离紫杉醇,对植物资源造成了严重破坏。寻找紫杉醇新的药源途径是本领域的研究热点。与从植物中提取的传统方法相比,微生物发酵法具有不受植物生长季节、地域限制、容易进行遗传操作和规模化生产等优点,成为获取紫杉醇的重要研究方向。内生真菌是指生活在健康宿主的内部组织中,能够与植物长期共存生活,通常不会对植物本身带来任何损害或疾病,且能够产生与其宿主相同或相似结构的代谢产物的微生物。因此内生真菌可以作为次级代谢产物的重要来源。本研究拟从东北红豆杉植株中分离纯化内生真菌,通过薄层色谱（TLC）、高效液相色谱（HPLC）和超高效液相—质谱联用（UPLC-MS/MS）筛选到可以产紫杉醇的内生真菌,并对内生真菌发酵培养条件优化,使内生真菌紫杉醇的产量最大化;并对产紫杉醇内生真菌发酵液提取物的抗癌活性进行研究。主要研究结果如下:1.从东北红豆杉的根、茎、叶、果实不同组织中,共分离纯化得到84株内生真菌。依据《真菌鉴定手册》对内生真菌分类,并结合分子生物学方法鉴定其种属,其主要分为以下10个种属:镰刀菌属（Fusarium sp.）,附球胞属（Epicoccum sp.）,派伦霉属（Peyronellaea sp.）,链格胞属（Alternaria sp.）,单梗双胞霉属（Didymella sp.）,茎点霉属（Phoma sp.）,类壳小圆孢（Paraconiothyrium sp.）,地霉属（Geotrichum sp.）,盾壳霉属（Coniothyrium sp.）,轮层炭壳属（Daldinia sp.）。2.通过TLC、HPLC和UPLC-MS/MS方法对分离得到的内生真菌二氯甲烷提取物进行分析,鉴定内生真菌粗提物是否含有紫杉醇。利用TLC检测,以氯仿/甲醇（5:1,v/v）为展开剂,利用UV254nm显色,发现一株果实中分离出的内生真菌F3粗提物与紫杉醇标准品在同一位置具有相同颜色的斑点,Rf值为0.75;利用HPLC对该真菌发酵液提取物进一步分析,确定了 HPLC检测条件:色谱柱:HiQ sil C18W（4.6 mm×250 mm,5μm）,柱温30℃,流动相为乙腈和水,检测波长:227 nm,流速为1 mL/min,内生真菌F3提取物与紫杉醇标准品在26.7 min出现相同的色谱峰;利用UPLC-MS/MS对F3真菌发酵液提取物中紫杉醇进行鉴定,其在1.7 min可以产生和紫杉醇同样的m/z为876的一级母离子,对该峰进一步分析,F3真菌发酵液提取物和紫杉醇标准品同样可以产生m/z308的二级子离子峰,证明该内生真菌F3可以特异性产紫杉醇。通过形态学观察和ITS基因序列鉴定分析,比对序列同源性,确定了 F3菌株为链格孢菌Alternaria alternata。3.通过单因素试验,考察了不同发酵培养基,不同接种量,培养基不同初始pH,不同培养温度,不同的培养时间对内生真菌Alternariaalternata F3紫杉醇产量的影响;通过Plackett-Burman试验和中心组合设计（CCD）试验,筛选最佳的前体与诱导子的种类和浓度。最终优化出该真菌的最佳培养条件:在YPD培养基中,接种量2%,培养基初始pH 6.0,培养温度28℃,在培养基中添加乙酸钠0.1 g/L,水杨酸0.25 g/L,硝酸银0.00125 g/L;在最佳培养条件下,紫杉醇的产量195.4±0.23 μg/L,是基础培养条件的2.17 倍。4.采用MTT法,探究了内生真菌Alternaria alternata F3发酵液二氯甲烷提取物对肺癌A549和宫颈癌HeLa细胞存活率的影响。实验结果表明,F3真菌发酵液提取物对A549和HeLa细胞存活率的抑制作用呈时间和剂量依赖性;不同浓度F3真菌发酵液提取物处理 A549,其 IC50在 24 h、48h、72 h 分别为 26.36 μg/mL、23.89 μg/mL 和 15.95μg/mL;当用相同浓度F3真菌发酵液提取物处理Hela细胞时,其IC50在24 h、48h、72 h 分别为 14.24 μg/mL、11.15 μg/mL 和 11.70 μg/mL。综上所述,本研究通过对东北红豆杉内生真菌分离,共分离出84株内生真菌,筛选出一株特异性产紫杉醇内生真菌Alternaria alternata F3。通过发酵条件优化,提高紫杉醇的产量。通过对真菌紫杉醇提取物的抗癌活性研究,证实了真菌发酵液提取物对A549和HeLa细胞的存活率具有显着的抑制作用。本试验为未来利用分子生物学方法改良和培育新型的产紫杉醇内生真菌品种,提供了菌株基础,为未来利用微生物发酵法工业化生产紫杉醇奠定了基石。本论文的研究成果丰富了紫杉醇新的药物来源,值得开发利用。
李弘琨[2]（2021）在《东北红豆杉内生真菌多样性与紫杉烷积累的相关性规律解析及其高产菌株的应用》文中指出红豆杉是地球上濒临灭绝的天然抗癌植物,是经过了 250万年的古老孑遗树种,有植物界“活化石”之称。红豆杉植物中含有多种生物活性的代谢产物,如紫杉烷类、生物碱类、黄酮类、有机酸类、苯丙素类、木脂素类、萜类等,其中紫杉醇因活性强、抗癌机制独特成为世界各国医院首选的一线广谱抗癌药物的原料药。自然条件下红豆杉生长速度缓慢,再生能力差,并且红豆杉中紫杉醇浓度约为0.02-0.069%,市场供不应求,原料短缺问题日益严峻。自上世纪90年初Stierle等首次获得产紫杉醇的内生真菌,植物内生真菌成为筛选新的具有生物活性代谢产物的重要来源,以期代替繁琐而低效的“不可持续的资源利用方式”。据报道,内生真菌种群的生物多样性和产与宿主相同成分的次生代谢产物多样性,对宿主植物化合物的产生、积累及其他生命活动起着重要的作用。本研究以东北红豆杉（Taxus cuspidata Sieb.et Zucc.）为研究对象,利用UPLC-Q Exactive Focus Orbitrap/MS技术对东北红豆杉的整体代谢成分进行快速、全面的成分分析。结合UPLC-MS/MS技术对东北红豆杉四个器官的紫杉烷标志性代谢物进行定量比较,并系统地研究内生真菌生物多样性及与宿主植物紫杉烷类代谢产物的相关性,建立新的策略来筛选具有产生生物活性的菌株并探究内生真菌在不同部位紫杉烷差异代谢形成中的作用,为东北红豆杉植物与内生真菌的进一步开发利用提供科学依据。本论文主要研究内容及结果如下:1、首次系统地对东北红豆杉不同器官内生真菌进行分类鉴定及种群多样性分析从东北红豆杉4个器官部位（根部、枝条、针叶、果实）共分离出内生真菌262株,其中根部内生真菌98株,枝条中内生真菌86株,针叶中内生真菌69株,果实中内生真菌9株,通过核糖体DNA中的内转录间隔区（ITS）序列Blast比对并对分离得到的内生真菌构建系统发育进化树,聚类到真菌界子囊菌门Ascomycota的4纲10目14科17属。器官对东北红豆杉内生真菌组成、优势类群（目、属、种水平上）的分布有显着的影响,其中仅4个种属为四个组织共有;果实中的内生真菌多样性及丰度最低,7个种属为根部、枝条、针叶三个组织共有;3个种属为根部和枝条两个器官共有;头孢菌属（Cephalosporium sp.）为仅枝条和针叶两个器官共有。本研究中木霉属Trichoderma表现出根部组织专一性;Eurotiales、Pleosporales和Hypocreales为最优势目;Penicillium、Aspergillus、Alternaria、Fusarium、Xylaria、Botrytis、Phoma和Trichoderma最优势属的分布具有显着的组织特异性。器官对东北红豆杉内生真菌多样性及丰度也有显着的影响,根部和枝条中内生真菌物种丰富度分别是针叶的1.91-2.36倍;果实的17.19-21.37倍;针叶的丰度约果实的9倍;多个优势菌种不同程度地体现出显着的组织特异性。2、植物代谢组学对东北红豆杉整体代谢成分的研究全面分析了东北红豆杉的代谢成分,结合一级、二级质谱及裂解规律确定了 12466个离子特征,对应5498个具有注释的潜在代谢物,初步鉴定了 239个化合物,包括紫杉烷类、黄酮类、萜类、生物碱类、有机酸类、苯丙素类、甾体类、糖类及氨基酸类等。主成分分析（PCA）表明根部和枝条间的代谢物差异较小,具有相同或相似的代谢成分;与针叶和果实间的代谢物差异明显。这些代谢产物参与了 80条代谢途径,主要包括柠檬酸循环（TCA循环）、氨基糖和核苷酸糖的生物合成途径、苯丙氨酸代谢途径、萜类骨架生物合成途径、脂肪酸生物合成途径、苯丙烷生物合成途径、甾体生物合成途径、花青素生物合成类黄酮生物合成途径、黄酮和黄酮醇生物合成途径、异喹啉生物碱生物合成途径等。东北红豆杉中紫杉烷总量最高,紫杉烷类化合物分布在红豆杉植物全身,且不同部位的含量和种类分布差异较大。对紫杉醇途径前体物质、中间产物和紫杉烷类代谢物进行差异分析,结合UPLC-MS/MS对器官的标志性代谢物进行定量比较,对7个目标紫杉烷类化合物进行分析检测,推测紫杉烷类物质在器官部位中合成,运输和积累的方式。3、东北红豆杉不同器官紫杉烷差异代谢物与内生真菌的相关性分析采用Pearson分析对东北红豆杉紫杉烷类化合物与内生真菌之间的相关性进行评估,东北红豆杉内生真菌菌群结构物种丰富度（H’）与宿主植物常见的七种紫杉烷类化合物的相关性显着,并且发现优势菌与含量之间存在正相关性;显着性差异的优势菌种对特有的紫杉烷代谢产物（紫杉醇途径前体物质、中间产物和其他紫杉烷类化合物等）中的21个差异化合物的峰面积之间存在一定的正相关和负相关关系,说明内生真菌对东北红豆杉化合物积累、产生及其他生命活动起着重要的影响作用;通过多元线性回归分析模型对东北红豆杉内生真菌优势菌属与紫杉醇等化合物含量进行评估,验证优势菌和紫杉烷含量的密切关系,建立新的策略来筛选具有产生物活性的菌株并探究内生真菌在不同部位紫杉烷差异代谢形成中的作用。4、东北红豆杉内生真菌R8-3-4的发酵工艺优化及应用通过PCR扩增生物合成关键酶基因和UPLC-MS/MS的MRM模式从东北红豆杉根部的内生真菌筛选出能产生与宿主相同次生代谢产物的目标菌株。以R8-3-4菌株为研究对象,考察不同因素对10-脱乙酰基巴卡亭Ⅲ（10-DAB）产量的影响,对发酵培养条件、发酵液中诱导子添加量进行优化。最优生产发酵条件为:PDB培养基、葡萄糖为碳源、硫酸铵为氮源,初始pH 6.0、温度30℃、转速160 r/min、培养14天、CuSO4 0.10 mg/L,水杨酸10 mg/L,乙酸钠8 g/L,发酵优化培养后R8-3-4菌株产10-DAB产量为983.41μg/L,是未优化前产量的2.96倍。利用磁固定化技术对优化后Penicillium oxalicum R8-3-4菌株进行半连续生产应用,经过五次循环在5 L生物反应器中10-DAB最终总浓度达到4873.08 μg,以使10-DAB的产量最大化,有望解决紫杉醇类药物的供需矛盾,从而在商业规模上实现巨大的经济可持续预期的可能性。
姚凯[3]（2020）在《蛇足石杉内生真菌的多样性分析及与石杉碱甲含量的关联分析》文中进行了进一步梳理蛇足石杉（Huperzia serrata（Thunb.ex Murray）Trev.）是一种多年生药用蕨类植物,生活史漫长而复杂。其体内的生物碱—石杉碱甲（Hup-A）是世界上治疗阿尔兹海默症的重要药物之一。蛇足石杉生长缓慢,且石杉碱甲含量极低,随着巨大的需求压力和持续的采挖,导致蛇足石杉野生资源枯竭,濒临灭绝。已有的研究表明蛇足石杉含有丰富的内生真菌,内生真菌在蛇足石杉的生长发育与石杉碱甲的代谢合成途径中具有重要作用。本研究建立蛇足石杉内生真菌资源库,探究蛇足石杉内生真菌不同组织部位多样性差异、不同月份的菌群动态变化,分析蛇足石内生真菌与石杉碱甲含量之间的关联性,为调控蛇足石杉生长季节中石杉碱甲的生物合成提供依据。本研究的研究内容和结论如下:（1）采集一年中不同月份蛇足石杉的根、茎、叶,从中分离出95株内生真菌。根部分离出19株,茎部分离出43株,叶片分离出33株,茎分离出的内生真菌最多;鉴定到种水平的有64株,鉴定到属水平的有21株,鉴定到科水平的有7株,其余的鉴定到纲水平及以上;67.37%的菌株鉴定到种,22.11%的菌株鉴定到属。其中,镰刀菌属（Fusarium spp.）、青霉属（Penicillium spp.）、粘帚霉属（Clonostachys spp.）是蛇足石杉可分离真菌的优势真菌,各占比29.47%、15.79%、16.84%。（2）通过高通量扩增子测序,从36个样品在属水平鉴定到了3566株内生真菌。其中,Cladophialophora（占总相对丰度的8%）、Sebacina（占总相对丰度的3%）、Cladosporium（占总相对丰度的2%）三个属的丰度最高。Alpha多样性、Beta多样性分析分析、物种差异分析等结果表明:（1）不同组织部位样品组间真菌差异性较大,茎和叶的内生真菌多样性高于根的内生真菌多样性;其中Cladophialophora在不同的组织部位都有较高的丰度,Sebacina是根与茎样品组间共有的丰度较高的真菌,Cladosporium是根部样品特有的一类丰度很高的真菌。（2）5月样品组的内生真菌多样性显着高于8月样品组的内生真菌多样性,内生真菌多样性为M5>M11>M2>M8。从属水平上看,Russula是5月样品组中特有的内生真菌,Cladophialophora是所有月份样品都含有的一个丰度较高的属;LEf Se分析结果表明,Dioszegia、Purpureocillium、Candida Hyderabadensis、Halosphaeriaceae等在不同月份样本组间相对丰度差异显着。（3）通过蛇足石杉内生真菌和石杉碱甲含量的关联分析,表明蛇足石杉中石杉碱甲含量分布为叶>茎>根;不同月份,同一组织部位在11月的石杉碱甲含量最高。RDA分析得出蛇足石杉叶组织中不同月份石杉碱甲含量的变化与叶中内生真菌的多样性有密切关系。关联网络分析结果表明蛇足石杉内生真菌中有13个属（相关性由大到小排列,Strelitziana、Devriesia、Articulospora、Derxomyces、Cyphellophora、Trechispora、Kurtzmanomyces、Capnobotryella、Erythrobasidium、Camptophora、Stagonospora、Lachnum、Golubevia）与石杉碱甲含量呈现极显着的正相关（p<0.01）,推测这13个属的内生真菌可能与石杉碱甲的生物合成有关,其中Strelitziana（Spearman Coef系数为0.776542）与蛇足石杉中石杉碱甲含量相关性最大。
蒋楸月[4]（2020）在《长白山苔原带笃斯越桔内生真菌多样性及其代谢产物的研究》文中提出笃斯越桔（Vaccinium uliginosum Linn.）是长白山苔原带的优势植被之一,因其生长在海拔2000—2500m的高山环境条件下,生长季节短,一年内大部分时间生长在寒冷或积雪环境条件下。根据达尔文的“适者生存”的进化机制,笃斯越桔在长白山高山苔原带的逆境条件下一定拥有其内在抗逆适应机制。作为植物体内无所不在的共生物,内生真菌在笃斯越桔的适应进化过程中一定起着非常重要的作用。因受长白山自然保护区严格生物多样性保护管理措施的限制,长白山苔原带笃斯越桔内生真菌还未见有系统的研究报道。作为长白山森林生态系统的重要组成部分,植物内生真菌的功能还未得到深入阐述。另外,随着越来越多的植物内生真菌的药用代谢产物资源的发现,对特殊生境下的笃斯越桔内生真菌的研究则更有现实研究意义。因此,本文于2018和2019年的生长季节对长白山苔原笃斯越桔进行了植株样品采集,并利用组织学分离鉴定技术和高通量测序技术相结合的方法,对不同时期、不同海拔的长白山苔原带笃斯越桔不同组织部位的内生真菌多样性进行了调查分析。此外,笃斯越桔中可分离出大量有效活性成分。鉴于内生真菌通过发酵等方式可产与寄主植物相同或相似的代谢产物,因此,本文又利用高通量测序技术对笃斯越桔内生真菌产具有较高药用价值的黄酮类等化合物的特性进行了分析,并对分离得到的笃斯越桔内生真菌产黄酮类化合物能力进行了检测,具体研究结果如下:1.从不同时期、不同海拔采集的150份长白山苔原带笃斯越桔样品的不同部位中,共分离到775株内生真菌,通过形态学和分子生物学鉴定,这些内生真菌分属于4门、21目、31科、48属。通过比较不同时期、不同部位、不同海拔采集分离得到的笃斯越桔内生真菌的数量和种类,发现其内生真菌的数量和种类上均呈现一定的分布规律。其中,笃斯越桔内生真菌在不同时期的分布规律是8月份内生真菌的数量和种类最多,9月份次之,7月份最少。不同部位的分布规律是从笃斯越桔茎部分离得到的内生真菌的数量高于叶片,且内生真菌在茎中的定殖率和分离率均比叶片中的高。不同海拔梯度的分布规律是随海拔的上升,分离到的笃斯越桔内生真菌数量和种类均呈下降趋势。2.通过分离频率（RF）对所分离到的笃斯越桔内生真菌的优势菌进行分析。结果显示,笃斯越桔中分离到的的优势菌属为链格孢属（Alternaria）和镰孢菌属（Fusarium）,这两种菌属的分离频率分别为16.90%、14.06%。3.通过Shannon-Wiener多样性指数、Margalef丰富度指数和Sorenson相似性系数对不同海拔梯度的笃斯越桔内生真菌的物种多样性和相似性进行分析。Shannon-Wiener多样性指数结果显示,随着海拔的升高,笃斯越桔内生真菌的多样性指数逐渐下降,海拔在2000-2100m下,笃斯越桔内生真菌的多样性指数最高。Margalef丰富度指数结果与Shannon-Wiener具有相同的规律,即在2000-2100m海拔下,笃斯越桔内生真菌的丰富度指数最高。Sorenson相似性系数结果显示,不同海拔笃斯越桔的内生真菌具有一定的相似性,且海拔高度接近的,其内生真菌的相似度较高。4.通过Illumina高通量测序技术,共获得10G的数据量,经过滤后共获得45,298,621条reads,Q20值为97.84%,GC含量为40.64%,表明测序质量良好,可用于后续对长白山苔原带笃斯越桔内生真菌的物种多样性分析和功能注释。5.根据高通量测序的结果,通过Nr数据库对长白山苔原带笃斯越桔内生真菌多样性进行分析,结果显示,从笃斯越桔中共检测到的内生真菌分属于8门、40纲、96目、225科、416属、790种。其内生真菌群主要由嗜根菌属（Rhizophagus）、Hyaloscypha、瓶头霉属（Phialocephala）、蝾螈壶菌（Batrachochytrium）、柄锈菌属（Puccinia）、暗膜菌属（Amorphotheca）、瓶霉属（Phialophora）、Baudoinia、曲霉属（Aspergillus）、假裸囊菌属（Pseudogymnoascus）等组成。6.通过KEGG数据库和CAZy数据库对长白山苔原带笃斯越桔的内生真菌产黄酮类等代谢产物的特性进行注释分析。经KEGG数据库对比结果显示,与黄酮类化合物合成相关的代谢通路有1条,与萜类化合物合成相关的代谢通路有3条。经CAZy数据库对比结果显示,在GTs家族中的GT1中注释到了与黄酮类化合物合成直接相关的基因。7.对笃斯越桔内生真菌产黄酮类化合物进行检测。结果显示,所检测的内生真菌均可产黄酮类化合物,其中,Fusarium菌株经发酵后产黄酮类化合物的量最高,其发酵菌丝体中黄酮类化合物的含量为6.13mg/g,而Alternaria菌株产黄酮类化合物的量最低,为2.23mg/g。
董明珠,王立涛,吕慕洁,孟冬,杨春雨,赵春建,付玉杰,杨清[5]（2020）在《濒危植物野生东北红豆杉群落特征及保护策略》文中进行了进一步梳理以长白山自然保护区野生东北红豆杉种群为研究对象,在野生东北红豆杉的主要分布区设置4块标准地（50 m×50 m）,运用群落生态学方法统计野生东北红豆杉的树木特征（树高、胸径、冠幅等）,立地条件,林分状况等,分析野生东北红豆杉在分布地区的群落物种多样性特征。所调查的4个样地共有木本植物32种,隶属17科24属,草本植物53种,隶属于23科41属。不同样地的Simpson指数和Shannon指数变化一致,样地C4的均匀度Pielou指数为草本层>灌木层>乔木层,其余的样地均为灌木层>乔木层>草本层。Margalef丰富度指数显示,除了样地C4的草本层物种丰富度最大之外,其余3个样地都是乔木层物种丰富度指数最大。在4个样地中,野生东北红豆杉的重要值偏低,在群落中不占优势。野生东北红豆杉所在的群落主要以红松、长白鱼鳞云杉、紫椴等针阔叶树种组成的混交林。根据这种现象,提出了野生东北红豆杉的保护策略,为野生东北红豆杉资源的保护、繁育和利用提供了合理建议和有效途径。
陈海敏[6]（2020）在《丹参伴生微生物组及其优势种调控丹参酮合成的机制研究》文中认为丹参是一种重要的根茎类药材,其主要药用成分丹参酮和丹酚酸的合成受到伴生微生物的调控。但是关于丹参种子和根系伴生微生物组的结构、装配规律的研究还鲜有报道,对伴生微生物组的优势种调控丹参次生代谢的研究还不够深入。因此,论文拟通过扩增子和宏基因组测序等分析技术,解析丹参种子核心微生物组,研究根系微生物组的结构、装配规律和种群动态,并比较紫花丹参与白花丹参根际和内生微生物组的结构差异与功能特征,同时利用无菌组培苗共培养体系研究部分优势种调控丹参酮合成的机制,为揭示微生物在丹参药材品质形成中的作用提供理论依据。主要研究结果如下:1.丹参种子核心微生物组的优势属主要包括泛菌属（Pantoea）和假单胞菌属（Pseudomonas）和链格孢属（Alternaria）,核心微生物组富集与萜类代谢相关的功能,是丹参次生代谢调控的基因储备库。2.丹参种子内生真菌草茎点霉（Phoma herbarum）D603具有产IAA、溶磷和产铁载体等活性,可以定殖于丹参根部细胞间隙或表面,促进其生长和根系发育,并通过刺激DXS、HMGR、GGPPS、CPS、KSL和CYP76AH1等关键基因的上调表达,促进丹参酮的合成,提高丹参药用成分的含量。3.生长在不同土壤中的同种紫花丹参,根际共同富集固醇杆菌属（Steroidobacter）、苯基杆菌属（Phenylobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）等9个细菌属,角担菌属（Ceratobasidium）、小光壳属（Leptosphaerulina）、球囊霉属（Glomus）等5个真菌属。随着丹参的物候期的变化,根际微生物组中γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）和座囊菌纲（Dothideomycetes）的相对丰度急剧下降,α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）变化不大,β-变形菌纲（Betaproteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（Actinabacteria）和粪壳菌纲（Sordariomycetes）的丰度也都显着提高,每个生长阶段都有其独特的优势类群。丹参种际和根际共有优势细菌属包括假单胞菌属（Pseudomonas）、新鞘氨醇杆菌属（Novsphingo-bium）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）,而共有优势真菌属有茎点霉属（Phoma）、枝孢霉属（Cladosporium）和镰孢霉属（Fusarium）。4.紫花丹参根际富集节担菌属（Wallemia）和被孢霉属（Mortierella）,而白花丹参根际富集鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、枝孢菌属（Cladosporium）和沃德霉属（Wardomyces）。紫花丹参根部内生组织主要富集Ohtaekwangia属、球囊霉属（Glomus）、斗管囊霉属（Funneliformis）、根孢囊霉属（Rhizophagus）和近明球囊霉属（Claroideoglomus）,而白花丹参则富集纤维弧菌属（Cellvibrio）、鞘脂菌属（Sphingobium）、固醇杆菌属（Steroidobacter）和油壶菌属（Olpidium）。两种丹参根际微生物组中富集与宿主根系分泌物分解相关的ABC转运蛋白,碳代谢、氨基酸合成与代谢、脂肪酸代谢和植物与微生物互作相关的鞭毛组装、细菌趋化性、双组分系统等功能特征。5.丹参根际微生物组优势种极细枝孢霉（Cladosporium tenuissimum）DF11可以定殖于丹参根部组织细胞间隙,通过调控丹参酮合成通路中的HMGR、DXS、DXR、GGPPS、CPS和CYP76AH1等关键基因的上调表达,促进丹参酮的生物合成,从而提高丹参根部的丹参酮含量。6.丹参根际真菌可培养优势种支顶孢霉（Acremonium sp.）DF2、卷枝毛霉（Mucor circinelloides）DF20、土曲霉（Aspergillus terreus）DF23和歧皱青霉（Penicillium steckii）DF33等根际可培养优势种都能产IAA,都可以定殖于丹参根部细胞间隙,并通过调控DXS、DXR、HMGR、GGPPS、CPS、KSL、CYP76AH1等关键基因的上调表达,大部分基因的表达水平都在菌株定殖后第1周或第2周达到响应高峰,各菌株对隐丹参酮和丹参酮IIA合成的促进效果比较显着。本研究通过对丹参种子和根系微生物组的结构解析,初步阐明了丹参伴生微生物组的群落结构、装配规律和种群动态,揭示了紫花和白花丹参根系微生物组的结构和功能特征的异同点。还从丹参种子和根际伴生微生物组中发现了几株能促进丹参酮合成的优势种,它们都可以定殖于丹参根部,并通过刺激关键基因的上调表达促进丹参酮的合成与积累,从而提高丹参药材的品质。研究结果为阐明丹参伴生微生物在调控次生代谢和品质形成中的重要作用以及丹参优质栽培和道地性成因提供了理论指导。
王欣宇[7]（2020）在《特异性产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的筛选及初步应用》文中进行了进一步梳理木质纤维素类生物质是自然界中最丰富的可再生资源,也是唯一存在的能够同时为人类提供液体、气体以及固体燃料的可再生资源,并且可以利用木质纤维素作为原料生产多种产品,有重要的社会经济效益。在自然界中,纤维素的降解主要通过微生物完成,微生物可以产生纤维素酶,其中真菌是目前发现的对纤维素降解最有潜力的微生物。因此本论文以筛选具有降解纤维素功能的红豆杉内生真菌为主要研究内容。本研究由健康的东北红豆杉根、茎、叶中分离纯化得到了 164株内生真菌,通过纤维素刚果红透明圈实验初筛得到六株有降解纤维素能力的内生真菌,又通过测定纤维素酶活力对这六株菌株进行了复筛,筛选出一株产纤维素酶活性最高的菌株,并结合形态学和分子生物学特征对其进行了鉴定。对筛选出的产纤维素酶活性最高的菌株进行产酶条件优化,之后在最佳产酶条件下考察其金花葵秸秆废弃物中纤维素的降解效果,为其在降解农林废弃物的应用提供科学依据。研究结果如下:1、筛选出一株产纤维素酶活力最高的东北红豆杉内生真菌,并对其进行分类鉴定:利用纤维素刚果红透明圈实验和纤维素酶活力测定实验,筛选到一株高产纤维素酶的东北红豆杉内生真菌R4。结合形态学和分子生物学,鉴定出该菌株属于青霉菌Penicillium oxalicum,并将菌株R4作为后续实验菌株。2、优化了培养基氮源、pH、培养温度、培养时间等条件,确定了内生真菌R4产纤维素酶的最佳发酵培养条件。最佳工艺参数为:使用PDB培养基,以1%金花葵废弃秸秆粉末为碳源,以硫酸铵为氮源,发酵初始pH为5.0,在34℃,160 rpm条件下培养77 h。在此工艺条件下对内生真菌R4进行培养,其纤维素酶产率最高,滤纸酶活力、内切葡聚糖酶活力、β-葡萄糖苷酶活力分别可以达到1.45 U/mL、5.27 U/mL、6.34 U/mL。3、考察了 R-4菌株对金花葵秸秆废弃物中纤维素降解效果。在液固比20:1条件下,考察和对比了 R4对纤维素降解的效果,研究结果表明:R4菌株对纤维素的降解非常有效,其降解率可达57.11%,此时还原糖含量达到26.95%,红外光谱结果表明R4菌株处理过的金花葵秸秆粉末中有部分纤维素的内部官能团受到破坏,表明R4具有特异性降解纤维素的能力。综上,本论文首次筛选获得一株特异性降解纤维素的东北红豆杉内生真菌,并用其处理天然木质纤维素原料金花葵秸秆粉末中的纤维素,其纤维素的降解率较高且对半纤维素和木质素几乎无影响。该方法具有耗时短,反应条件温和,环保,成本低,易于工业化等优点,因此,红豆杉内生真菌R4是一株有望于工业应用的菌株,为农林废弃物的有效利用提供了新思路。
白肖[8]（2020）在《曼地亚红豆杉繁殖体系建立及紫杉醇产生菌分离鉴定》文中进行了进一步梳理曼地亚红豆杉（Taxus×media Rehder）是以欧洲红豆杉（Taxus baccata）为父本,东北红豆杉（Taxus cuspidata）为母本的红豆杉科（Taxaceae）红豆杉属（Taxus）天然杂交种,其生长速度快,约为国内红豆杉（中国红豆杉、云南红豆杉等）生长速度的3～7倍。曼地亚红豆杉为常绿针叶树种,树形优美,萌芽力强,耐修剪。秋季果实成熟,种子被鲜红色的假种皮包裹,与绿色针叶相配,呈现出红绿相间的景色,具有较高的园林绿化、美化价值。从药用价值来说,曼地亚红豆杉在红豆杉属植物中紫杉醇含量较高,但目前受到一些不法分子的破坏导致野生资源极其匮乏,因此,建立高效快速的繁殖体系以及寻找紫杉醇产生菌,不再以破坏红豆杉资源为代价,具有重要的现实意义。本研究以曼地亚红豆杉茎段为材料,进行扦插繁殖和组织培养繁殖,建立了曼地亚红豆杉快速繁殖体系;同时从曼地亚红豆杉茎段、叶片、树皮、种子等部位分离鉴定内生菌,初步筛选紫杉醇产生菌。主要研究结果如下:（1）以IBA、NAA、ABT-1号为曼地亚红豆杉扦插繁殖生根剂,筛选最适生根剂及浓度。结果表明,IBA对插条生根的促进作用优于NAA和ABT-1号,400 mg/L IBA是曼地亚红豆杉扦插生根的最适浓度,生根率达79.17%。（2）以曼地亚红豆杉当年生带芽茎段为外植体进行组织培养,结果表明,以MS为基本培养基时,最适合曼地亚红豆杉初代培养的植物生长调节剂组合为NAA 1.0 mg/L+6-BA 0.1 mg/L;最适合初代培养的基本培养基是WPM培养基;继代培养的最适培养基为MS（有机物加倍）+1.0 mg/L NAA+0.1 mg/L 6-BA,平均芽长达到2.07cm,且组培苗生长健壮。（3）本研究从曼地亚红豆杉的茎段、叶片、树皮及种子中共分离出78株内生真菌,40株内生细菌,从不同部位分离出内生菌数量差异很大。其中,内生真菌在树皮、茎段中最为丰富,内生细菌在树皮、种子中最为丰富。从分离菌株所属科的水平上看,内生真菌中占优势的科为孢腔菌科（Pleosporaceae）、亚隔孢壳科（Subspora）、球壳孢科（Sphaeropsidaceae）、小穴壳菌科（Cryptaceae）和丛赤壳科（Nectriaceae）,共占所分离内生真菌菌株的71.79%;内生细菌中占优势的科为微杆菌科（Microbacteriaceae）、动球菌科（Planococcaceae）、微球菌科（Micrococcaceae）、假单胞菌科（Pseudomonadaceae）和根瘤菌科（Rhizobiaceae）,共占所分离菌株的67.50%。（4）以分离得到的内生真菌DNA为模板,利用PCR反应扩增紫杉醇合成途径中的HMGR基因、DBAT基因和BAPT基因,其中交链格孢（Alternaria alternata）（编号:1J3）、派霉伦属（Peyronellaea sp.）（编号:TM-21）、聚生小穴壳菌（Dothiorella gregaria）（编号:2J8）、长柄链格孢（Alternaria longipes）（编号:2J2）和Cladosporium pseudocladosporioides（编号:TM-31）分别扩增出相关基因,初步推测这5株菌株具有产紫杉醇能力。
爱华[9]（2019）在《沙地云杉内生真菌抑菌活性菌株研究》文中提出本研究以实验室提供的194株沙地云杉内生真菌为材料,以实验室提供的林木病原真菌为靶标,通过皿内对峙法和发酵液打孔法筛选出对林木病原真菌抑制效果好的菌株并对其进行形态学鉴定和分子鉴定,确定以上具有抑制效果的菌株的种属。最后对以上具有抑制效果的菌株进行生物学特性的研究。主要结论如下:（1）从194株内生真菌中通过皿内平板对峙法初筛出25株沙地云杉内生真菌对靶标病原菌有拮抗作用;对初筛出的25株具有抑制效果的沙地云杉内生真菌进行打孔法复筛,得到编号为SDYS36、SDYS63、SDYS95、SDYS180这4株沙地云杉内生真菌具有强抑菌作用。（2）SDYS36、SDYS63、SDYS95、SDYS180这4株沙地云杉内生真菌形态学及分子鉴定。得出:SDYS36是互隔链格孢菌（Alternaria alternate）、SDYS63是三线镰孢菌（Fusarum tricinctum）、SDYS95 是产黄青霉菌（Penicillium chrysogenum）、SDYS180 是聚多曲霉菌（Aspergillus sydowii）。（3）研究SDYS36、SDYS63、SDYS95、SDYS180这4株沙地云杉内生真菌生物学特性得出:SDYS36菌株生长的最佳温度为30℃,在无光照条件下生长速度是最快的,最适pH为7,最适碳源为可溶性淀粉,最适氮源为酵母浸膏;SDYS63菌株生长的最佳温度为25℃,在无光照条件下生长速度是最快的,最适pH为9,最适碳源为葡萄糖,最适氮源为牛肉浸膏;SDYS95菌株生长的最佳温度为25℃,在无光照条件下生长速度是最快的,最适pH为6,最适碳源为葡萄糖,最适氮源为酵母浸膏;SDYS180菌株生长的最佳温度为25℃,在无光照条件下生长速度是最快的,最适pH为7,最适碳源为可溶性淀粉,最适氮源为牛肉浸膏。本研究筛选出4株具有较强的抑制作用的沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株,为下一步研究沙地云杉内生真菌生物防治提供理论基础。
刘盼[10]（2019）在《枝霉MD2的转录组测序及两个紫杉醇合成相关候选基因的过表达分析》文中认为紫杉醇（Taxol）是临床应用的高效、低毒的抗癌药物。产紫杉醇内生真菌是获取紫杉醇的重要药源途径之一。目前,已有55个属200多株内生真菌被报道可产紫杉醇,但是真菌中紫杉醇产量低且不稳定,尚无一株可应用于产业化生产。基于真菌紫杉醇代谢途径的定向遗传改造,构建稳定高产的基因工程菌株是实现其产业化应用的主要途径之一。筛选真菌中紫杉醇生物合成相关基因,并验证其功能,是阐明真菌紫杉醇合成的分子机制以及构建高产工程菌株的关键。本研究分析了枝状枝孢霉（Cladosporium cladosporioides;简称:枝霉）MD2的转录组信息,初步推测了枝霉MD2的紫杉醇合成途径,获得49个与其紫杉醇合成相关的unigenes;克隆了两个候选基因A05868和A02976,分别对其进行了生物信息学分析,构建其过表达载体及转基因菌株,并分析了过表达这两个候选基因对枝霉MD2紫杉烷类合成的影响。主要研究成果如下:1)采用Illumina Hiseq?2500高通量测序技术对枝菌MD2的转录组进行测序并进行系统的生物信息学分析。Trinity de novo组装得到16603个unigenes,分别在NR、NT、PFAM、Swiss Prot、GO、KOG和KEGG数据库进行BLAST注释,共有12479个unigenes至少可在一个数据库进行注释,1593个unigenes可被七个数据库进行注释。8425个unigenes可进行GO功能注释,归属到生物过程、细胞成分和分子功能三大类共57个功能组。3350个unigenes可进行KEGG注释,归属到262个KEGG代谢途径。在此基础上,推测了枝霉MD2中潜在的紫杉醇生物合成途径及其基因信息,包括参与萜类骨架生物合成的9个unigenes和参与紫杉烷类生物合成的40个unigenes。2)克隆了候选基因A05868,该基因DNA和cDNA序列分别为1425 bp和1260 bp;其编码蛋白包含419个氨基酸,与Pseudocercospora fijiensis CIRAD86的溶血磷脂酸酰基转移酶吞蛋白（lysophosphatidic acid acyltransferase endophilin）有57%的一致性,C端有Bin Amphiphysin RVS（BAR）结构域。进一步构建该基因的超表达载体pTFC-A05868并转化枝霉MD2,通过抗性筛选获得14株A05868/MD2转基因菌株。采用Southern blot检测各转基因菌株中目标基因的拷贝数,共获得8株外源基因以单拷贝方式插入的转基因菌株。选择其中4株（A05868/MD2-A8、B1、B6、C1）进行qRT-PCR分析,发现A05868/MD2-B6转基因菌株的候选基因的表达量最高,为对照（未转基因）菌株的3倍（5天）;进一步提取该菌株的紫杉烷类并进行HPLC分析,发现在转基因菌株和对照菌株中未检测到紫杉醇、巴卡亭III、7-木糖基-10-去乙酰紫杉醇和多烯紫杉醇4种紫杉烷类物质;而转基因菌株A05868/MD2-B6的10-去乙酰巴卡亭III产量（14.621±0.186μg/g）和10-去乙酰紫杉醇产量（1.564±1.025μg/g）相比对照菌株（18.321±0.045μg/g,3.213±0.063μg/g）分别下降了20.195%和51.323%,该结果初步说明过表达A05868对枝霉MD2的10-去乙酰巴卡亭III和10-去乙酰紫杉醇的代谢合成有抑制作用。3)克隆了候选基因A02976,该基因DNA和cDNA序列分别为1685 bp和1518 bp;其编码蛋白包含505个氨基酸,与Fusarium oxysporum的单端孢霉烯3-O-乙酰转移酶（trichothecene 3-O-acetyltransferase）有43%的一致性,C端有转移酶结构域。进一步构建该基因的超表达载体pTFC-A02976并转化枝霉MD2,通过抗性筛选获得14株A02976/MD2转基因菌株。采用Southern blot检测各转基因菌株中目标基因的拷贝数,共获得10株外源基因以单拷贝方式插入的转基因菌株。选择其中4株（A02976/MD2-A6、A8、C1、D8）进行qRT-PCR分析,发现A02976/MD2-C1转基因菌株的候选基因的表达量最高,是对照菌株的A02976候选基因表达量的3.2倍（10天）。选择A02976/MD2-C1进行HPLC分析,发现在转基因菌株和对照菌株中均未检测到紫杉醇、巴卡亭III和多烯紫杉醇3种紫杉烷类物质。转基因A02976/MD2-C1中未检测到10-去乙酰巴卡亭III和10-去乙酰紫杉醇,而对照菌株可检测到;转基因A02976/MD2-C1可以检测到7-木糖基-10-去乙酰紫杉醇,其产量为4.253±0.017μg/g,但对照菌株未检测到该物质。该结果初步说明过表达A02976对枝霉MD2中10-去乙酰巴卡亭III和10-去乙酰紫杉醇的代谢合成有抑制作用,对7-木糖基-10-去乙酰紫杉醇的合成有促进作用。
二、东北红豆杉内生真菌的多样性（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、东北红豆杉内生真菌的多样性（论文提纲范文）
（1）东北红豆杉产紫杉醇内生真菌Alternaria alternata F3的分离鉴定及体外抗癌活性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 东北红豆杉 |
| 1.1.1 东北红豆杉研究概况 |
| 1.1.2 东北红豆杉化学成分 |
| 1.2 紫杉醇研究概述 |
| 1.2.1 紫杉醇的性质及药理作用 |
| 1.2.2 紫杉醇的来源 |
| 1.3 植物内生真菌 |
| 1.3.1 植物内生真菌的概念 |
| 1.3.2 植物内生真菌的代谢产物及药理作用 |
| 1.4 内生真菌产紫杉醇发酵条件优化 |
| 1.4.1 前体 |
| 1.4.2 诱导子 |
| 1.4.3 单因素实验 |
| 1.4.4 统计学方法 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 2 东北红豆杉内生真菌的分离和纯化 |
| 2.1 实验材料、仪器及试剂 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.1.4 试剂配制 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 东北红豆杉内生真菌的分离、纯化及保存 |
| 2.2.2 东北红豆杉内生真菌的鉴定 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 东北红豆杉内生真菌的分离、纯化结果 |
| 2.3.2 东北红豆杉内生真菌的鉴定 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 东北红豆杉产紫杉醇内生真菌的筛选 |
| 3.1 实验材料、仪器和试剂 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验仪器 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.1.4 试剂配制 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 菌种的活化 |
| 3.2.2 东北红豆杉中产紫杉醇的内生真菌的筛选 |
| 3.2.3 东北红豆杉产紫杉醇内生真菌的鉴定 |
| 3.2.4 统计学处理 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 东北红豆杉中产紫杉醇的内生真菌的筛选 |
| 3.3.2 东北红豆杉产紫杉醇内生真菌F3的鉴定 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 产紫杉醇内生真菌Alternaria alternata F3发酵条件优化 |
| 4.1 实验材料、仪器和试剂 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验仪器 |
| 4.1.3 实验试剂 |
| 4.1.4 试剂配制 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 A.alternata F3产紫杉醇的单因素优化 |
| 4.2.2 Plackett-Burman试验设计筛选显着性因素 |
| 4.2.3 响应面与中心组合设计优化A.alternata紫杉醇的产量 |
| 4.2.4 统计学处理 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 A.alternata F3产紫杉醇的单因素优化 |
| 4.3.2 Plackett-Burman实验设计筛选前体和诱导子显着性因素 |
| 4.3.3 响应面优化设计及结果 |
| 4.3.4 验证实验 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 Alternaria alternata F3 DCM提取物体外抗癌活性研究 |
| 5.1 实验材料、仪器和试剂 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验仪器 |
| 5.1.3 实验试剂 |
| 5.1.4 主要溶液配制 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 实验前准备 |
| 5.2.2 细胞的复苏 |
| 5.2.3 细胞的培养和传代 |
| 5.2.4 细胞的冻存 |
| 5.2.5 MTT法检测A.alternata F3 DCM提取物对两种癌细胞存活率的影响 |
| 5.2.6 细胞形态学分析 |
| 5.2.7 统计学处理 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 A.alternata F3真菌DCM提取物对A549存活率的影响 |
| 5.3.2 A.Alternata F3真菌DCM提取物对HeLa存活率的影响 |
| 5.3.3 A.Alternata F3真菌DCM提取物对HeLa形态的影响 |
| 5.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 附件 |
（2）东北红豆杉内生真菌多样性与紫杉烷积累的相关性规律解析及其高产菌株的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 红豆杉研究概况 |
| 1.1.1 红豆杉简介 |
| 1.1.2 红豆杉化学成分研究进展 |
| 1.1.3 代谢组学在红豆杉的研究进展 |
| 1.2 植物内生真菌研究概况 |
| 1.2.1 植物内生真菌简介 |
| 1.2.2 内生真菌与植物互作关系研究 |
| 1.2.3 内生真菌在药用植物研究中的应用 |
| 1.2.4 内生真菌种属分布与宿主生物活性物质的相关性研究 |
| 1.3 红豆杉内生真菌产紫杉烷的分子机制 |
| 1.4 研究的目的意义 |
| 1.5 本课题的研究内容及技术路线 |
| 1.5.1 研究内容 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 2 东北红豆杉内生真菌的分离与多样性分析 |
| 2.1 实验材料及试剂 |
| 2.1.1 东北红豆杉来源 |
| 2.1.2 主要实验仪器 |
| 2.1.3 实验材料及试剂 |
| 2.1.4 培养基以及试剂的配制 |
| 2.2 实验方法与步骤 |
| 2.2.1 东北红豆杉内生真菌的分离 |
| 2.2.2 东北红豆杉内生真菌的鉴定 |
| 2.2.3 东北红豆杉内生真菌多样性 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 东北红豆杉内生真菌的分离结果 |
| 2.3.2 东北红豆杉植物不同器官内生真菌多样性分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 东北红豆杉不同器官代谢组学研究 |
| 3.1 实验仪器与材料 |
| 3.1.1 植物样品 |
| 3.1.2 主要仪器与试剂 |
| 3.2 实验方法与步骤 |
| 3.2.1 东北红豆杉植物样品处理及制备 |
| 3.2.2 UPLC-MS/MS对标志性紫杉类化合物定量分析 |
| 3.2.3 非靶向代谢组学对不同部位东北红豆杉代谢组学研究 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 标志性紫杉类化合物定量分析 |
| 3.3.2 UPLC-Q-Exactive Focus-MS/MS对东北红豆杉整体代谢物的鉴定 |
| 3.3.3 紫杉醇途径前体物质、中间产物和紫杉烷类代谢物差异分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 东北红豆杉内生真菌与宿主的相关性 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 东北红豆杉内生真菌分类和鉴定 |
| 4.1.2 东北红豆杉紫杉类化合物的含量分析 |
| 4.1.3 内生真菌菌群结构与宿主紫杉类化合物的相关性 |
| 4.1.4 内生真菌产与宿主相同紫杉烷类成分的筛选与鉴定 |
| 4.2 结果与讨论 |
| 4.2.1 内生真菌菌群结构与紫杉类化合物的相关性 |
| 4.2.2 内生真菌与紫杉醇通路及其他紫杉类化合物的相关性 |
| 4.2.3 内生真菌与紫杉烷类化合物含量的相关性 |
| 4.2.4 内生真菌产与宿主紫杉烷化合物的筛选 |
| 4.3 本章小结 |
| 5 东北红豆杉内生真菌R8-3-4的发酵工艺优化及应用 |
| 5.1 |
| 5.1.1 主要仪器 |
| 5.1.2 实验材料及试剂 |
| 5.2 实验方法与步骤 |
| 5.2.1 内生真菌R8-3-4的发酵条件单因素优化 |
| 5.2.2 诱导子对内生真菌R8-3-4发酵优化 |
| 5.2.3 磁性固定化内生真菌R8-3-4发酵产10-DAB |
| 5.2.4 统计学处理 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 内生真菌R8-3-4发酵条件单因素优化 |
| 5.3.2 添加诱导子对内生真菌R8-3-4发酵优化 |
| 5.3.3 磁性固定化10-DAB半连续发酵 |
| 5.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 博士学位论文修改情况确认表 |
（3）蛇足石杉内生真菌的多样性分析及与石杉碱甲含量的关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 蛇足石杉相关研究 |
| 1.1.1 生物学特征 |
| 1.1.2 生态学特征 |
| 1.1.3 药用价值 |
| 1.1.4 石杉碱甲 |
| 1.1.5 资源概况 |
| 1.2 蛇足石杉内生真菌研究进展 |
| 1.2.1 内生真菌的定义 |
| 1.2.2 内生真菌的作用 |
| 1.2.3 植物内生真菌多样性分析 |
| 1.2.4 蛇足石杉内生真菌多样性的相关研究 |
| 1.2.5 蛇足石杉内生真菌中石杉碱甲合成通路研究进展 |
| 1.3 本研究目的、意义及研究内容 |
| 1.3.1 研究目的及意义 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 第二章 蛇足石杉内生真菌的分离与鉴定 |
| 2.1 材料与试剂仪器 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 仪器耗材 |
| 2.2 实验方法与步骤 |
| 2.2.1 样品灭菌处理 |
| 2.2.2 内生真菌的分离纯化 |
| 2.2.3 内生真菌的保藏 |
| 2.2.4 内生真菌的鉴定 |
| 2.2.4.1 基因组DNA提取 |
| 2.2.4.2 PCR扩增与产物纯化 |
| 2.2.5 ITS序列分析与系统进化分析 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.3.1 蛇足石杉内生真菌的分离结果统计 |
| 2.3.2 内生真菌的鉴定 |
| 2.3.3 内生真菌的系统进化分析 |
| 2.3.4 内生真菌的分类结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 蛇足石杉内生真菌多样性组成谱研究 |
| 3.1 材料与试剂仪器 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 仪器设备 |
| 3.2 实验方法与步骤 |
| 3.2.1 样品处理 |
| 3.2.2 总DNA提取 |
| 3.2.3 目标片段PCR扩增 |
| 3.2.4 扩增产物磁珠纯化回收 |
| 3.2.5 扩增产物荧光定量 |
| 3.2.6 测序文库制备 |
| 3.2.7 上机进行高通量测序 |
| 3.3 数据统计与分析流程 |
| 3.3.1 数据处理 |
| 3.3.2 物种组成分析 |
| 3.3.2.1 物种分类学注释 |
| 3.3.2.2 ASV/OTU表抽平 |
| 3.3.2.3 分类学组成分析 |
| 3.3.2.4 分类等级树图 |
| 3.3.2.5 Krona物种组成图 |
| 3.3.3 Alpha多样性分析 |
| 3.3.3.1 Alpha多样性指数 |
| 3.3.3.2 稀疏曲线 |
| 3.3.3.3 物种累积曲线 |
| 3.3.3.4 丰度等级曲线 |
| 3.3.4 Beta多样性分析 |
| 3.3.4.1 距离矩阵与PCoA分析 |
| 3.3.4.2 UPGMA聚类分析 |
| 3.3.4.3 组间差异显着性分析 |
| 3.3.4.4 Adonis差异检验 |
| 3.3.5 物种差异分析与标志物种 |
| 3.3.5.1 ASV/OTU韦恩图 |
| 3.3.5.2 物种组成热图 |
| 3.3.5.3 PCA分析 |
| 3.3.5.4 Metagenome Seq分析 |
| 3.3.5.5 LEfSe分析 |
| 3.3.5.6 随机森林分析 |
| 3.3.6 关联网络分析 |
| 3.3.6.1 关联网络的构建 |
| 3.3.6.2 拓扑指数与hubs物种 |
| 3.3.6.3 优势物种子网络展示 |
| 3.4 结果分析 |
| 3.4.1 物种组成分析 |
| 3.4.1.1 物种分类学注释 |
| 3.4.1.2 分类单元数统计 |
| 3.4.1.3 分类学组成分析 |
| 3.4.1.4 分类等级树图 |
| 3.4.1.5 Krona物种组成图 |
| 3.4.2 Alpha多样性分析 |
| 3.4.2.1 Alpha多样性指数 |
| 3.4.2.2 稀疏曲线 |
| 3.4.2.3 物种累积曲线 |
| 3.4.2.4 丰度等级曲线 |
| 3.4.3 Beta多样性分析 |
| 3.4.3.1 距离矩阵与PCoA分析 |
| 3.4.3.2 UPGMA聚类分析 |
| 3.4.3.3 PERMANOVA分析 |
| 3.4.3.4 Adonis差异检验 |
| 3.4.4 物种差异分析与标志物种 |
| 3.4.4.1 ASV/OTU韦恩图 |
| 3.4.4.2 物种组成热图 |
| 3.4.4.3 PCA分析 |
| 3.4.4.4 Metagenome Seq分析 |
| 3.4.4.5 LEfSe分析 |
| 3.4.4.6 随机森林分析 |
| 3.4.5 关联网络分析 |
| 3.5 讨论 |
| 第四章 蛇足石杉内生真菌和石杉碱甲含量的关联分析 |
| 4.1 材料与试剂仪器 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验试剂与仪器 |
| 4.2 实验方法与步骤 |
| 4.2.1 样品处理 |
| 4.2.2 石杉碱甲的提取与检测 |
| 4.2.3 石杉碱甲含量的差异分析 |
| 4.2.4 RDA分析方法 |
| 4.2.5 关联网络分析 |
| 4.3 结果分析 |
| 4.3.1 石杉碱甲的含量的测定 |
| 4.3.2 石杉碱甲含量的差异分析 |
| 4.3.3 RDA分析 |
| 4.3.4 关联网络分析 |
| 4.4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
（4）长白山苔原带笃斯越桔内生真菌多样性及其代谢产物的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 文献综述 |
| 1.1 长白山苔原带生物多样性研究进展 |
| 1.1.1 长白山苔原带自然保护区概况 |
| 1.1.2 长白山苔原带气候特点 |
| 1.1.3 长白山苔原带生物多样性 |
| 1.2 内生真菌的研究进展 |
| 1.2.1 内生真菌的研究历史及现状 |
| 1.2.2 内生真菌代谢产物的研究进展 |
| 1.3 内生真菌多样性的研究方法 |
| 1.3.1 组织学分离鉴定方法 |
| 1.3.2 高通量测序方法 |
| 1.4 本文研究目的及意义 |
| 1.5 主要研究内容 |
| 2 苔原带笃斯越桔内生真菌分离鉴定及多样性分析 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 材料与培养基 |
| 2.1.2 试验药品和试剂 |
| 2.1.3 主要试验仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 笃斯越桔内生真菌的分离纯化 |
| 2.2.2 笃斯越桔内生真菌的鉴定 |
| 2.2.3 笃斯越桔内生真菌多样性分析方法 |
| 2.2.4 高通量测序样品基因组DNA的提取 |
| 2.2.5 高通量测序方法 |
| 2.2.6 内生真菌多样性高通量测序分析 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 长白山苔原带笃斯越桔内生真菌鉴定结果 |
| 2.3.2 长白山苔原带笃斯越桔内生真菌不同时期的分布规律 |
| 2.3.3 长白山苔原带笃斯越桔不同部位内生真菌的分布规律 |
| 2.3.4 长白山苔原带笃斯越桔不同海拔内生真菌的分布规律 |
| 2.3.5 高通量测序技术分析笃斯越桔内生真菌多样性 |
| 2.4 小结 |
| 3 笃斯越桔内生真菌代谢产物的研究 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 材料与培养基 |
| 3.1.2 试验药品与试剂 |
| 3.1.3 主要试验仪器 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 笃斯越桔内生真菌代谢产物的高通量测序分析方法 |
| 3.2.2 笃斯越桔内生真菌产黄酮类化合物检测方法 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 笃斯越桔内生真菌产代谢产物功能注释分析 |
| 3.3.2 笃斯越桔内生真菌产黄酮类化合物的验证 |
| 3.4 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（5）濒危植物野生东北红豆杉群落特征及保护策略（论文提纲范文）
| 1 研究地概况和研究方法 |
| 1.1 研究区概况 |
| 1.2 样地调查 |
| 1.3 群落多样性测定 |
| 2 结果分析 |
| 2.1 群落物种组成 |
| 2.2 群落物种重要值 |
| 2.3 群落水平结构 |
| 2.4 物种多样性分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 野生东北红豆杉种群群落特征 |
| 3.2 野生东北红豆杉保护对策 |
| 3.2.1 人工抚育 |
| 3.2.2 建立保护性小区 |
| 3.2.3 加大管理力度 |
| 3.2.4 加大研发力度 |
（6）丹参伴生微生物组及其优势种调控丹参酮合成的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 丹参酮生物合成途径及其调控研究 |
| 1.3 植物伴生微生物组的研究进展 |
| 1.4 药用植物伴生微生物组与次生代谢 |
| 1.5 伴生微生物与植物细胞培养 |
| 1.6 丹参伴生微生物组的研究进展 |
| 1.7 伴生微生物作为诱导子调控丹参次生代谢 |
| 1.8 植物伴生微生物组的研究方法与展望 |
| 1.8.1 多组学研究方法 |
| 1.8.2 悉生生物学方法 |
| 1.9 研究的目的和意义 |
| 1.10 研究内容 |
| 1.11 技术路线 |
| 第二章 丹参种子核心微生物组的结构与功能 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料、试剂与仪器 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验试剂 |
| 2.2.3 实验仪器 |
| 2.3 实验设计与方法 |
| 2.3.1 实验设置 |
| 2.3.2 植物DNA提取和SSR基因型分析 |
| 2.3.3 扩增子测序与分析 |
| 2.3.4 核心微生物组解析 |
| 2.3.5 核心微生物组的功能预测 |
| 2.4 实验结果与分析 |
| 2.4.1 不同来源种子的遗传多样性分析 |
| 2.4.2 扩增子测序数据的综合分析 |
| 2.4.3 丹参种子微生物组的多样性分析 |
| 2.4.4 丹参种子核心微生物组的解析 |
| 2.4.5 丹参种子核心微生物组的功能预测 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 第三章 种子内生真菌草茎点霉D603促进根部丹参酮合成 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料、试剂与仪器 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验试剂 |
| 3.2.3 实验仪器 |
| 3.3 实验设计与方法 |
| 3.3.1 菌株形态与分子鉴定 |
| 3.3.2 丹参无菌苗缩微共培养体系的建立 |
| 3.3.3 菌株体外活性测定与分析 |
| 3.3.4 菌株在丹参根部定殖情况的观察 |
| 3.3.5 丹参根部丹参酮和丹酚酸含量的HPLC分析 |
| 3.3.6 q RT-PCR验证丹参酮合成途径关键基因的表达水平 |
| 3.4 实验结果与分析 |
| 3.4.1 菌株D603的形态和系统发育分析 |
| 3.4.2 菌株D603的体外生物学活性 |
| 3.4.3 菌株D603在丹参根部的定殖 |
| 3.4.4 菌株D603对丹参根部丹参酮和酚酸类成分合成的影响 |
| 3.4.5 菌株D603对丹参酮合成关键酶基因表达水平的影响 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 小结 |
| 第四章 丹参根际微生物组的结构和种群动态分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料、试剂与仪器 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验试剂 |
| 4.2.3 实验仪器 |
| 4.3 实验设计与方法 |
| 4.3.1 实验设置与取样 |
| 4.3.2 总DNA的提取 |
| 4.3.3 扩增子测序 |
| 4.3.4 生物信息分析和统计方法 |
| 4.4 实验结果与分析 |
| 4.4.1 土壤对丹参根际微生物组装配的影响 |
| 4.4.2 不同生育期丹参根际微生物组的种群动态分析 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 丹参根际能从土壤富集特异微生物类群 |
| 4.5.2 根际富集种属与丹参生育期的各生长阶段密切相关 |
| 4.6 小结 |
| 第五章 紫花和白花丹参根系微生物组结构与功能的比较分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料、试剂与仪器 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 实验试剂 |
| 5.2.3 实验仪器 |
| 5.3 实验设计与方法 |
| 5.3.1 实验设置与取样 |
| 5.3.2 总DNA提取 |
| 5.3.3 扩增子测序与生物信息分析 |
| 5.3.4 宏基因组测序与分析 |
| 5.4 实验结果与分析 |
| 5.4.1 紫花丹参与白花丹参根部丹参酮和丹酚酸含量测定 |
| 5.4.2 紫花丹参与白花丹参根际和内生微生物组的分类特征 |
| 5.4.3 紫花丹参与白花丹参根际和内生微生物组的共有优势类群 |
| 5.4.4 紫花丹参与白花丹参根际和内生微生物组的差异类群分析 |
| 5.4.5 紫花丹参与白花丹参根际土壤和内生真菌群落的生态功能群结构分析. |
| 5.4.6 紫花丹参与白花丹参根际土壤微生物组的功能特征 |
| 5.5 讨论 |
| 5.5.1 紫花丹参与白花丹参根际和内生组织的共有优势微生物类群 |
| 5.5.2 紫花丹参与白花丹参根际和内生组织的差异微生物类群 |
| 5.5.3 紫花丹参与白花丹参根际微生物组富集的功能特征 |
| 5.6 小结 |
| 第六章 根际优势菌极细枝孢霉DF11对丹参酮合成的调控 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 实验材料、试剂与仪器 |
| 6.2.1 实验材料 |
| 6.2.2 实验试剂 |
| 6.2.3 实验仪器 |
| 6.3 实验设计与方法 |
| 6.3.1 菌株形态与分子鉴定 |
| 6.3.2 菌株在丹参根部定殖情况的观察 |
| 6.3.3 丹参根部丹参酮和丹酚酸含量的HPLC分析 |
| 6.3.4 q RT-PCR分析丹参酮合成途径关键基因的表达水平 |
| 6.4 实验结果与分析 |
| 6.4.1 DF11的形态观察和系统发育分析 |
| 6.4.2 DF11在丹参根部的定殖 |
| 6.4.3 DF11定殖对丹参根部丹参酮和丹酚酸合成的影响 |
| 6.4.4 DF11对丹参酮合成通路关键基因表达的影响 |
| 6.5 讨论 |
| 6.6 小结 |
| 第七章 丹参根际伴生微生物组优势种对丹参酮合成的调控 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 实验材料、试剂与仪器 |
| 7.2.1 实验材料 |
| 7.2.2 实验试剂 |
| 7.2.3 实验仪器 |
| 7.3 实验设计与方法 |
| 7.3.1 菌株的系统发育分析 |
| 7.3.2 菌株在丹参根部定殖情况的观察 |
| 7.3.3 激素水平测定与分析 |
| 7.3.4 丹参根部丹参酮和丹酚酸含量的HPLC分析 |
| 7.3.5 q RT-PCR分析丹参酮合成途径关键基因的表达水平 |
| 7.4 实验结果与分析 |
| 7.4.1 根际真菌优势种的系统发育关系 |
| 7.4.2 根际真菌优势种对丹参根系发育的影响及其定殖情况 |
| 7.4.3 根际真菌优势种的产激素能力及其对宿主根部SA水平的影响 |
| 7.4.4 根际真菌优势种对丹参酮和丹酚酸合成的影响 |
| 7.4.5 根际真菌优势种对丹参酮合成通路关键基因表达的调控 |
| 7.5 讨论 |
| 7.6 小结 |
| 第八章 结论 |
| 创新点 |
| 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（7）特异性产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的筛选及初步应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 课题背景 |
| 1.2 木质纤维素的结构 |
| 1.2.1 纤维素 |
| 1.2.2 半纤维素 |
| 1.2.3 木质素 |
| 1.3 纤维素酶的分类及作用机制 |
| 1.3.1 内切葡聚糖酶 |
| 1.3.2 外切葡聚糖酶 |
| 1.3.3 β-葡萄糖苷酶 |
| 1.4 木质纤维素的预处理 |
| 1.4.1 预处理的必要性 |
| 1.4.2 物理预处理 |
| 1.4.3 化学预处理 |
| 1.4.4 物理化学预处理 |
| 1.4.5 生物预处理 |
| 1.5 植物内生真菌的研究概况 |
| 1.5.1 植物内生真菌简介 |
| 1.5.2 植物内生真菌的物种多样性 |
| 1.5.3 植物内生真菌的功能多样性 |
| 1.6 论文选题意义及研究内容 |
| 1.6.1 论文的选题意义 |
| 1.6.2 论文的研究内容 |
| 2 产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的筛选与鉴定 |
| 2.1 实验材料及试剂 |
| 2.1.1 实验主要材料 |
| 2.1.2 实验主要仪器 |
| 2.1.3 实验主要试剂 |
| 2.1.4 相关培养基及试剂的配制 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 菌种分离纯化和平板培养 |
| 2.2.2 产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的初筛 |
| 2.2.3 产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的复筛 |
| 2.2.4 内切葡聚糖酶活力(CMCase)的测定 |
| 2.2.5 高产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的鉴定 |
| 2.2.6 统计学处理 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的分离纯化 |
| 2.3.2 产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的初筛 |
| 2.3.3 产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的复筛 |
| 2.3.4 高产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的鉴定 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 东北红豆杉内生真菌R4产纤维素酶工艺研究 |
| 3.1 实验材料、仪器及试剂 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验仪器 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.1.4 相关培养基及试剂的配制 |
| 3.2 菌株产纤维素酶的条件优化 |
| 3.2.1 R4产酶条件单因素优化实验 |
| 3.2.2 R4产酶条件优化的BBD实验 |
| 3.2.3 纤维素酶活力测定 |
| 3.2.4 统计学处理 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 R4产酶条件单因素优化实验 |
| 3.3.2 R4产酶条件优化的BBD实验 |
| 3.3.3 验证实验 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 东北红豆杉内生真菌R4降解纤维素比较研究 |
| 4.1 实验部分 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验仪器 |
| 4.1.3 实验试剂 |
| 4.1.4 相关培养基及试剂的配制 |
| 4.2 实验方法与步骤 |
| 4.2.1 R4处理金花葵秸秆粉末 |
| 4.2.2 液固比例对金花葵秸秆纤维素降解率影响 |
| 4.2.3 金花葵秸秆处理前后成分分析 |
| 4.2.4 金花葵秸秆经处理前后红外光谱分析 |
| 4.2.5 统计学处理 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 金花葵秸秆废弃物品质评价 |
| 4.3.2 液固比例对金花葵秸秆纤维素降解率影响 |
| 4.3.3 金花葵秸秆降解后成分分析 |
| 4.3.4 金花葵秸秆经处理前后红外光谱分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（8）曼地亚红豆杉繁殖体系建立及紫杉醇产生菌分离鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 红豆杉开发利用现状 |
| 1.3 红豆杉扦插繁殖研究进展 |
| 1.4 红豆杉组织培养研究进展 |
| 1.4.1 外植体 |
| 1.4.2 基本培养基 |
| 1.4.3 植物生长调节剂 |
| 1.5 红豆杉产紫杉醇内生菌研究进展 |
| 1.5.1 植物内生菌概述 |
| 1.5.2 红豆杉紫杉醇产生菌分离部位 |
| 1.5.3 红豆杉内生真菌中紫杉醇的鉴定方法 |
| 1.6 研究目标及主要研究内容 |
| 1.6.1 研究目标 |
| 1.6.2 主要研究内容 |
| 1.7 研究目的及意义 |
| 1.8 技术路线 |
| 2 曼地亚红豆杉繁殖技术研究 |
| 2.1 曼地亚红豆杉扦插繁殖技术研究 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.3 结果与分析 |
| 2.2 曼地亚红豆杉组织培养技术研究 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 试验方法 |
| 2.2.3 结果与分析 |
| 2.3 小结 |
| 3 曼地亚红豆杉内生菌分离与鉴定 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 试验仪器和工具 |
| 3.1.3 试验试剂和培养基 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 内生菌的分离、纯化 |
| 3.2.2 内生菌的分类鉴定 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 曼地亚红豆杉内生菌鉴定结果 |
| 3.3.2 曼地亚红豆杉内生菌不同时期及不同部位数量分析 |
| 3.3.3 曼地亚红豆杉内生菌类群分析 |
| 3.4 小结 |
| 4 曼地亚红豆杉产紫杉醇内生真菌初步鉴定 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 仪器 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 HMGR基因编码区序列克隆 |
| 4.3.2 DBAT基因编码区序列克隆 |
| 4.3.3 BAPT基因编码区序列克隆 |
| 4.4 小结 |
| 5 讨论 |
| 5.1 不同种类及浓度生根剂对曼地亚红豆杉扦插生根的影响 |
| 5.2 不同培养基对曼地亚红豆杉组织培养不同阶段的影响 |
| 5.3 分离部位对曼地亚红豆杉内生菌数量的影响 |
| 5.4 曼地亚红豆杉内生菌类群分析 |
| 5.5 产紫杉醇内生真菌初步鉴定 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（9）沙地云杉内生真菌抑菌活性菌株研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 植物内生真菌的定义 |
| 1.2 植物内生真菌的研究起源 |
| 1.3 植物内生真菌的多样性 |
| 1.3.1 植物内生真菌的生物多样性 |
| 1.3.2 植物内生真菌的遗传多样性 |
| 1.4 植物内生真菌的生物学活性作用 |
| 1.4.1 抑菌活性作用 |
| 1.4.2 抗菌抗病毒抗肿瘤活性作用 |
| 1.4.3 植物内生真菌的促进生长及提高植物抗逆性 |
| 1.4.4 植物内生真菌的生物防治 |
| 1.5 沙地云杉 |
| 1.5.1 沙地云杉的起源与分类 |
| 1.5.2 沙地云杉的形态特征 |
| 1.6 研究目的、意义、研究内容及技术路线 |
| 1.6.1 研究目的及意义 |
| 1.6.2 研究内容 |
| 1.6.3 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 供试材料 |
| 2.1.1 供试林木病原真菌 |
| 2.1.2 供试沙地云杉内生真菌 |
| 2.1.3 培养基 |
| 2.1.4 试剂 |
| 2.1.5 用具 |
| 2.1.6 仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 供试菌株的纯化 |
| 2.2.2 沙地云杉内生真菌拮抗菌株的筛选 |
| 2.2.3 沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的鉴定 |
| 2.2.4 沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株生物学特性研究 |
| 2.2.5 数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 供试菌株的纯化 |
| 3.2 沙地云杉内生真菌拮抗菌株的筛选 |
| 3.2.1 沙地云杉内生真菌拮抗菌株的初筛 |
| 3.2.2 沙地云杉内生真菌的复筛 |
| 3.3 沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的鉴定 |
| 3.3.1 沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的形态学鉴定 |
| 3.3.2 沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的分子鉴定 |
| 3.4 沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株生物学特性研究 |
| 3.4.1 温度对沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的影响 |
| 3.4.2 碳源对沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的影响 |
| 3.4.3 氮源对沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的影响 |
| 3.4.4 pH对沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的影响 |
| 3.4.5 光照对沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的影响 |
| 4 讨论 |
| 4.1 沙地云杉内生真菌拮抗菌株的筛选 |
| 4.2 拮抗沙地云杉内生真菌的形态学鉴定及ITS-rDNA序列分析 |
| 4.3 沙地云杉内生真菌优势拮抗菌株的生物学特性研究 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（10）枝霉MD2的转录组测序及两个紫杉醇合成相关候选基因的过表达分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 药用植物内生菌 |
| 1.1.1 药用植物内生菌的研究价值 |
| 1.1.2 药用植物内生菌的研究进展 |
| 1.1.3 典型药用植物的内生菌 |
| 1.2 产紫杉醇内生菌 |
| 1.2.1 分离自红豆杉的产紫杉醇内生菌 |
| 1.2.2 分离自非红豆杉植物的产紫杉醇内生菌 |
| 1.2.3 紫杉醇的生物合成途径 |
| 1.3 紫杉醇合成途径中的酰基转移酶 |
| 1.3.1 紫杉二烯-5α-醇-O-乙酰转移酶 |
| 1.3.2 紫杉烷2α-苯甲酰基转移酶 |
| 1.3.3 10β-去乙酰巴卡亭Ⅲ乙酰基转移酶 |
| 1.3.4 巴卡亭Ⅲ3-氨基-3-苯丙醇基转移酶 |
| 1.3.5 3 '-去苯甲酰-2-脱氧紫杉醇N-苯甲酰基转移酶 |
| 1.4 本研究的内容、目的与意义 |
| 第二章 枝霉MD2的转录组分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与主要仪器 |
| 2.2.1 实验材料与试剂 |
| 2.2.2 实验仪器 |
| 2.3 方法 |
| 2.3.1 总RNA的提取 |
| 2.3.2 cDNA文库的构建和测序 |
| 2.3.3 转录组的de-novo组装分析 |
| 2.3.4 转录组基因的功能注释 |
| 2.3.5 潜在的真菌紫杉醇生物合成途径分析 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 枝霉MD2 转录组的测序与组装 |
| 2.4.2 转录组unigenes的功能注释 |
| 2.4.3 Unigenes的 GO和 KOG功能注释 |
| 2.4.4 Unigenes的 KEGG通路分析 |
| 2.4.5 枝霉MD2 中紫杉醇生物合成途径的预测 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 候选基因的生物信息分析及其转基因菌株的构建 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与主要仪器 |
| 3.2.1 实验材料与试剂 |
| 3.2.2 实验仪器 |
| 3.3 方法 |
| 3.3.1 候选基因A05868和A02976 的克隆和生物信息分析 |
| 3.3.2 候选基因超表达载体的构建 |
| 3.3.3 转基因菌株的构建 |
| 3.3.4 转基因菌株的抗性基因hpt II分子检测及平板验证 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 候选基因的生物信息学分析 |
| 3.4.2 过表达载体的构建及转基因菌株的筛选 |
| 3.4.3 转基因菌株的抗性基因检测 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 A05868 超表达转基因菌株的验证与分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与主要仪器 |
| 4.2.1 实验材料与试剂 |
| 4.2.2 实验仪器 |
| 4.3 方法 |
| 4.3.1 A05868/MD2 转基因菌株的Southern blot检测 |
| 4.3.2 A05868/MD2 转基因菌株的q RT-PCR分析 |
| 4.3.3 A05868/MD2 转基因菌株的紫杉烷类的提取和HPLC检测 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 A05868/MD2 转基因菌株的目标基因的拷贝数分析 |
| 4.4.2 A05868/MD2 转基因菌株的目标基因的表达分析 |
| 4.4.3 A05868/MD2 转基因菌株的紫杉烷类检测 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 A02976 超表达转基因菌株的验证与分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与主要仪器 |
| 5.2.1 实验材料与试剂 |
| 5.2.2 实验仪器 |
| 5.3 方法 |
| 5.3.1 A02976-MD2 转基因菌株的Southern blot检测 |
| 5.3.2 A02976/MD2 转基因菌株的目标基因的表达分析 |
| 5.3.3 A02976/MD2 转基因菌株的紫杉烷类检测 |
| 5.4 结果与分析 |
| 5.4.1 A02976/MD2 转基因菌株的目标基因的拷贝数分析 |
| 5.4.2 A02976/MD2 转基因菌株的目标基因表达分析 |
| 5.4.3 A02976/MD2 转基因菌株的紫杉烷类检测 |
| 5.5 本章小结 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 本研究的创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间发表学术论文及专利申请 |
| 致谢 |
四、东北红豆杉内生真菌的多样性（论文参考文献）
- [1]东北红豆杉产紫杉醇内生真菌Alternaria alternata F3的分离鉴定及体外抗癌活性研究[D]. 张智慧. 东北林业大学, 2021
- [2]东北红豆杉内生真菌多样性与紫杉烷积累的相关性规律解析及其高产菌株的应用[D]. 李弘琨. 东北林业大学, 2021
- [3]蛇足石杉内生真菌的多样性分析及与石杉碱甲含量的关联分析[D]. 姚凯. 西北大学, 2020(02)
- [4]长白山苔原带笃斯越桔内生真菌多样性及其代谢产物的研究[D]. 蒋楸月. 辽宁师范大学, 2020(02)
- [5]濒危植物野生东北红豆杉群落特征及保护策略[J]. 董明珠,王立涛,吕慕洁,孟冬,杨春雨,赵春建,付玉杰,杨清. 植物研究, 2020(03)
- [6]丹参伴生微生物组及其优势种调控丹参酮合成的机制研究[D]. 陈海敏. 西北农林科技大学, 2020
- [7]特异性产纤维素酶东北红豆杉内生真菌的筛选及初步应用[D]. 王欣宇. 东北林业大学, 2020(02)
- [8]曼地亚红豆杉繁殖体系建立及紫杉醇产生菌分离鉴定[D]. 白肖. 中国林业科学研究院, 2020(01)
- [9]沙地云杉内生真菌抑菌活性菌株研究[D]. 爱华. 内蒙古农业大学, 2019(01)
- [10]枝霉MD2的转录组测序及两个紫杉醇合成相关候选基因的过表达分析[D]. 刘盼. 中南民族大学, 2019(08)