一、人类疱疹病毒7开放读码框U41功能的初步探讨(论文文献综述)
邹晖[1](2020)在《CTCF在HSV-2潜伏复发中结合位点的鉴定与验证》文中提出单纯疱疹病毒(Herpes Simplex Virus,HSV)是一种常见的人类病原体包括单纯疱疹Ⅰ型(HSV-1)和单纯疱疹Ⅱ型(HSV-2)两种类型,二者基因同源性高达70%。人体在初次感染HSV-2后,病毒会终身潜伏在人体的三叉神经或骶骨神经中,潜伏期间无任何症状,只有潜伏相关转录本(Latency-assistant Transcript,LAT)可被大量检测。HSV-2潜伏复发的特性是生殖器疱疹易复发,难根治的主要原因。CTCF(CCCTC-Binding Factor),是广泛存在于真核生物的多功能转录因子,是一种在进化上高度保守的多锌指、DNA蛋白,可结合在不同DNA靶序列上发挥调控功能。在HSV-1病毒LAT基因周围存在多个CTCF结合位点,HSV-1的潜伏再复发过程通常都伴随有CTCF的结合与解离,CTCF结合在HSV-1上能够抑制病毒启动子转录,使病毒难以复制长期处于潜伏状态。HSV-2与HSV-1有很高的同源性,且CTCF在HSV-2潜伏期间也会在LAT区域大量聚集和脱落,但CTCF调控HSV-2的结合位点和机制尚不明确。本论文旨在研究CTCF在HSV-2潜伏再激活过程的机制,具体包括:1.鉴定在HSV-2上可能与CTCF转录因子的结合的位点序列。2.验证其中一条序列的调控作用。研究方法包括:1.利用非洲绿猴肾细胞细胞复苏扩增HSV-2VR734病毒株,调整病毒浓度后感染四周大的BABL/c小鼠,观察BABL/c小鼠感染状态。2.BABL/c小鼠从急性感染进入潜伏感染状态28天后,提取BABL/c小鼠三叉神经节和骶骨神经节,利用免疫组化实验检测BABL/c小鼠组织内HSV-2病毒和CTCF蛋白含量的变化,并利用RT-PCR方法检测组织内LAT基因的相对表达量。3.随后提取BABL/c小鼠组织进行染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation Assay,CHIP)实验,得到抗原抗体杂交物,并利用二代高通量测序技术对富集目的蛋白的DNA片段进行测序,得到生物信息学分析测序结果,并与HSV-2全基因组进行比对,确认CTCF结合位点序列,并利用GO分析和Pathway分析与CTCF蛋白相关的BABL/c小鼠生物活性信号通路。4.以所有序列中峰值最高的序列作为模板,利用PCR扩增后,插入到p GL-3-promoter载体质粒上。重组质粒转染到293T细胞中,检测裂解细胞荧光强度,明确CTCF结合位点序列对启动子的调控作用。实验结果:1.BABL/c小鼠在病毒感染后,出现明显的病变期与潜伏期,感染后的BABL/c小鼠三叉神经和骶骨神经内LAT基因的相对表达量相对于未感染BABL/c小鼠具有显着差异(p值<0.05)。对BABL/c小鼠组织的免疫组化检测,实验组中染色明显,HSV-2病毒和CTCF含量显着增加,表明HSV-2成功感染BABL/c小鼠,并进入潜伏状态。2.利用CHIP-seq对比分析,发现在HSV-2转录启动子附近有大量CTCF结合片段序列,通过峰值分析得到6组CTCF结合位点序列,并分析得到CTCF蛋白与BABL/c小鼠的NF-kappa B和趋化因子通路具有较大的相关性。3.p GL-3-promoter的荧光活性检测表明,重组质粒的细胞组荧光强度相比对照组显着降低,说明插入序列对启动子转录具有显着的减弱作用。综上所述,本研究通过建立HSV-2潜伏感染BABL/c小鼠模型,验证了利用生物信息学分析的CTCF蛋白在HSV-2中可能的结合位点,并且针对该结合位点进行了表达调控功能的研究,发现其具有阻碍启动子功能。在一定程度上补充了CTCF在HSV-2病毒中的潜伏复发机制的研究空缺,并为临床治疗和诊断药物研究提供了参考。
宋鹤[2](2020)在《血清25-(OH)D水平与EV71型HFMD患儿重症化的关联性研究》文中研究表明背景与目的:EV71型手足口病(HFMD)重型及危重型病死率高、预后差,早期识别EV71型HFMD重症化的危险因素,并及时干预非常必要。近年来研究证实血清25-(OH)D水平与儿童多种感染性疾病有一定的相关性,但目前国内外对血清25-(OH)D和EV71型HFMD之间研究尚少。因此,本研究通过对EV71型HFMD患儿临床资料深入研究,全面分析EV71型HFMD的流行特点及危重型相关因素,探讨手足口病重症化的危险因素,揭示血清25-(OH)D水平与EV71型HFMD重症化的关联,并进一步通过评估EV71型HFMD患儿血清25-(OH)D水平与其细胞免疫功能的相关性,以验证本课题研究的可靠性。对象与方法:研究选取西安市儿童医院2017年1月至2019年12月收治住院EV71型HFMD患儿共402例为病例组,其中普通组252例,重症组150例。选择同期健康儿童100例为对照组,同时检测研究对象血清25-(OH)D水平及T淋巴细胞亚群,全面收集各组患儿临床资料,并分析可能影响EV71型HFMD重症化的因素。比较各组血清25-(OH)D水平的关系,并利用ROC曲线计算病例组血清25-(OH)D水平的界值,研究血清25-(OH)D水平与EV71型HFMD重症化的关联。另外,分析血清25-(OH)D水平与EV71型HFMD患儿细胞免疫功能的相关性,进一步证实EV71型HFMD重症化与血清25-(OH)D水平的相关性。结果:(1)与对照组相比较,病例组血清25-(OH)D水平明显减低(P<0.05)病例组相比较,重症组低于普通组,普通组低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。(2)EV71型HFMD重症组与普通组相比,血清25-(OH)D水平、WBC>15×109/L、血糖>8.3mmol/L差异均有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线分析提示血清25-(OH)D的浓度为30.31 ng/ml时约登指数最大,其对应的特异度为65%,敏感度为72%。根据血清25-(OH)D临界值30.31 ng/ml将402例患儿分成两组,血清25-(OH)D<30.31ng/ml重症化的风险显着高于血清25-(OH)D>30.31 ng/ml组(P<0.05)。(3)将WBC>15×109/L、血糖>8.3mmol/L、血清25-(OH)D<30.31ng/ml纳入多因素Logistic回归分析,差异均有统计学意义(P<0.05),得出结论25(OH)D<30.31ng/ml为EV71型HFMD患儿重症发生的危险因素。(4)与对照组相比,病例组儿童外周血T淋巴细胞亚群水平(CD3+、CD4+、CD8+百分比、CD4+/CD8+比值)均减低,病例组中重症组明显低于普通组。病例组血清25-(OH)D水平与T淋巴细胞亚群水平呈正相关,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:(1)EV71型HFMD患儿血清25-(OH)D水平与病情程度密切相关,病情程度越重,血清25-(OH)D水平越低。当血清25-(OH)D<30.31 ng/ml时具有重要的预测价值,可能为EV71型HFMD重症化的预警因素。(2)EV71型HFMD患儿细胞免疫功能与其血清25-(OH)D水平呈现正性相关关系,血清25-(OH)D缺乏或不足时,EV71型HFMD患儿抗病毒免疫功能的降低。提示监测血清25-(OH)D水平对评估EV71型HFMD患儿严重程度、提早干预、判断预后具有重要的临床意义。
邱冉[3](2020)在《基于痘病毒天坛株的H5N1亚型禽流感病毒样颗粒的构建及其免疫原性分析》文中进行了进一步梳理流感病毒(Influenza virus)是流行性感冒病毒的简称,属于正粘病毒科(Orthomyxoviridae),分为甲(A)、乙(B)、丙(C)、丁(D)四型,可引起人、禽、猪、马、蝙蝠等多种动物感染和发病。禽流感(Avian influenza)就是一种由甲型流感病毒引起的传染病,这种传染病不仅可在鸟类、禽类中快速传播,还可感染人类。H5N1亚型属于高致病性禽流感病毒,在1997年首次被发现可以感染人类,截至目前,已经有近千例H5N1感染患者,且死亡率高达50%以上,给人类健康和社会经济带来了巨大的影响和损失。流感疫苗是当今社会对于流感防控最经济、最有效的手段。但是如今市场上销售的流感疫苗主要是以鸡胚基质为主的流感病毒灭活疫苗,传统鸡胚工艺具有很强的局限性,尤其当流感爆发甚至形成大流行时,鸡胚生产周期长,鸡胚的供给不足会成为限制疫苗大量生产的主要因素。病毒样颗粒(Virus-like particles,VLPs)是含有病毒结构蛋白的空心颗粒,不含病毒基因组,具有更高的安全性,且与全病毒疫苗颗粒结构相似,可以诱发机体较强的免疫作用,并且病毒样颗粒主要通过体外细胞表达,不依赖于鸡胚的生产系统。痘病毒天坛株是上世纪中国用于预防天花的疫苗株,同时也非常适合作为外源蛋白的表达载体。它基因组巨大,非必需基因多,可容纳较长的外源基因片段;宿主范围广泛,可在多种不同细胞系内扩增;安全性高,有长期的人体应用历史。本研究的目的是以痘病毒天坛株为表达载体,在Vero细胞内表达H5N1亚型禽流感VLPs,并通过免疫小鼠对其免疫原性进行分析。首先设计并构建了含H5N1病毒HA、NA基因的重组痘病毒穿梭质粒pSCCK-HA/NA,利用pSCCK-HA/NA转染预先感染了痘病毒天坛株的Vero细胞,经过多轮荧光筛选后成功获得表达H5N1亚型禽流感病毒HA、NA蛋白的重组痘病毒rVTT-HA/NA,Western blot鉴定HA、NA蛋白表达正确。通过蔗糖密度梯度离心纯化获得病毒样颗粒,电镜下可以看到形态大小与H5N1病毒类似的颗粒,经Lowry法测定纯化后的VLPs总蛋白含量为93.49μg/mL,经SRID测定HA蛋白含量为24.58μg/mL。以VLPs剂量1μg/只、5μg/只、10μg/只对小鼠进行免疫,同时以H5N1全病毒灭活疫苗剂量1μg/只免疫组作为阳性对照。体液免疫结果表明:5μg/只、10μg/只剂量组血清抗体中和活性均大于1:40,10μg/只剂量组最高可以达到1:180,且在第八周的中和活性与全病毒灭活疫苗组相当;ELISA检测IgG抗体,三剂量组在加强免疫后均可看到IgG效价的明显升高,且效价维持平稳,至第八周未见明显下降。细胞免疫结果表明病毒样颗粒三个剂量组所诱发的脾脏CD8+T细胞比例均高于全病毒灭活疫苗组,脾脏分泌细胞因子IFNγ的淋巴细胞比例也比全病毒灭活疫苗组高,证明病毒样颗粒诱发的细胞免疫效果较强。本研究为新型病毒样颗粒流感疫苗的研发提供了一定的基础。
曾健雄[4](2019)在《HCMV UL124基因生物信息学分析及多克隆抗体的制备和检测》文中研究表明人巨细胞病毒(HCMV)是一种广泛存在的病原体,会感染世界上大多数人群。和其它疱疹病毒一样,HCMV可引起生产性和潜伏性感染。对于免疫力正常的宿主,HCMV潜伏感染通常是无症状的,然而当宿主免疫力异常时,则会引起多种疾病甚至死亡。HCMV潜伏期已经进行了几十年的研究,但对于其潜伏的分子机制仍然只有有限的了解。HCMV UL124基因是在病毒潜伏感染的细胞中被发现,属于反义潜伏转录物之一,推测其在病毒建立和维持潜伏期发挥作用。然而到目前为止,对于该基因的研究仍然很少。为了能够更加深入认识和研究UL124基因,本研究进行了生物信息学分析和多克隆抗体的制备及检测,这为后续研究奠定基础。具体研究如下:1.利用生物信息学相关软件和网站,预测UL124基因编码蛋白的基本性质以及相应的结构与功能,分析UL124基因的免疫性特性和gene ontology,研究UL124基因的同源性和多态性。结果表明UL124蛋白分子量大约为15kDa,为疏水性蛋白,N端含有信号肽,80-100氨基酸区域含有跨膜域和螺旋结构,非跨膜区域含有多个糖基化位点和磷酸化位点。免疫学特性分析筛选出两条抗原性强的表位肽,可用于后续抗体制备等研究。Gene ontology预测显示该蛋白和膜结构相关,主要通过蛋白间相互作用发挥功能。UL124基因及其编码氨基酸同源性和多态性分析表明,该基因在HCMV不同病毒株间保守性很高,在CMV和β疱疹病毒中保守性不高,但在结构上有一定相似性。2.利用HCMV TB40/E文库成功克隆出UL124基因全长,表达得到重组蛋白,且基本为包涵体。优化表达条件,确定最佳表达温度为30℃,最佳IPTG浓度为0.8mM,最佳表达时间为6h。通过优化后的条件,培养得到足够重组蛋白。重组蛋白经镍柱亲和层析法纯化,然后经过透析除盐和超滤浓缩后免疫新西兰大白兔,最后采血用ELISA检测效价。效价达105,然后收集兔子全身血并经过纯化得到纯度较高的多克隆抗体。利用制备的多克隆抗体检测到UL124基因在293T细胞中的过表达,另外也检测到其在HCMV潜伏期和裂解期都存在转录和表达,同时发现其定位于细胞核周围。
管成飞[5](2018)在《人类疱疹病毒7型8型与扁平苔藓相关性研究》文中认为目的:探讨人类疱疹病毒7型(HHV-7)和人类疱疹病毒8型(HHV-8)与扁平苔藓(LP)之间的相关性,从而为研究扁平苔藓的发病机制提供有益参考。方法:选择2016年5月至2017年7月在青岛大学附属医院皮肤科就诊的临床表现典型、经病理确诊、无治疗史且无其他感染性疾病的20例LP患者为实验组,切取皮损组织;对照组为同期在青岛大学附属医院行美容外科手术的17例健康者,切取皮肤组织。采用病毒DNA纯化试剂盒提取并纯化样本DNA,应用实时荧光定量PCR法检测LP患者的皮损组织和健康对照者皮肤组织的HHV-7 DNA和HHV-8 DNA的存在情况。应用SPSS 21.0统计学软件进行分析,采用Fisher确切概率法,P<0.05具有统计学意义。结果:1.20例LP患者的皮损组织有4例检测出HHV-7 DNA,对照组17例健康者的皮肤组织中未检测出HHV-7 DNA,两者相比无显着性差异(P=0.109>0.05);4例HHV-7阳性标本DNA拷贝数分别为0.79、2.15、2.47、3.10(copies/μl)。2.所有样本中均未检测出HHV-8 DNA。结论:1.扁平苔藓皮损组织检测出HHV-7 DNA,但与对照组相比无显着性差异,HHV-7是否参与了扁平苔藓的发病机制尚不能确定。2.HHV-8可能与扁平苔藓的发病没有相关性。
蒋思[6](2018)在《Ⅰ型单纯疱疹病毒UL2蛋白核输入信号和核输入机制的鉴定及其重组病毒的构建》文中研究表明Ⅰ型单纯疱疹病毒(herpes simplex virus type 1,HSV-1)是人群中常见的病毒,可引起人类多种疾病,已成为严重危害人类健康的重要病原之一,目前尚无有效的药物和疫苗。HSV-1 UL2基因编码的UL2蛋白是一种尿嘧啶-DNA糖基化酶(Uracil-DNA glycosylase,UDG),它能精确地从合成的DNA中切除错误掺入的尿嘧啶,这在病毒复制过程中的碱基修复中起着重要的作用。此外,虽然UL2对病毒在体外细胞培养中的复制不是必需的,但是对病毒在神经元中的有效复制是必需的。因此,UL2在病毒的致病性、潜伏和再激活中可能发挥着重要作用。目前,关于HSV-1 UL2在病毒感染中的确切功能还不是很清楚。本研究中,为了分析UL2在活细胞中的分布情况,我们利用分子克隆技术首先将UL2的全长开放读码框与增强型黄色荧光蛋白(Enhanced yellow fluorescence protein,EYFP)融合构建相应真核表达质粒,将其转染COS-7细胞后发现,在其它病毒蛋白不存在的情况下,UL2在活细胞内主要定位在细胞核内,证实它是一个核靶向蛋白。通过构建一系列与EYFP融合的UL2缺失或定点突变体表达质粒并将其转染COS-7细胞后进行荧光定位分析,结果发现UL2含有一个功能性的核输入信号(Nuclear localization signal,NLS)(1MKRACSRSPSPRRRPSS17),它的关键氨基酸(Amino acids,aa)是12RRR14。同时,我们也证实预测的核输出信号(Nuclear export signal,NES)不起作用。利用Ran-GTP、importinα/β显性负突变体和抑制剂及免疫共沉淀实验等进一步研究显示,UL2是在RanGTP提供能量情况下通过importinα1、α5、α7、β1和transportin-1多种受体介导的方式进入细胞核。此外,异源核融合实验证实了UL2是一种核质穿梭蛋白。根据鉴定到的UL2 NLS及其关键aa,我们利用Red同源重组技术在含HSV-1BAC Luc的大肠杆菌GS1783中构建了UL2 NLS突变型(UL2 NLSm)、UL2缺失型(?UL2)和UL2回复型(?UL2R)相关重组病毒的细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome,BAC),并将它们转染Vero细胞后获得相应重组病毒。通过病毒滴度测定实验确定了获得的重组病毒滴度,同时重组病毒的生长曲线实验结果表明UL2的核输入对病毒的有效复制是至关重要的,UL2缺失的病毒的复制减弱。因此,以上这些研究结果将为深入阐明UL2在HSV-1感染中的生物学功能奠定基础,也为进一步的抗病毒药物靶点设计和疫苗研制提供理论依据。
潘德全[7](2018)在《新型水痘减毒活疫苗VZV-7D的生物分析与免疫原性评价》文中研究说明水痘-带状疱疹病毒(Varicella-zoster Virus,VZV)是导致水痘(Varicella/chickenpox)和带状疱疹(Herpes zoster)的病原体。人体初次感染VZV时会引发水痘,之后病毒可在宿主的感觉神经中枢建立潜伏感染,在外伤、劳累、年老、免疫抑制等情况下会再次激活并引发带状疱疹。水痘多发于儿童,具有高度传染性,是一种全球流行性传染病;带状疱疹多发于中老年人,发病时通常会伴有强烈的神经痛,具有严重的危害性。目前对于水痘和带状疱疹都缺乏特效的治疗手段,接种疫苗是预防上述疾病的有效方式。当前已上市的水痘疫苗均为使用vOka疫苗株的减毒疫苗。然而有研究表明,vOka株存在再次激活引发带状疱疹的安全隐患。因此,开发更为安全有效的新型水痘疫苗具有十分重要的意义。本研究在前期工作中应用反向遗传学技术发现了 VZV的ORF7对病毒在人皮肤和神经节组织中的感染毒力具有决定性影响,ORF7敲除的VZV-7D具有发展成为新型水痘减毒活疫苗的良好潜力。本研究即在此基础上,开展了新型VZV-7D疫苗的生物分析与疫苗免疫原性评价研究,为新型VZV-7D疫苗开展后续临床前研究和申报临床试验提供重要基础和支持。在第一部分,本研究初步建立了用于VZV-7D生物分析的方法系统,从ORF7的突变基因和表达缺失、病毒颗粒的复制组装和形态结构、主要抗原蛋白表达情况等方面对VZV-7D进行了生物分析。首先,本研究应用MGB实时荧光PCR技术、双抗夹心酶联免疫吸附法、蛋白质印迹法以及免疫荧光技术在基因层面和蛋白层面分析确定了 VZV-7D存在导致ORF7表达缺失的突变。然后,本研究通过透射电子显微镜观察感染细胞内的和纯化后的VZV-7D病毒颗粒,分析发现VZV-7D在感染细胞中复制组装的顺序与发生位置和病毒颗粒的形态结构与vOka相比均无明显差异。最后,本研究又通过蛋白质印迹法对VZV-7D与vOka感染细胞后的蛋白表达情况进行了分析,结果显示,二者的表达情况无明显差别,均能表达包括糖蛋白、主要衣壳蛋白以及典型皮层蛋白在内的主要病毒抗原蛋白,在蛋白的表达量上也表现一致。在第二部分,本研究对VZV-7D的免疫原性进行了评价,使用同等剂量的VZV-7D与vOka分别对Balb/c小鼠、SD大鼠、豚鼠和兔子四种实验动物进行免疫,评价其激活体液与细胞免疫应答的水平。在体液免疫应答方面,本研究应用gpELISA和空斑减少试验对免疫后动物血清中的抗VZV抗体IgG滴度水平和VZV中和抗体效价进行了检测,结果显示,VZV-7D和vOka免疫后动物血清中的VZV抗体滴度均显着升高,且二者升高的水平相当,在随后的抗体IgG亚型分析结果显示,VZV-7D和vOka免疫宿主后均能刺激产生包含TH1细胞介导和TH2细胞介导的两种体液免疫应答,综合表明VZV-7D与vOka免疫后激活产生的体液免疫应答水平和类型均表现一致,VZV-7D在激活体液免疫应答方面具有与vOka相当的免疫原性。在细胞免疫应答方面,本研究使用不同的抗原对免疫后小鼠和大鼠的脾细胞进行刺激,然后检测其细胞因子的分泌情况。检测结果显示,VZV-7D和vOka免疫后小鼠和大鼠的脾细胞经病毒抗原刺激后分泌的IL-6、TNFα、IFNγ等多种炎症相关因子和抗病毒因子与阴性对照组相比均出现显着升高,且二者的升高水平相当,表明VZV-7D与vOka在激活细胞免疫应答方面具有同等水平的免疫原性。综上所述,本研究初步建立了用于VZV-7D生物分析的方法系统,并对VZV-7D进行了相关的生物分析,为VZV-7D的质控研究提供了技术支持和理论基础。另外,本研究还对VZV-7D的免疫原性进行了评估,分析确定了 VZV-7D具备与vOka同等水平的免疫原性,为VZV-7D后续开展临床前研究和疫苗免疫效果评估提供了研究基础。
郑雪燕[8](2016)在《蝙蝠直肠标本携带病毒的调查》文中进行了进一步梳理蝙蝠是巨大的病毒库,有关蝙蝠携带“新”病毒的研究逐年增加,正不断地补充其病毒库的构成。消化道,作为开放性的腔道,沟通蝙蝠与外界环境,为疾病的传播提供可能。目前,关于蝙蝠携带腺病毒、疱疹病毒、轮状病毒、乳头状瘤病毒及杯状病毒已见文献报导,但多见于其他地区,中国境内少见报导或缺乏流行病学资料,各个研究中收集的蝙蝠种属比较单一。定期对各个地区,不同蝙蝠种属进行病毒检测,有助于了解蝙蝠-病毒间的宿主-病毒关系及其病毒的进化情况。本研究拟对来自广东广州、惠州、云浮以及海南海口四地的520份蝙蝠粪便及直肠标本携带的腺病毒、疱疹病毒、轮状病毒、乳头状瘤病毒、杯状病毒及细小核糖核酸病毒进行流行病学调查及进化溯源分析。已有研究表明蝙蝠的脑、肠道、肺脏、肾脏、肝脏及血液中携带各种各样的病毒。但以往的研究对特定病毒的检测多采用特定的、传统的研究方法,包括培养分离、电镜观察、血清学方法诊断、PCR、杂交等。这些方法都存在一定的局限性,尤其是当检测病毒或其核酸信息未知时,不利于新型病毒的发现。全面掌握蝙蝠携带病毒的本底资料,了解各种病毒的丰度信息,及时发现新发传染原,对于病毒在疾病传播过程中的作用和防治具有重要意义。作为一种有利于未知病毒发现的高效工具,病毒宏基因组学已广泛用于对各种环境介质中的病毒组学研究。蝙蝠病毒宏基因组学研究也在开展和深入进行中,目前,已有7个关于蝙蝠病毒宏基因组学的研究,一定程度上反映了蝙蝠携带病毒的多样性,提供了有价值的数据。4个来自中国境内,采用宏基因组测序探究蝙蝠体内携带病毒的研究,大部分采用各种组织的混合样品,形成预混池,提取核酸,文库构建,进行测序。一定程度上,降低了某些病毒检出阳性率,忽略了病毒存在的源组织,然而,病毒所富集的组织将进一步指导该病毒可能的传播途径。另外,逐个病毒检测工作量巨大,也受到常规检测方法敏感性的影响,且不能发现未知的病毒。本研究拟建立基于Solexa高通量测序的方法,重点关注蝙蝠肠道及粪便携带的病毒,为研究粤、琼两地蝙蝠携带病毒的提供自然本底,以进一步指导未来的蝙蝠相关病毒的分子流行病学调查和预防实践。1研究方法1.1蝙蝠标本的采集2011年7月至2014年8月,于海南海口、广东惠州、云浮及广州四个地方的蝙蝠监测点中,选取9个蝙蝠自然栖息地(居民区,城市公园,废弃的住宅和岩洞),现场捕捉蝙蝠,对捕捉蝙蝠进行编号。采集每只捕获蝙蝠的粪便,肛拭子以及剪取直肠组织标本。利用细胞色素b基因,辅之以蝙蝠研究专家进行形态学鉴定,最终确定捕捉蝙蝠种属。1.2六种常见病毒的调查研究提取520份蝙蝠粪便及直肠标本病毒RNA或DNA。对病毒RNA进行逆转录成cDNA,利用巢式PCR或普通PCR检测其携带轮状病毒、杯状病毒及细小核糖核酸病毒病毒的情况;对病毒DNA进行巢式PCR或普通PCR,检测蝙蝠标本中携带疱疹病毒,腺病毒和乳头状瘤病毒的情况。将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,亮带直接送测序,如果条带较弱则进行切胶、纯化和回收,然后送样至公司测序。利用生物信息学的方法,进行同源性分析,多序列比对,构建系统进化树,计算各序列间的距离矩阵。1.3病毒宏基因组学研究按照地理位置和蝙蝠种类分为6组:GZ.CS(广州犬蝠组)、HN.MS(海南长翼蝠组)、HN.RL(海南棕果蝠组)、HZ.HL(惠州中蹄蝠组)、YF.RB(云浮小菊头蝠组)、YF.SK(云浮小黄蝠组)。每组选取10-15只蝙蝠进行去背景核酸处理,RNA/DNA病毒核酸提取,逆转录和单链cDNA补平形成双链dc-DNA。应用随机引物对dc-DNA进行随机扩增,对扩增产物进行检测鉴定,建库测序。对每组标本进行病毒注释和丰度分析。基于宏病毒组学高通量测序结果,对满足要求的逆转录病毒、腺病毒进行进行同源性分析,多序列比对,构建系统进化树,计算各序列间的距离矩阵。2结果2.1六种常见病毒的检测结果520份标本中,疱疹病毒、腺病毒、乳头状瘤病毒、轮状病毒检测的阳性率分别是:73%、6.9%、2.1%及0.76%。未检出细小核糖核酸病毒和杯状病毒。本研究蝙蝠疱疹病毒(HVs)分属于两种型别:β疱疹病毒属(4株)和γ疱疹病毒属(69株)。尚未在蝙蝠中发现α疱疹病毒属。以HVsDPOL基因及gB基因构建的进化树研究结果提示,本研究不同地域,不同蝙蝠种属HVs DPOL基因及gB基因具有多样性,蝙蝠HVs与其宿主具有协同进化的关系。36株蝙蝠AdVs均属于哺乳动物腺病毒属,但与其他动物(包括人)的AdVs距离较远,氨基酸相似性较低。11株蝙蝠乳头状瘤(PVs)的氨基酸相似性高,相似度为94.5%-100%,而与现有发现的其他动物及蝙蝠PVs相比,相似度较低,仅有34.5-58.9%。与其他动物相比,4株小黄蝠A组轮状病毒(RVA)与一株猴子RVA和狗RVA相似度最高,为80.2%,可初步判断为G3型别。2.2六组蝙蝠病毒宏基因组测序结果6组标本经宏病毒组测序,一共得到数据量为108,443,256个读长(reads),其中,病毒reads为18,261,633条,真核生物,古生菌细菌和其他未能识别的reads为90,181,623条。病毒reads经过拼接得到13,466,976个重叠序列(contigs),平均长度为182bp,大于500bp的contigs有5496个,平均长度为776bp。蝙蝠各组的数据大小介于8,191,142到35,722,372条reads之间,最少的为YF.RB,而最多的为HN.RL。此次研究组装的病毒相关的contigs中,Deltaretrovirus相关的contigs最多,达到了 1424条,在HN.RL组中分布最多,注释信息显示与Pteropus vampyrus endogenous retrovirus group K的pol基因的同源性最为相似,为90%。从注释到的信息来看,Phlebovirus-、Tospovirus-、RotavirusA-、Mastarenavirus、Picobirnavirus-、Simplexvirus-、Varicellovirus-、Mastadenovirus-、Circovirus-、Mamastrovirus-、Coronavirus-、Orthohepadnavirus-、Reoviridae、Iflavirus-、Bracovirus-、Bracovirus-、Orthopoxvirus、Orthopoxvirus、Vesiculovirus-、Chrsovirus-以及所有的Phage-like contigs与现有数据库中的序列的同源性基本上都在 80%以上;而余下的序列,如Alphapapillomavirus-Deltaretrovirus-、Gammaretrovirus-、Alpharetrovirus-、Lymphovirus-、Cytomegalovirus-、Ictalurivirus-、Chlorovirus-、Cucumovirus-contigs,与现有的序列的同源性均低于70%。通过比较发现,不同病毒存在一定的地域特点。2.3反转录病毒(ReVs)和腺病毒(AdVs)基因序列的初步分析来源于HN.RL蝙蝠ReVs序列主要为蛋白酶/聚合酶(Pol)以及包膜蛋白(Env)两个基因,分别与马来狐蝠ReVs的相似度最高,达78-90%。Env基因在BLASTx数据库中经翻译比对后,均在序列中间发现终止密码子。对Pol基因构建进化树发现 HN.RL 的 ReV 与马来狐蝠的 ReVs(Pteropus vampyrus endogenous retroviruses)聚在同一支上,相似度为85.7%。对腺病毒E4orfl基因构建系统进化树,发现来源于GZ.CS和HN.MS组的contigs与人腺病毒C型(human AdV-C)聚在同一支,相似度为94.1-100%。利用IVa2基因构建进化树得知,本研究HN.MS的AdV contig与human AdV-C聚在同一支,相似度为100%。3结论3.1首次在小黄蝠、中蹄蝠、翘尾蝠及犬蝠体内发现疱疹病毒,扩大了蝙蝠携带HVs的种属认知。蝙蝠体内高HVs的携带率,低致病性以及蝙蝠HVs的多样性,提示了蝙蝠与HVs之间可能存在共进化的关系。本研究3株蝙蝠HVs(SK/11HZ85,CS/13HN70 and RB/13YF87)与 Macavirus 病毒属的牛疱疹病毒 6型(BOHV6)聚在同一支,DPOL和gB基因氨基酸相似度高,提示了跨种属的可能。3.2本研究发现蝙蝠间腺病毒具有多样性,首次在犬蝠体内检测出腺病毒。基于本研究及目前文献报道结果,蝙蝠AdVs与人AdVs具有种属特异性。尚无证据证明蝙蝠与人之间的AdVs能进行跨种属传播。仍需进一步详细的蝙蝠、人AdVs基因组学信息和流行病学调查资料研究证明两者间关系。3.3首次在小黄蝠和小菊头蝠中发现乳头状瘤病毒,为新的PV型别,但不能确定其病毒分属情况。本研究2株小黄蝠PVs和9株小菊头蝠PVs聚在同一支上,相似度高,未显示PVs具有严格的种属特异性及与宿主共进化关系。3.4根据RCWG的标准,可将本研究发现的四株小黄蝠RVAs初定为G3型别。3.5未从520份蝙蝠粪便、直肠及肛拭子标本中检测出杯状病毒和细小核糖核酸病毒。考虑可能是蝙蝠本身CV/PiV携带率低,病毒载量不足以及检测方法不够灵敏等原因造成。3.6建立了基于高通量测序的蝙蝠粪便/直肠的病毒宏基因学方法,重点关注蝙蝠肠道及粪便携带的病毒,检测到大量脊椎动物、昆虫、植物、古生菌、细菌、真菌和藻类病毒的核酸序列。发现了多个潜在的新型病毒,如:甲型乳头状瘤病毒、丙型逆转录病毒,乙型逆转录病毒,巨细胞疱疹病毒、淋巴滤泡疱疹病毒。不同病毒呈现一定地域特点。3.7初步分析了蝙蝠反转录病毒pol基因的生物信息学信息,提示棕果蝠及马来狐蝠之间的ReVs存在跨种属传播的可能,而ReV在不同蝙蝠种属体内携带的多样性,提示蝙蝠可作为该病毒传播的合适媒介。
朱勇[9](2014)在《猕猴属动物源疾病传播风险及行为因素研究》文中指出动物源疾病是危害人类健康的主要疾病之一,全世界约有200多种动物源传染病和150多种寄生虫病可通过动物或动物产品直接或间接传染给人类,引发人类疾病并造成死亡。动物源疾病的发生和流行,严重威胁社会经济的稳定和生态安全,严重危害人类社会的健康和公众安全。历史上曾有多次动物源传染性疾病的大流行,如天花、鼠疫、霍乱、狂犬病、SARS、禽流感和艾滋病等,给人类带来了巨大灾难,并造成难以估量的影响。作为人类的近缘物种,非人灵长类动物与人类在形态结构、生理生化、代谢功能、遗传组成和生态行为等方面十分接近相似,这种相似性是与病原体的敏感性联系在一起的,也就是说,相对于其他物种的动物源疾病,非人灵长类动物源疾病更容易导致人类疾病,对人类健康构成威胁。我国是世界灵长类资源丰富的国家之一,有22个物种,仅次于马达加斯加、印度尼西亚和巴西。同时,我国人口众多,人口密度大,对外交往频繁。随着我国经济发展和国际化加快,以非人灵长类动物为主要对象的养殖、旅游和科学研究活动日益增多,导致人与非人灵长类动物接触增加,而一旦某种灵长类动物疾病爆发,不但造成该动物物种的损失,如跨种传播到人类可在人类社会迅速扩散和蔓延,影响我国经济发展和社会安定,甚至世界恐慌。目前,国内在这方面的研究还比较薄弱,因此开展人与非人灵长类之间疾病传播调查和传播途径研究,更具针对性和紧迫性。当务之急,是了解和掌握不同环境下猴群感染病毒微生物的种类和感染程度,调查猴群管理工作人员感染猴源疾病情况,同时开展对人猴接触方式和接触类型的行为学调查,初步评估我国猴源疾病传播的风险,以期提出猴源疾病的防控措施。本研究于2008年9月至2010年6月期间,通过对三种不同环境下不同种类的猴,即野生环境下黄山野生猴谷的短尾猴、圈养环境下合肥野生动物园的日本猴、笼养环境下安徽实验猕猴中心的猕猴进行研究,采用扫描取样法、行为取样法以及问卷调查法对人猴接触方式和接触类型进行研究;采用酶联免疫吸附法对猴群及猴群管理工作人员血样进行六种常见病毒的阳性抗体检测,以比较和揭示不同灵长类动物、不同生存环境和不同行为方式下猴源病原体的传播趋势和危害程度,主要结果如下:(1)在黄山野生猴谷发生的人猴接触行为类型及行为发生频率显着高于合肥野生动物园和安徽实验猕猴中心(P<0.05);在黄山野生猴谷发生的猴子攻击人类行为事件比例显着高于合肥野生动物园和安徽实验猕猴中心(P<0.05);(2)在黄山野生猴谷和合肥野生动物园,游客指猴、逗猴和打猴等攻击行为类型及行为发生频率无显着差异性(P>0.05):在黄山野生猴谷,游客与猴子身体接触行为发生频率显着高于合肥野生动物园,而非身体接触性近距行为的发生频率,合肥野生动物园显着高于黄山野生猴谷(P<0.05);(3)通过对工作人员、游客及当地居民三类易于接触猴子的人群问卷调查比较,工作人员接触猴子行为发生率显着高于游客及当地居民(P<0.05),当地居民接触猴子行为发生率与游客无显着性差异(P>0.05);(4)通过对工作人员、游客及当地居民与猴子发生接触行为类型比较,发现三类人群与猴子身体接触行为类型均无显着性差异(P>0.05):与猴子身体接触或被抓咬后处理方式均无显着性差异(P>0.05);(5)短尾猴感染病毒丰富度最高,检测全部6种病毒抗体均呈阳性;其次是猕猴,有5种病毒抗体呈阳性,即猴疱疹B病毒、甲型肝炎病毒、猴痘病毒、猴泡沫病毒和猴D型逆转录病毒;日本猴最低,有3种病毒抗体呈阳性,即猴疱疹B病毒、猴痘病毒和猴D型逆转录病毒。(6)在此六种病毒种类中,①猴疱疹B病毒抗体阳性率最高的是日本猴,为37.5%;②甲型肝炎病毒抗体阳性率最高的是猕猴,为13.6%;③猴痘病毒抗体阳性率最高的是猕猴,为27.3%;④猴泡沫病毒抗体阳性率最高的是短尾猴,为18.8%;⑤猴D型逆转录病毒抗体阳性率最高的是日本猴,为25.0%;⑥猴T淋巴细胞趋向性病毒1型抗体阳性率最高的是短尾猴,为6.3%;三种猴类病毒感染率与年龄分布均无显着性相关(P>0.05)。(7)对人血样病毒检测结果表明,除甲肝病毒阳性率为30.0%外,其它病毒阳性率均为0.0%。甲肝病毒阳性率黄山猴谷最高为57.1%(4/7),其次是合肥野生动物园为33.3%(1/3),祁门猕猴中心最低为10%(1/10)。(8)在黄山野生猴谷存在猴源疾病传播风险Ⅰ级(高度风险级)两类、Ⅱ级(中度风险级)三类、Ⅲ级(低度风险级)一类,即在黄山野生猴谷应首先重点防御猴疱疹B病毒(BV)和猴痘病毒(SPV),其次应重点防御甲型肝炎病毒(HAV)、猴泡沫病毒(SFV)和猴D型逆转录病毒(SRV),最后应防御猴T淋巴细胞趋向性病毒1型(STLV-1)向人类传播;在合肥野生动物园存在猴源疾病传播风险Ⅰ级一类、Ⅱ级一类、Ⅲ级四类,即应首先重点防御猴疱疹B病毒(BV),其次应重点防御猴痘病毒(SPV),最后应防御猴D型逆转录病毒(SRV)向人群传播;在安徽实验猕猴中心存在猴源疾病传播风险Ⅰ级两类、Ⅱ级一类、Ⅲ级三类,即应首先重点防御猴疱疹B病毒(BV)和猴痘病毒(SPV),其次应重点防御甲型肝炎病毒(HAV),最后应防御猴泡沫病毒(SFV)和猴D型逆转录病毒(SRV)向人群传播。本研究结果显示,检测出的猴病毒种类依环境封闭程度减少,感染病毒频率依猴子被利用程度增加;病原体在猴子之间主要通过血液、体液和排泄物等传播;本研究中未检测出人感染猴病毒。以上结果表明在我国猴源疾病向人类传播的可能性不大,但这些猴携带的主要病毒可以在人体上存活,仍然存在猴源疾病感染人的风险。贯彻预防为主的方针,避免人和猴直接接触是防止人感染猴疾病的有效方法。预防猴源疾病的关键行为是减少人与感染动物的接触,包括避免因近距或喂食等发生人猴身体性接触行为以及被猴子抓咬等行为、避免接触猴子污染物或摄入污染的食物和水源。根据本研究结果,建议采取以下措施:(1)定期对猴子进行检疫,及时发现和控制病源;(2)提高生态保护意识,改善人猴之间的关系;(3)阻止野生猴类与家养动物直接接触,避免病原菌的相互传播;(4)对圈养猴类实行疫苗策略,降低猴源疾病感染率。本研究在国内首次结合行为生态学和病原生态学对猴源疾病的传播进行研究,初步评估我国猴源疾病传播的风险性,找出不同环境下猴源疾病传播的关键行为类型和行为因素。本研究有助于灵长类动物健康和保护,促进公众健康和安全,并为我国制定猴源疾病预警和预防措施提供必要且有益的基础性资料。
钟菲菲[10](2014)在《单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏相关转录体RL1序列抗凋亡作用的研究及其编码的microRNA的筛选》文中指出单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2)是人类疾病常见的病原体,在体内易引起持续潜伏感染,当免疫力低下时,可反复被激活,难以治愈。HSV-2的潜伏感染是生殖器疱疹易复发、难根治的主要原因。潜伏相关转录体(LAT)是HSV在潜伏感染时唯一大量存在且高表达的病毒RNA,LAT在HSV潜伏状态建立、维持和复活中发挥作用。目前有关LAT的作用假说很多,但具体是哪一种作用机制尚不明确。LAT不能编码蛋白质,但是LATs能够编码多个有功能的miRNA,microRNA能够通过与靶mRNA特异性的碱基配对,引起靶mRNA的降解或者抑制其翻译,从而对基因进行转录后表达的调控,miRNA可能在潜伏感染中发挥重要作用。在病毒潜伏期间LAT编码的miRNA对其靶基因进行干扰作用,抑制细胞凋亡,使病毒长期潜伏。为此,本研究以HSV-2333基因组为模板PCR扩增HSV-2LAT RL1序列,构建重组真核表达载体pEGFP-RL1。通过脂质体和电转染两种方法转染将重组子转染进Vero细胞和PC12细胞,G418对重组子进行稳定筛选,确定稳定表达的细胞,研究重组子在Vero细胞GenBank及PC12细胞中的表达及其抗凋亡作用,并利用Real-time PCR的方法确定RL1所编码的microRNA,明确RL1是通过编码microRNA来执行抗凋亡功能的。首先根据中的LAT RL1序列设计引物,以HSV-2333基因组为模板PCR扩增HSV-2LAT RL1片段,构建重组质粒pEGFP-RL1。重组质粒转染入Vero细胞和PC12细胞,并通过RT-PCR和荧光显微镜确认LAT RL1序列在Vero细胞和PC12细胞中成功转录和表达。凋亡诱导剂放线菌素D(ActD)诱导建立细胞模型,重组质粒在转染试剂的作用下转染进Vero细胞和PC12细胞,G418对重组子进行抗性筛选,然后通过Hochest33342染色,荧光观察,JC-1荧光染色从定性的角度确定RL1序列具有抗放线菌素D诱导的Vero细胞和PC12细胞的凋亡作用。MTT结果表明转染了重组质粒pEGFP-RL1的Vero细胞和PC12细胞经放线菌素D凋亡诱导后细胞活性与未经任何处理的正常对照组相比,差异无统计学意义(P>0.05),但高于放线菌素D诱导凋亡的细胞组及与转染空质粒。pEGFP-C2且放线菌素D诱导凋亡的细胞组,差异具有统计学意义(P<0.05)。流式结果表明,转染重组质粒pEGFP-RL1且经放线菌素D诱导凋亡组与正常对照组凋亡率差异无统计学意义(P>0.05),而显着低于放线菌素D诱导凋亡组和转染空质粒pEGFP-C2且经放线菌素D诱导凋亡组,差异显着(P<0.05)。Caspase-3活性检测表明转染重组质粒的细胞组caspase-3活性与正常对照组无显着差异,而明显低于空质粒组差异有统计学意义(P <0.05)。DNA Ladder重组质粒pEGFP-RL1且经放线菌素D诱导凋亡组与正常对照组未见凋亡条带,放线菌素D诱导凋亡组和转染空质粒pEGFP-C2且经放线菌素D诱导凋亡组出现大小不等的小片段。ReaL-time PCR显示RL1序列能编码5种microRNA,(miR-H3, miR-H4-3p,miR-H4-5p,miR-H24和miR-H19),且在Vero细胞和在PC12细胞里面,这5中microRNA的表达量是有差异的,这说明microRNA的表达具有组织特异性。且LAT RL1主要是通过这5种microRNA来执行抗凋亡功能的。综述以上研究结果表明,HSV-2LAT基因RL1片段具有抗放线菌素D在Vero和PC12细胞中诱导的细胞凋亡的功能。且此功能的发挥主要是通过RL1序列编码的microRNA来发挥的。本实验研究为探究有关HSV-2LAT介导的病毒的潜伏和复发的机制打下一定基础。
二、人类疱疹病毒7开放读码框U41功能的初步探讨(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、人类疱疹病毒7开放读码框U41功能的初步探讨(论文提纲范文)
(1)CTCF在HSV-2潜伏复发中结合位点的鉴定与验证(论文提纲范文)
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Abstract |
缩略词表 |
第一章 绪论 |
1.1 疱疹病毒概述 |
1.2 单纯疱疹病毒Ⅱ型基因结构 |
1.2.1 HSV-2基因结构 |
1.2.2 HSV-2的主要编码蛋白 |
1.3 单纯疱疹病毒Ⅱ型的潜伏复发机制 |
1.3.1 HSV-2潜伏复发理论 |
1.3.2 LAT基因在HSV-2 中的作用 |
1.4 宿主细胞对HSV-2潜伏复发的调控作用 |
1.4.1 CTCF蛋白简介 |
1.4.2 CTCF蛋白结构 |
1.4.3 CTCF蛋白在基因表达中的作用 |
1.4.4 CTCF在疱疹病毒中的作用 |
1.5 研究意义和内容 |
1.5.1 本课题的研究意义 |
1.5.2 本课题的研究内容 |
第二章 单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏感染模型的建立 |
2.1 引言 |
2.2 实验材料,仪器与试剂 |
2.2.1 实验器材 |
2.2.2 实验试剂 |
2.2.3 主要实验物品 |
2.2.4 实验溶液配制 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 细胞实验 |
2.3.2 病毒实验 |
2.3.3 构建BABL/c小鼠潜伏感染模型 |
2.3.4 BABL/c小鼠组织检测 |
2.4 结果与讨论 |
2.4.1 病毒感染细胞结果 |
2.4.2 HSV-2VR734毒株病毒滴度检测 |
2.4.3 病毒浓度对BABL/c小鼠感染结果的影响 |
2.4.4 BABL/c小鼠免疫组化结果 |
2.4.5 HSV-2 感染BABL/c小鼠LAT基因表达分析 |
2.4.6 结果讨论与分析 |
2.5 本章小结 |
第三章 CTCF结合位点的鉴定和功能验证 |
3.1 前言 |
3.2 实验材料 |
3.2.1 主要仪器和设备 |
3.2.2 主要试剂 |
3.2.3 主要实验物品 |
3.2.4 实验溶液的配置 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 生物信息学分析 |
3.3.2 染色质免疫共沉淀实验 |
3.3.3 CTCF调控功能验证 |
3.4 结果讨论和分析 |
3.4.1 CTCF预测位点序列 |
3.4.2 免疫共沉淀片段质量检测 |
3.4.3 CTCF结合位点分布图 |
3.4.4 结合位点功能验证 |
3.4.5 结果分析与讨论 |
3.5 本章小结 |
结论与展望 |
结论 |
展望 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
附件 |
(2)血清25-(OH)D水平与EV71型HFMD患儿重症化的关联性研究(论文提纲范文)
缩略语表 |
中文摘要 |
Abstract |
前言 |
文献回顾 |
1 EV71型HFMD概述 |
1.1 流行概况 |
1.2 病原学特点 |
1.3 发病机制 |
1.4 临床特征 |
1.5 重症病例的早期识别 |
1.6 诊断及治疗 |
1.7 疫苗的研发现状 |
2 2 5-(OH)D研究进展 |
2.1 25 -(OH)D与 VD概述 |
2.2 VD的抗感染作用机制 |
2.3 25 -(OH)D与儿童感染性疾病的关联性研究 |
1 研究内容 |
2 研究对象 |
2.1 纳入标准 |
2.2 排除标准 |
2.3 分组标准 |
3 研究方法 |
3.1 主要仪器与设备 |
3.2 主要试剂 |
3.3 样本的采集 |
3.4 临床病例资料收集 |
3.5 统计学处理 |
4 结果 |
4.1 25 -(OH)D水平与EV71型HFMD重症化的关联性研究 |
4.2 25 -(OH)D水平与EV71型HFMD细胞免疫功能的关联性研究 |
5 讨论 |
5.1 25 -(OH)D水平与EV71型HFMD重症化的关联性研究 |
5.2 25 -(OH)D水平与EV71型HFMD细胞免疫功能的关联性研究 |
6 结论 |
小结 |
参考文献 |
个人简历和研究成果 |
致谢 |
(3)基于痘病毒天坛株的H5N1亚型禽流感病毒样颗粒的构建及其免疫原性分析(论文提纲范文)
缩略词表 |
摘要 |
Abstract |
第一章 前言 |
1.1 流感病毒概述 |
1.2 流感疫苗 |
1.3 病毒样颗粒疫苗 |
1.4 痘病毒天坛株载体 |
1.5 研究目的 |
1.6 技术路线 |
第二章 实验材料 |
2.1 实验用细胞、病毒、菌种 |
2.2 实验用试剂 |
2.3 实验用仪器 |
2.4 主要试剂的配制 |
第三章 实验方法 |
3.1 穿梭质粒pSCCK的设计 |
3.2 重组质粒pSCCK‐HA/NA的构建 |
3.3 重组痘病毒rVTT‐HA/NA的构建 |
3.4 重组痘病毒rVTT‐HA/NA的鉴定 |
3.5 病毒样颗粒的表达与纯化 |
3.6 病毒样颗粒免疫原性分析 |
第四章 实验结果 |
4.1 穿梭质粒pSCCK结构 |
4.2 重组质粒pSCCK‐HA/NA的构建与鉴定 |
4.3 重组痘病毒rVTT‐HA/NA的构建与鉴定 |
4.4 病毒样颗粒的表达与纯化 |
4.5 病毒样颗粒免疫原性分析 |
第五章 总结与讨论 |
5.1 讨论 |
5.2 总结与展望 |
参考文献 |
综述 |
参考文献 |
在读期间论文发表情况 |
致谢 |
(4)HCMV UL124基因生物信息学分析及多克隆抗体的制备和检测(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
1.1 人巨细胞病毒(HCMV)概述 |
1.2 HCMV潜伏期简介 |
1.3 UL124 基因研究进展 |
1.4 本研究的目的和意义 |
1.5 研究技术路线 |
第二章 实验材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.2 实验方法 |
第三章 实验结果 |
3.1 HCMV UL124 基因生物信息学分析 |
3.2 pET32a(+)-UL124 重组表达载体的构建 |
3.3 重组蛋白的原核表达 |
3.4 重组蛋白镍柱纯化 |
3.5 多克隆抗体的制备和纯化 |
3.6 UL124 基因在293T细胞中的检测 |
3.7 UL124 基因在HCMV潜伏期的检测 |
3.8 UL124 基因在HCMV裂解期的检测 |
第四章 讨论 |
第五章 总结和展望 |
参考文献 |
附录 |
在校期间学术交流和发表的论文 |
致谢 |
(5)人类疱疹病毒7型8型与扁平苔藓相关性研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
引言 |
材料与方法 |
1 临床资料 |
2 主要试剂 |
3 主要仪器 |
4 实验方法 |
4.1 提取与纯化DNA |
4.2 设计合成引物和探针 |
4.3 构建标准品DNA |
4.4 建立标准曲线,HHV7、8DNA绝对定量 |
5 统计学处理 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
综述 |
综述参考文献 |
攻读学位期间的研究成果 |
缩略词表(附录) |
致谢 |
(6)Ⅰ型单纯疱疹病毒UL2蛋白核输入信号和核输入机制的鉴定及其重组病毒的构建(论文提纲范文)
主要英文缩略词 |
中文摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
材料和方法 |
结果 |
讨论 |
总结 |
参考文献 |
综述 |
参考文献 |
在学位期间出版或公开发表论着、论文 |
致谢 |
(7)新型水痘减毒活疫苗VZV-7D的生物分析与免疫原性评价(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
缩略词 |
第一章 引言 |
1.1 水痘-带状疱疹病毒的致病性 |
1.1.1 水痘 |
1.1.2 带状疱疹 |
1.2. 水痘-带状疱疹病毒的分子生物学特征 |
1.2.1 疱疹病毒科 |
1.2.2 水痘带状疱疹病毒的形态学和生物学特征 |
1.2.3 水痘带状疱疹病毒基因组结构 |
1.2.4 水痘带状疱疹病毒的生活周期 |
1.2.5 水痘-带状疱疹病毒的潜伏与再激活 |
1.3. 水痘带状疱疹病毒的蛋白功能研究进展 |
1.3.1 VZV糖蛋白的功能研究 |
1.3.2 VZV皮层蛋白的研究 |
1.4 VZV的免疫学研究进展 |
1.4.1 水痘-带状疱疹病毒感染相关的固有免疫应答 |
1.4.2 水痘-带状疱疹病毒引起的干扰素表达 |
1.4.3 VZV的抗干扰素作用 |
1.4.4 水痘-带状疱疹病毒感染的T细胞免疫应答 |
1.4.5 VZV对抗原呈递的影响 |
1.5 水痘和带状疱疹的疫苗 |
1.5.1 水痘减毒活疫苗 |
1.5.2 带状疱疹减毒活疫苗 |
1.5.3 亚单位疫苗 |
1.5.4 DNA疫苗 |
1.6 新型水痘减毒活疫苗 |
1.6.0 vOka减毒活疫苗存在的问题和新型减水痘毒活疫苗的研发 |
1.6.1 基于BAC的水痘-带状疱疹病毒感染性克隆的构建与应用 |
1.6.2 VZV皮肤和神经双嗜性因子ORF7的发现 |
1.6.3 VZV-7D病毒的制备 |
1.7 本研究的思路、目的与意义 |
第二章 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.1.1 主要设备 |
2.1.2 主要耗材 |
2.1.3 细胞株、病毒株和实验动物 |
2.1.4 常用试剂 |
2.1.5 常用溶液及培养基配制 |
2.2 方法 |
2.2.1 细胞生物学实验方法 |
2.2.2 分子生物学实验方法 |
2.2.3 动物实验 |
第三章 结果与分析 |
3.1 新型水痘疫苗株VZV-7D的构建 |
3.2 VZV-7D的生物分析 |
3.2.1 VZV-7D的ORF7表达缺失分析 |
3.2.2 VZV-7D病毒颗粒分析 |
3.2.3 VZV-7D的主要抗原蛋白分析 |
3.3 VZV-7D的免疫原性评估 |
3.3.1 从体液免疫应答方面分析VZV-7D的免疫原性 |
3.3.2 从细胞免疫应答方面分析VZV-7D的免疫原性 |
第四章 讨论 |
4.1 VZV-7D发展成为新型水痘减毒活疫苗的潜能探讨 |
4.2 ORF7对VZV在感染细胞中复制的影响讨论 |
4.3 VZV免疫后产生的抗体分析 |
4.4 VZV免疫后产生的细胞免疫应答浅析 |
小结与展望 |
参考文献 |
在校期间的科研成果 |
致谢 |
(8)蝙蝠直肠标本携带病毒的调查(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一章 蝙蝠直肠及粪便标本携带六种常见病毒的调查研究 |
1 材料与方法 |
2 实验步骤与方法 |
3 结果 |
4 讨论 |
本章小结 |
第二章 病毒宏基因组法分析六种蝙蝠的病毒携带情况 |
1 材料与方法 |
2 哺乳动物病毒基因序列初步分析 |
3 结果 |
4 讨论 |
本章小结 |
本研究创新点 |
存在的不足和及下一步计划 |
全文小结 |
参考文献 |
缩略语词汇表 |
攻读博士学位期间发表及参与发表的论文 |
致谢 |
(9)猕猴属动物源疾病传播风险及行为因素研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
1 动物源疾病研究概况 |
1.1 动物源疾病的定义及范畴 |
1.2 动物源疾病危害人类健康 |
1.3 动物源疾病威胁动物安全 |
1.4 影响动物源疾病传播的因素 |
1.5 动物源疾病预防策略及措施 |
1.6 动物源疾病的流行趋势 |
2 非人灵长类动物疾病 |
2.1 人类与非人灵长类的亲缘关系 |
2.2 非人灵长类疾病的分布及种类 |
2.3 非人灵长类疾病病原体的研究 |
2.4 人类与非人灵长类接触行为学研究 |
2.5 人类与非人灵长类疾病的双向传播 |
3 本课题研究目的和意义 |
4 本课题研究内容和技术路线 |
第二章 人猴接触行为类型 |
1 引言 |
2 研究地点和对象 |
2.1 野生环境下的短尾猴 |
2.2 圈养环境下的日本猴 |
2.3 笼养条件下的猕猴 |
3 研究方法 |
3.1 行为取样方法 |
3.2 行为参数定义 |
4 数据处理与分析 |
4.1 数据处理 |
4.2 数据分析 |
5 研究结果 |
5.1 人猴接触行为类型 |
5.2 猴子攻击行为类型 |
5.3 游客对猴子攻击行为类型 |
5.4 猴子主动近距行为类型 |
5.5 游客主动投喂行为类型 |
6 讨论 |
6.1 人猴接触行为类型的差异性 |
6.2 人为因素对人猴接触行为的影响 |
6.3 中国猴文化对人猴接触行为的影响 |
6.4 加强和完善管理以预防人猴冲突 |
第三章 病毒阳性抗体检测 |
1 引言 |
2 研究地点和对象 |
2.1 人血液样本 |
2.2 猴血液样本 |
2.3 伦理道德声明 |
3 研究方法 |
3.1 血液样本取样 |
3.2 血液样本预处理 |
3.3 病毒抗体检测 |
3.4 数据处理与分析 |
4 研究结果 |
4.1 人血液样本病毒抗体阳性率 |
4.2 三种猴类感染病毒丰富度 |
4.3 猴血液样本病毒抗体阳性率 |
4.4 病毒抗体阳性率与年龄的相关性 |
5. 讨论 |
5.1 人猴感染病毒种类及传播趋势 |
5.2 病毒传播特点及防护措施 |
5.3 猴源疾病传播的潜在风险 |
第四章 人猴接触情况问卷调查 |
1 引言 |
2 研究地点和对象 |
2.1 黄山野生猴谷 |
2.2 合肥野生动物园 |
2.3 安徽实验猕猴中心 |
3 研究方法 |
3.1 调查方法 |
3.2 调查内容 |
4 数据处理与分析 |
5 研究结果 |
5.1 被调查者人口学特征 |
5.2 人猴接触差异性分析 |
5.3 与猴接触后处理差异性分析 |
6 讨论 |
第五章 猴源疾病传播风险性评估 |
1 引言 |
2 研究方法 |
2.1 风险性指标 |
2.2 风险预警等级 |
3 研究结果 |
4 讨论 |
第六章 主要结果与结论 |
1 主要结果 |
2 主要结论 |
2.1 我国猴群携带病毒的种类和传播趋势 |
2.2 猴源疾病传播的关键行为类型和因素 |
2.3 猴源疾病防控的初步预案和预警措施 |
3 下一步需要解决的问题 |
4 本研究的特色与创新之处 |
参考文献 |
致谢 |
博士期间主要的科研成果 |
博士期间参加的学术会议 |
(10)单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏相关转录体RL1序列抗凋亡作用的研究及其编码的microRNA的筛选(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩略词表 |
第一章 绪论 |
1.1 单纯疱疹病毒Ⅱ型简述 |
1.2 HSV 的形态与结构 |
1.3 HSV-2 基因组结构和基因表达 |
1.3.1 HSV-2 基因组结构 |
1.3.2 HSV-2 的基因表达 |
1.4 单纯疱疹病毒的 LAT 基因 |
1.4.1 LAT 家族 |
1.4.2 LAT 的开放读码框(ORF) |
1.4.3 LAT 的启动子 |
1.5 LAT 基因的作用机制 |
1.5.1 LAT 下调单纯疱疹病毒裂解基因的表达 |
1.5.2 LAT 的抗凋亡作用 |
1.5.3 LAT 抗凋亡作用的区域 |
1.5.4 LAT 抗凋亡作用的机制 |
1.5.4.1 LAT 通过编码蛋白质介导抗凋亡功能 |
1.5.4.2 潜伏相关转录体(LAT)通过编码 microRNA 执行抗凋亡功能 |
1.6 本课题主要内容及意义 |
1.6.1 本课题的研究意义 |
1.6.2 本课题的研究内容 |
第二章 单纯疱疹病毒Ⅱ型 LAT RL1 真核表达载体的构建 |
2.1 前言 |
2.2 主要实验材料 |
2.2.1 实验耗材和仪器 |
2.2.2 细胞、病毒株、菌株和质粒 |
2.2.3 主要试剂 |
2.2.4 溶液和培养基 |
2.3 技术路线 |
2.4 实验方法 |
2.4.1 复苏非洲绿猴肾细胞 |
2.4.2 传代非洲绿猴肾细胞 |
2.4.3 冻存非洲绿猴肾细胞 |
2.4.4 单纯疱疹病毒Ⅱ型培养 |
2.4.5 提取单纯疱疹病毒基因组 DNA |
2.4.6 PCR 扩增单纯疱疹病毒Ⅱ型 LAT 基因 RL1 序列的 |
2.4.7 琼脂糖凝胶电泳鉴定 PCR 产物 |
2.4.8 凝胶回收纯化 PCR 产物 |
2.4.9 pEGFP-C2 真核表达质粒的扩增 |
2.4.9.1 大肠杆菌细胞感受态的制备 |
2.4.9.2 质粒 pEGFP-C2 转化 |
2.4.9.3 提取 pEGFP-C2 质粒 |
2.4.10 pEGFP-C2 空载体和单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2) LAT-RL1 序列的双酶切 |
2.4.11 双酶切产物的琼脂糖凝胶电泳验证 |
2.4.12 回收纯化双酶切的产物 |
2.4.13 单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2)潜伏相关转录体(LAT)RL1 序列和大肠杆菌质粒pEGFP-C2 连接 |
2.4.14 大肠杆菌 Top10 感受态细胞制备 |
2.4.15 连接产物的转化 |
2.4.16 阳性菌落 PCR 的初步鉴定 |
2.4.17 重组的真核表达载体大肠杆菌质粒 pEGFP-RL1 的提取 |
2.4.18 重组的真核表达载体大肠杆菌质粒 pEGFP-RL1 单双酶切鉴定 |
2.4.19 双酶切目的产物的琼脂糖凝胶电泳鉴定 |
2.4.20 重组真核表达载体 pEGFP-RL1 上 RL1 序列的测序鉴定 |
2.5 结果与讨论 |
2.5.1 Vero 细胞 CPE 病变 |
2.5.2 HSV-2 LAT 基因 RL1 序列的 PCR 扩增 |
2.5.3 阳性菌落的 PCR 鉴定 |
2.5.4 重组真核表达载体 pEGFP-C2/LAT RL1 的酶切和测序鉴定 |
2.5.5 重组真核表达载体 pEGFP-RL1 的测序鉴定 |
2.6 小结 |
第三章 单纯疱疹病毒Ⅱ型 LAT 基因 RL1 在真核细胞中的表达及鉴定 |
3.1 前言 |
3.2 主要实验材料 |
3.2.1 实验仪器和耗材 |
3.2.2 细胞、菌株和质粒 |
3.2.3 主要试剂 |
3.2.4 溶液 |
3.3 技术路线 |
3.4 实验方法 |
3.4.1 小提无内毒素质粒 |
3.4.2 质粒浓度的测定 |
3.4.3 Vero 细胞的培养 |
3.4.3.1 Vero 细胞的复苏 |
3.4.3.2 Vero 细胞的传代培养 |
3.4.3.3 Vero 细胞的冻存 |
3.4.4 PC12 细胞的培养 |
3.4.5 重组质粒转染 Vero 细胞和 PC12 细胞 |
3.4.6 RT-PCR 鉴定 LAT-RL1 转录 |
3.4.6.1 提取 Vero 和 PC12 细胞总的 RNA |
3.4.6.2 逆转录得到第一链 cDNA |
3.4.6.3 以逆转录所得的 cDNA 为模板进行 PCR |
3.5 结果与讨论 |
3.5.1 Vero 细胞的培养 |
3.5.2 PC12 细胞的培养 |
3.5.3 质粒在 Vero 和 PC12 细胞中的表达 |
3.5.4 RT-PCR 检测 LAT- RL1 在 Vero 细胞中的表达 |
3.6 小结 |
第四章 单纯疱疹病毒Ⅱ型LAT-RL1片段对Vero细胞及PC12细胞的抗凋亡作用研究及 miRNA的筛选 |
4.1 前言 |
4.2 主要实验材料 |
4.2.1 仪器和设备 |
4.2.2 菌株、质粒和细胞 |
4.2.3 主要试剂 |
4.2.4 溶液 |
4.3 技术路线 |
4.4 实验方法 |
4.4.1 Vero 细胞及 PC12 细胞的的培养 |
4.4.2 质粒转染 Vero 和 PC12 细胞 |
4.4.3 G418 对筛选稳定转染的细胞 |
4.4.4 放线菌素 D(actinomycin D,ACTD)诱导 Vero 细胞及 PC12 细胞凋亡 |
4.4.5 MTT 法检测细胞增殖 |
4.4.6 流式细胞术检测细胞凋亡 |
4.4.7 Hoechst33342 荧光染色观察细胞凋亡 |
4.4.8 JC-1 细胞凋亡线粒体膜电位检测 |
4.4.9 DNA ladder 检测细胞凋亡 |
4.4.10 Caspase 3 凋亡蛋白检测 |
4.4.11 Vero 和 PC12 细胞总蛋白鉴定 |
4.4.11.1 Vero 和 PC12 细胞总蛋白的提取 |
4.4.11.2 SDS-聚丙烯酰胺凝胶鉴定、分离蛋白质 |
4.4.12 qRT-PCR 检测 HSV-2 LAT RL1 编码的 microRNA |
4.4.12.1 引物的设计和合成 |
4.4.12.2 总 RNA 提取 |
4.4.12.3 逆转录实验 |
4.4.12.4 荧光定量 RT-PCR 检测方法的建立 |
4.4.12.5 统计学分析实验结果 |
4.5 结果与讨论 |
4.5.1 质粒 pEGFP-RL1 在 Vero 细胞中及 PC12 细胞中表达的荧光特点 |
4.5.2 放线菌素 D 诱导 Vero 细胞及 PC12 细胞凋亡模型的建立 |
4.5.3 电转化及 G418 细胞稳定表达筛选 |
4.5.4 MTT 法测重组质粒对 Vero 细胞及 PC12 细胞活性的影响 |
4.5.5 Hochest 33342 染色观察细胞凋亡 |
4.5.6 JC-1 荧光染色观察细胞凋亡 |
4.5.7 MTT 分析细胞增殖 |
4.5.8 流式细胞仪检测 |
4.5.9 DNA ladder 检测细胞凋亡 |
4.5.10 荧光分光光度计检测 Caspase3 活性 |
4.5.11 SDS-PAGE 检测蛋白的表达 |
4.5.12 qRT-PCR 检测稳定转染 pEGFP-RL1 的 Vero 细胞及 PC12 细胞中的 microRNA 表达 |
4.6 小结 |
结论与展望 |
结论 |
本论文的创新之处 |
展望 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
附件 |
四、人类疱疹病毒7开放读码框U41功能的初步探讨(论文参考文献)
- [1]CTCF在HSV-2潜伏复发中结合位点的鉴定与验证[D]. 邹晖. 华南理工大学, 2020(05)
- [2]血清25-(OH)D水平与EV71型HFMD患儿重症化的关联性研究[D]. 宋鹤. 西安医学院, 2020(08)
- [3]基于痘病毒天坛株的H5N1亚型禽流感病毒样颗粒的构建及其免疫原性分析[D]. 邱冉. 武汉生物制品研究所, 2020(01)
- [4]HCMV UL124基因生物信息学分析及多克隆抗体的制备和检测[D]. 曾健雄. 暨南大学, 2019(02)
- [5]人类疱疹病毒7型8型与扁平苔藓相关性研究[D]. 管成飞. 青岛大学, 2018(12)
- [6]Ⅰ型单纯疱疹病毒UL2蛋白核输入信号和核输入机制的鉴定及其重组病毒的构建[D]. 蒋思. 广州医科大学, 2018(05)
- [7]新型水痘减毒活疫苗VZV-7D的生物分析与免疫原性评价[D]. 潘德全. 厦门大学, 2018(07)
- [8]蝙蝠直肠标本携带病毒的调查[D]. 郑雪燕. 南方医科大学, 2016(06)
- [9]猕猴属动物源疾病传播风险及行为因素研究[D]. 朱勇. 安徽大学, 2014(08)
- [10]单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏相关转录体RL1序列抗凋亡作用的研究及其编码的microRNA的筛选[D]. 钟菲菲. 华南理工大学, 2014(01)