一、系统发育学概况与进展(英文)（论文文献综述）
吴雨[1]（2021）在《寒武纪澄江生物群射齿目节肢动物研究》文中研究说明节肢动物门是现生动物界最大的一个门,数量最大、分布最广、分异度最高,其种群优势可以一直追溯到它们的演化源头寒武纪时期。研究节肢动物的起源与早期演化是本文重建后生动物演化途径以及揭示寒武纪大爆发本质的关键环节。射齿目属于干群节肢动物,其形态的特殊性使其在节肢动物演化中占据关键位置,是揭示真节肢动物节肢化等重要演化特征的关键化石类群。同时,作为早古生代海洋中的顶级捕食者,射齿目在早期海洋生态系统的恢复重建中也发挥着重要作用。我国云南的澄江生物群保存有丰富的射齿目动物化石,为本文研究射齿目的形态特征、个体发育、谱系演化、生物古地理以及多样性演化等方面提供了绝佳的实证材料。本文详细研究了澄江生物群中近3000块射齿目化石标本,系统描述了射齿目动物8属9种,其中包括2新属4新种（包括1个新组合种）、1个相似种和一个未定种。它们分别是:Anomalocaris ankylosskelos sp.nov.;Anomalocaris cf.canadensis Whiteaves,1892;Lenisicaris lupata gen.et sp.nov.;Houcaris saron（Hou,Bergstr?m and Ahlberg,1995）comb.nov.;Amplectobelua symbrachiata Hou,Bergstr?m and Ahlberg,1995;Lyrarapax unguispinus Cong et al.,2014;Ramskoeldia consimilis Cong et al.,2018;Peytoia sinensis sp.nov.以及Cambroraster sp.。这些射齿目类群分别隶属于奇虾科（Anomalocarididae）、筛虾科（Tamisiocarididae）、抱怪虫科（Amplectobeluidae）和赫德虾科（Hurdiidae）。其中奇虾科原有属种Anomalocaris saron在此修正为H.saron,因具有筛虾科前附肢内叶的典型鉴定特征而被重新厘定,被转移到筛虾科中,代表了目前该科在华南仅有的化石记录。P.sinensis和Cambroraster sp.代表澄江生物群中首次报道的确凿的赫德虾科化石类群。以上化石记录表明,射齿目已知4个科的代表在澄江生物群中都已出现,反映了华南寒武纪早期射齿目动物的首次辐射。根据前附肢及其内叶的形态,将射齿目划分为两个亚目,即奇虾亚目（Suborder Anomalocarida nov.）和赫德虾亚目（Suborder Hurdiida nov.）。奇虾亚目包括筛虾科、奇虾科和抱怪虫科,发育“E型前附肢”,其特点为形态细长,肢节较多,节间膜发育,发育成对刚毛型内叶,内叶两侧边缘普遍发育辅助刺;赫德虾亚目仅包括赫德虾科,发育“H型前附肢”,其形态粗壮、肢节较少,发育单一刺型内叶,内叶呈刀片状,仅远体端边缘发育辅助刺。“E型前附肢”的刚毛型内叶是表皮细胞层中毛原细胞的产物,成对地从螯节腹面长出,通过关节窝与螯节表皮层相连,关节窝可见窝膜构造。而“H型前附肢”的刺型内叶为上表皮或外角质层的局部突起,不具有关节结构。因此,奇虾亚目和赫德虾亚目前附肢的内叶由不同的表皮层发育而来,属于非同源构造。此外,Ursulinacaris的前附肢由于发育成对的刺型内叶,可能代表一种较特殊的“H型前附肢”。本文构建了包括38个类群和75个性状的形态矩阵,采用简约推断法和贝叶斯推断法重建了射齿目系统发育树。谱系分析结果显示,射齿目由奇虾类和赫德虾类两个单系群构成,二者互为姊妹群关系。这一结果支持了本文上述两个亚目划分的观点。其中,奇虾亚目由筛虾科、奇虾科和抱怪虫科组成,而赫德虾亚目仅包含赫德虾科,并与其他类群亲缘关系较远。分析结果还支持筛虾科作为单系群,原本归属奇虾科的Houcaris saron被放在了筛虾科最基部的位置。由于存在成对的刺型内叶,Ursulinacaris与其它赫德虾科所构成的分支互为姊妹群关系。首次通过定量分析的方法对射齿目的典型类群Amplectobelua symbrachiata进行个体发育研究。分析结果表明,A.symbrachiata的前附肢发育模式为等速-表变态发育,即在发育过程中前附肢大小不断增加,但附肢的节数保持不变,且整个附肢及每节的形态保持稳定。结合A.symbrachiata在谱系分析中的原始分类位置,推测这种等速-表变态发育可能代表了节肢动物附肢的原始发育模式。这一结果将为进一步理解早期干群节肢动物的发育和谱系演化关系提供直接证据。本文对全球范围内各个时期射齿目化石在各板块的分布和多样性进行了全面总结。同时,结合网络分析方法,探讨了射齿目的生物古地理和多样性演化模式。结果表明,奇虾科、抱怪虫科和筛虾科的分布局限在以华南、劳伦为主体的低纬度地区,而赫德虾科的纬度分布较为广泛,既分布于低纬度地区,也分布于包括波罗地、阿瓦隆和西冈瓦纳边缘在内的中纬度地区。这表明奇虾亚目的分布可能受到气候带的控制,而赫德虾亚目可能为广温性动物。以射齿目分布的不同生物群所代表的沉积环境来划分,筛虾科更加适应于较浅水的透光带环境,赫德虾科偏好较深水环境,而奇虾科和抱怪虫科则能适应不同深度的水体。生物地层学特征表明射齿目类群的辐射演化在寒武纪第二世就达到顶峰,这个阶段分异度和多样性达到最高,并以奇虾亚目类群占主导,代表射齿目辐射演化的主幕;而到了苗岭世则发生了类群的演替,此时以赫德虾亚目的繁盛为特征,代表辐射演化的次幕。鼓山期之后射齿目类群迅速衰减,最终在早泥盆世之后全部灭绝。射齿目动物的这种辐射演化模式与寒武纪大爆发时期生物演化的底重模型相吻合。
赵琳[2]（2020）在《中国部分地区蓝莓枝干葡萄座腔菌科（Botryosphaeriaceae）真菌种类的鉴定》文中研究说明随着我国蓝莓（Vaccinium uliginosum Linn.）种植面积与产量的逐年上升,蓝莓的病害引起了越来越多的关注,其中蓝莓枝干病害是蓝莓生产中的重要病害。目前为止,蓝莓枝干病害已经在全球蓝莓产区广泛发生,并且造成蓝莓枝干枯萎,木质部坏死,有时会导致蓝莓全株死亡。该枝干病害在我国已有报道,严重制约着我国蓝莓的产量与品质。其中,葡萄座腔菌科真菌是造成蓝莓枝干类病害的常见病原菌类群。本论文以引起蓝莓枝干病害的葡萄座腔菌科真菌为研究对象,通过田间大规模病害调查,基于多基因系统发育学和形态学特征,对我国蓝莓枝干病害的病原种类、症状类型、致病性和培养条件进行了初步探讨。得到了以下结果:1.2017至2018年,在我国的6个省市自治区直辖市的8个蓝莓产区调查蓝莓枝干病害并进行样品采集,发现蓝莓枝干病害已经成为近些年来我国蓝莓产区的重要病害,共采集蓝莓枝干病害样本500份,分离得到443个葡萄座腔菌科真菌菌株,经DNA提取,PCR扩增,一共采集得到了葡萄座腔菌科真菌六个属:Botryosphaeria、Diplodia、Dothiorella、Lasiodiplodia、Macrophomina和Neofusicoccum。在本论文中一共选取79株葡萄座腔菌科真菌进行深入实验,基于分子系统发育学和形态学鉴定,将这79株葡萄座腔菌科真菌鉴定为3属共10个新物种,它们分别是Lasiodiplodia vaccinii、Macrophomina vaccinii、Neofusicoccum vaccinii、N.highlandense、N.longiiconidium、N.yunnanicum、N.wuyangmaense、N.majiangense、N.ashei和N.lincangense。2.在两年生蓝莓枝干上的致病性试验表明:Lasiodiplodia vaccinii、Macrophomina vaccinii、Neofusicoccum vaccinii、N.highlandense、N.majiangense能够引起蓝莓的枝干病害,而N.longiiconidium、N.yunnanicum、N.wuyangmaense、N.ashei和N.lincangense不引起蓝莓的枝干病害。3.对10个种的代表菌株测定了不同温度、不同p H值、不同碳氮源对菌丝生长的影响,观察不同种类培养特性的差异。结果表明:Lasiodiplodia vaccinii、Macrophomina vaccinii、Neofusicoccum vaccinii、N.highlandense、N.longiiconidium、N.yunnanicum、N.wuyangmaense、N.majiangense、N.ashei和N.lincangense在15°C至35°C温度范围内均可生长,L.vaccinii、N.vaccinii、N.highlandense、N.longiiconidium、N.yunnanicum、N.wuyangmaense、N.majiangense和N.ashei的最适生长温度为30°C,而M.vaccinii和N.lincangense的最适生长温度分别为35°C和25°C。10个种的代表菌株均可在p H值为3–9的范围内生长,但最适p H值有一定差异;供试的八种碳氮源均可以利用,但对不同碳氮源的利用程度不一致。结果表明不同种类对温度、培养基p H值和碳氮源的适应性有一定差异。
朱晨桥[3]（2020）在《柑橘模式材料的开发与金柑属植物系统发育学研究》文中研究指明柑橘是世界最重要的果树作物和贸易农产品之一,但柑橘的童期长、种子多胚性、植株高大、基因组高度杂合等生物学特点,限制了其基因功能和遗传学研究的进展。山金柑（Fortunella hindsii）属于芸香科（Rutaceae）、金柑属,具有完整柑果结构、童期极短、植株矮化等突出特点,本课题组在2009年的资源调查中发现了具有单胚特点的山金柑株系,是目前最有潜力成为柑橘“模式”实验材料的种质。本研究围绕进一步开发和科学利用单胚山金柑,即个体小、童期短、杂交容易（单胚）、纯合度高的实验材料,开展了相关研究;创建了单胚山金柑纯和自交系,评价了单胚山金柑的主要农艺性状,以单胚山金柑作为母本进行种间杂交实验、创建了遗传群体;利用纯系材料测序、组装了山金柑基因组,并基于转录组和基因组分析,对山金柑生活史基因共表达模式和早花机理进行了初步探索;基于核SSR、叶绿体扩增序列和全基因组SNP,对金柑属植物进行了系统发育、遗传多样性、群体结构和种群动态等分析,解析了金柑属系统发育地位和种群分化历史,提出了栽培金柑起源的新观点。主要研究结果简述如下:1. 山金柑纯系创建、栽培评价和杂交群体创制扩繁了单胚山金柑自交第二代（S2）118个株系、自交第三代（S3）28个株系,利用n SSR分子标记筛选了一系列纯合度>90%的高纯合材料;其中,单株S3y-45杂合度低至0.62%。评价了单胚山金柑的重要农艺性状,发现～70%的实生苗可在当年成花（童期约8个月）,单胚性状稳定（单胚率>90%）,植株极矮化（一年生实生苗平均株高15.29cm）;以嫁接苗首次坐果数作为评价标准,在自交系中筛选了一系列单胚优系材料,其中‘S2f-179’第一年（首次）平均坐果数最高,达到了5.90个。构建了单胚山金柑PN02（F.hindsii）×滑皮金柑（F.crassifolia）种间杂交群体,获得了包含222个杂种子代的F1群体;基于F1群体中的单胚单株,繁育了F2群体,目前获得了包含713个单株的F2群体。2. 山金柑基因组测序、基因共表达模式分析及早花机理初探以纯系材料‘S3y-45’作为材料,使用Pacbio、Illumina和10X genomics平台测序、组装了山金柑基因组1.0,组装大小373.6 Mb,contig-N50=2.21 Mb,scaffold-N50=5.16 Mb。注释到了32,257个蛋白编码基因,其中的12,360个基因在9个柑橘亚科植物基因组中具有直系同源基因,986个是山金柑特有基因。基于低拷贝基因的系统发育分析揭示了,相比于枳（Poncirus）,山金柑与柑橘属主要栽培种质,如柚（C.grandis）、枸橼（C.medica）、橙（C.sinensis）等有较近的系统发育关系,与橘（C.reticulata）最近,两者约分化于5.32百万年前。对山金柑生活史13个不同组织进行了转录组测序并进行了WGCNA分析,鉴定了27个共表达模块;对比山金柑与柚和柠檬的86个成花发育关键基因的表达水平,发现31个基因差异表达,其中的18个涉及成花诱导阶段。对山金柑SPL基因家族进行了鉴定,发现了19个Fh SPLs;系统发育分析表明山金柑比甜橙多了2个SPL3/4/5（内源成花诱导途径关键基因）同源拷贝:Fh SPL7/9;进一步的定量表达实验,验证了Fh SPL7/9在成熟叶片、茎、腋芽分生组织中上调表达,并与光周期成花诱导关键基因SOC1的表达呈正相关（r=0.94）,与抑制成花发育的mi R156a表达负相关（r=-0.91）。3. 金柑属植物系统发育分析利用46个核SSR和5个叶绿体位点对38份金柑属种质资源进行了遗传多样性、群体结构和系统发育分析。结果显示,金柑属植物核遗传多样性较高（Na=4.34;Ne=2.27;Ho,He,u He=0.49）,叶绿体的遗传多样性较低（Hd=0.693;Pi=0.00073;Nh=13）。结合Nei氏遗传距离聚类和叶绿体系统发育树,证明了金柑属独立的种系起源。PCo A分析和群体结构分析表明,金柑属内包含两大种群:栽培金柑（罗浮、罗纹和金弹）和山金柑。对15份栽培金柑种质和15份野生山金柑进行了基于基因组SNP的群体遗传学分析。PCA和群体结构分析都验证了金柑属内“栽培金柑—山金柑”两大种群的遗传结构;在栽培金柑内,显示了清晰的“罗浮（F.margarita）—金弹（F.crassifolia）”遗传结构;所有罗纹（F.japonica）材料都显示了罗浮和金弹混合的遗传背景,表明罗纹可能起源于罗浮和金弹的杂交或回交;但这三个栽培种间的遗传分化指数Fst均大于0.25,证明它们都应有“种”（species）的地位。栽培金柑种群的基因组SNP多样性水平（Pi=0.12,Theta=0.10）显着低于山金柑种群（Pi=0.23,Theta=0.26）,两个种群的Tajima’s D、Fu&Li’s D*、Fu&Li’s F*值均显着背离0,拒绝中性进化检验,说明它们的进化过程中都经历了定向选择。连锁不平衡分析结果显示,栽培金柑种群的连锁不平衡强度高,连锁不平衡衰减速度慢,衰减距离更长,说明栽培金柑种群经历的选择强度更高,暗示其经历了人工选择。种群动态分析发现,栽培金柑祖先和山金柑祖先分别在距今70-120万年前和30-60万年前各经历了一次与第四纪冰期相关的种群缩减,而后,栽培金柑在距今1-2万年前又经历了一次急速的种群扩张。以上结果暗示了金柑属在与橘分支分化后至第四纪冰河期开始前已经有了一定的种群分化,栽培金柑的祖先种群的地理分布更北,栽培金柑经历的急速种群扩张很可能与人类的选择和驯化有关。
刘伟[4]（2020）在《梯棱羊肚菌生长发育过程及羊肚菌属的组学研究》文中认为羊肚菌（Morchella spp.）是一类名贵的珍稀食用菌,风味独特,享誉全球,但仅在每年的特定季节发生,羊肚菌的驯化栽培一直是全球蘑菇爱好者追寻的工作。在广大科研工作者和羊肚菌爱好者的不懈努力下,我国羊肚菌大田栽培技术近年来取得了长足进展,栽培区域和栽培面积得以迅速扩大。羊肚菌的极性、生活史、生长发育、营养代谢等基础生物学研究薄弱,育种技术、菌种质量控制技术和栽培管理技术尚不完全成熟,每年有约70%的栽培者无法稳定盈利,极大地限制了羊肚菌产业稳健发展。本课题紧扣当今羊肚菌产业面临的基础生物学问题,借助于现代分子生物学和组学手段,对梯棱羊肚菌生活史、生长发育过程和羊肚菌属主要的分支物种进行组学研究。1. 对可栽培的梯棱羊肚菌（M.importuna）（F0）进行了单孢群体的制备（F1）,随机选择7个单孢菌株进行单独和两两混合（10组）的栽培出菇试验,结果发现其中6个单孢菌株和所有的两两组合均能正常出菇;为进一步研究单孢出菇的现象,从每个出菇试验形成的子囊果（F2）中随机选择2个,并就两个单孢出菇的F2子囊果进行F3单孢群体的制备,借助交配型基因特异性引物对F0、F1、F2、F3的基因型进行判别,结果表明,虽然拥有单个交配型基因型的单孢菌株可以正常出菇,但它们的后代中均多出了相反的交配型基因型,推测这是栽培过程中“无性孢子”传播和“交配”所导致;以M04M24和M04M26两个不同交配型的单孢菌株为材料,进行深度的基因组de novo测序、组装和功能注释,获得了梯棱羊肚菌的参考基因组;从全基因组、基因结构和差异基因的功能等方面,分析代表着两种交配型菌株之间的差异,结果表明它们在基因序列、交配型基因结构和特有基因的功能上具有差异性和互补性,表明两个不同交配型的单孢之间相互配合是完成有性生活史所必需的。梯棱羊肚菌是一种异宗结合生活史真菌。2. 在获得参考基因组数据的基础上,采用转录组学、蛋白组学的分析方法,对梯棱羊肚菌生活史中营养生长和生殖生长过程中的主要阶段（幼嫩菌丝、白色菌核、成熟菌核、原基、幼菇和成熟子囊果）进行分析。转录组分析表明,在上述6个阶段中97.55%的基因表达,有性生殖3个阶段表达的基因数量明显多于3个营养生长阶段,成熟子囊果阶段表达的基因数量最多,这与有性子实体形成过程中复杂的形态建成和内在的生理代谢相匹配;在p<0.001的极显着水平和log2>1的标准下,共鉴定到6421个差异表达基因,按照表达模式进行了功能富集分析;阶段特异性基因分析显示,一些在生殖生长阶段特异存在的高表达基因可能直接参与了羊肚菌子囊果的生长发育;对梯陵羊肚菌整个生长发育过程中的转录调控进行了分析,基因组中87.2%（257个）的转录因子在这6个阶段差异表达,一些被注释为STE11、Cnj B、APSES、forkhead、MYB、Zn（II）2Cys6的转录因子可能直接参与着羊肚菌子实体或菌核的发育调控。3. 对梯棱羊肚菌幼嫩菌丝、白色菌核、成熟菌核、幼菇和成熟子囊果5个阶段进行了深度的LC-MS/MS质谱分析,并采用label-free相对定量方法进行了差异蛋白组分析。总鉴定到2060个可信蛋白,其中营养生长阶段有1935个,多于生殖生长阶段的1622个,两个阶段特有蛋白分别为437和124个;随着生长发育过程的延续,差异蛋白数量持续增加;功能分析显示,持续下调的蛋白主要富集为三大基础代谢,上调表达的蛋白也分别对应于阶段性的生理表型;除凝集素（11.07%）和延伸因子1α（2.72%）蛋白高丰富表达外,伏鲁宁体蛋白也高丰度表达,占总蛋白丰度的3.75%,暗示它可能在羊肚菌生长发育中扮演着某种特殊作用。qRT-PCR检测显示,这些高丰富蛋白在mRNA和蛋白水平上具有较强的一致性。4. 对羊肚菌属主要分支的17典型种和钟菌属（Verpa）1个种进行了基因组深度测序和de novo组装。结果显示,18个种的基因组平均大小在56.37Mb,平均contig数量和N50分别为96个和1.3Mb;平均预测到11150个编码蛋白,平均95.75%的基因可以被注释出来,平均有99.26%的保守基因可以被预测到。5. 对羊肚菌17个种和1个钟菌种的线粒体基因组进行了拼接和注释分析。结果显示,它们均为环状的双链DNA结构,显示出与其他物种明显不同的特征,表现在以下4个方面:1)它们是目前所有真菌中最大的,大小从244kb到569kb不等,GC%含量在39.95%-47.15%之间;2)不同物种拥有数量不等的内含子,内含子序列总长度在98.34kb-237.36kb之间,占基因组全序列的36.07%-70.73%,这是供试菌株线粒体基因组增大的一个主要原因;3)线粒体基因组中隐匿着大量的非保守ORF（nc ORF）,从152个到499个不等,nc ORF序列长度占基因组的比例从25.74%-50.71%不等;4)存在着大量的散在重复序列,重复单元数量从333个到770个不等,重复序列占基因组的比例在15.00%-51.31%之间。线粒体基因组结构特征的区分整体与羊肚菌属的分类相对应,暗含着它们在进化上的独立性和特殊性。6. 借助于全基因组数据,对羊肚菌属进行系统发育分析。采用全基因组的保守蛋白、分化时间、线粒体保守蛋白和线粒体全序列等进行的进化分析结果均表明,羊肚菌属整体上分为两大类群,而不是基于多基因系统发育分析所说的三类群（Elata、Esculenta和Rufobrunnea clade）;本文的分析结果表明,Rufobrunnea clade的代表种红褐羊肚菌（M.rufobrunnea）和Esculenta clade虽然有一定的进化距离,但仍划归在一个独立的分支下,称之为黄色羊肚菌类群（Yellow clade）,平行于黑色羊肚菌类群（Black clade）,两大类群的分歧时间在102.71MYA。7. 线粒体基因组和保守ORF的共线性分析显示,虽然经历着快速的进化,但相近进化类群间的共线性较高,不存在明显的基因重排现象,这表明它们应起源于一个共同的祖先,在进化中主要是内含子区域和基因间隔区域未知来源的重复序列插入,最终形成了增大了的线粒体基因组;nc ORF的起源仍然是一个谜,基于45.57%的nc ORF可以被注释为HGEs、平均有60.24%的nc ORF处于活跃表达状态、重复序列的高GC%含量对应着核基因的CDS高GC%含量、线粒体基因组和核基因组没有共线性的事实,推测线粒体基因组中的重复序列最有可能是通过通过“剪切-插入”的方式,从核基因组转移到线粒体基因组。而线粒体基因组中的大量ncORF的功能还有待进一步研究。
周炫宇[5]（2020）在《辽宁朝阳早白垩世帆翼龙类一新材料》文中研究表明帆翼龙类是一类进步的翼手龙类,其鉴定特征如下:头骨加长但吻端较短;鼻眶前孔占据了头骨一半以上的部分;牙齿唇-舌向扁,具有尖的齿冠,前后边缘尖锐,齿根三角形短于齿冠,整个牙齿呈菱形。在本论文标本被研究报道之前,世界范围内已知的帆翼龙类共计4属5种,它们分别是阔齿帆翼龙（Istiodactylus latidens）、短颌辽西翼龙（Liaoxipterus brachyognathus）、布氏努尔哈赤翼龙（Nurhachius ignaciobritoi）、中国帆翼龙（Istiodactylus sinensis）和赵氏龙城翼龙（Longchengpterus zhaoi）。除阔齿帆翼龙发现于英国南部外,其余属种均发现于我国辽西地区。与此同时,在我国辽西地区还发现了可能为帆翼龙类原始类群的秀丽郝氏翼龙（HHaopterus graclis）、湖泊红山翼龙（Hongshanopterus lacustris）和玲珑塔古帆翼龙(Archaeoistiodactylus linglongtaensis。本论文系统描述了辽西九佛堂组下部努尔哈赤翼龙属的第二个种:吕氏努尔哈赤翼龙（Nurhachiusluei）,该种由本论文作者等在2019年正式研究命名,正型标本保存了近乎完整且较立体的头骨和部分颈椎,并具与其他翼手龙类不同的牙齿排列和替换方式,同时通过CT扫描发现多处鱼类骨骼共同保存。努尔哈赤翼龙属的鉴定特征被重新修订:腭面前端具轻微的背向倾斜;眼眶梨形;连接上下颌的关节位于眼眶前缘之下;齿骨联合长度约占下颌骨总长的三分之一;齿骨联合侧缘逐渐变窄;三角形、侧向压扁的牙齿,不具牙脊;齿冠具唇舌向轻微凹陷;齿冠和齿根间具轻微收缩。本论文通过系统发育学分析方法,在确认吕氏努尔哈赤翼龙系统发育学位置的同时,对帆翼龙类群内外之间的关系进行了进一步的分析和探讨,其结果为:吕氏努尔哈赤翼龙确应归属于努尔哈赤翼龙属,秀丽郝氏翼龙和湖泊红山翼龙所处系统发育学位置为帆翼龙类的姐妹群,玲珑塔古帆翼龙的系统发育学位置则更接近达尔文翼龙类而非帆翼龙类。与此同时,本论文基于吕氏努尔哈赤翼龙的CT扫描结果和化石赋存地层的上下层位差异情况,对其食性、进食习惯和属内演化关系进行了讨论。
孔娜[6]（2020）在《IncA和IncC多重耐药质粒的基因组进化与传播》文中研究说明IncA、IncC质粒是细菌重要的可移动遗传元件（MGEs）,可以通过接合介导遗传物质在不同种属细菌间进行基因水平转移（HGT）。现在由于多药耐药超级细菌的出现,给人类公共卫生健康造成了巨大的威胁。而IncA、IncC质粒的进化、扩散对细菌耐药表型的产生传播起到至关重要的作用。作为众多耐药基因的载体,IncA、IncC质粒的进化变异以及在菌株间的扩散传播与病原耐药表型的扩散密切相关。因此,为了更有效的应对IncA、IncC多重耐药质粒的基因组进化与传播带来的潜在威胁,为了更准确的防控质粒的传播扩散,为了延缓现有抗菌药的使用寿命,我们对IncA、IncC质粒的基因组进化、传播扩散规律展开了系统的研究。IncA、IncC质粒的分型在研究中一直存在分歧,而正确的分型对于质粒的系统研究非常重要,所以本文的第一部分工作对IncA、IncC质粒的分型进行了探究。我们搜集了279个质粒,其中IncA质粒6个。通过对279个质粒的复制子、进入排斥基因分析我们得到了IncA、IncC质粒是相容且排斥的原因;利用IncC质粒的特征区域片段的探究分析把271个IncC质粒分为四种类型。我们对参考质粒和不同类型质粒的耐药岛进行了比对分析和统计。我们在IncC质粒中发现了大量的抗生素耐药基因聚集IncC骨架中的各种辅助模块中。IncC质粒包含至少三个整合blaCMY携带区的热点和两个命名为ARI-A和ARI-B的抗生素耐药岛。blaCMY携带区和ARI-A经常在1型质粒中发现,但在2型质粒中不常见,1型和2型质粒都携带ARI-B,但出现频率不高。第二部分研究工作我们将IncA、IncC多重耐药质粒类群/家族视为一个“物种”来研究,创造性的将细菌比较基因组学,系统发育学,分子进化等研究方法引入,探究IncA、IncC质粒的进化动态,还原其进化历程,深入认识IncA、IncC质粒的演化和传播。我们首先建立了质粒的泛基因组模型,结合同源搜索得到了44个核心基因,以核心基因为研究对象建立系统地理发生学模型和全球传播网络。结果发现IncA、IncC质粒的不同类型分别拥各自进化过程和遗传特征。结合不同类型质粒核心基因的密码子偏性分析,正选择压力分析、重组分析以及氨基酸进化速率分析,我们提出了IncA、IncC多重耐药质粒存在这样一种“全球传播,区域性进化”的传播进化模式。本文广泛收集、获取目前所有的IncA、IncC质粒基因组,充分利用现有数据,采取泛基因组模型、系统发生、分子进化、系统发生地理学等分析手段,全面构建其遗传进化关系。并确定IncA、IncC质粒在传播过程中的发生的微进化事件如重组、选择等。完整追踪IncA、IncC质粒家族起源关系、演化历程、时空传播动态等。进而还原IncA、IncC基因组的全部进化历程。深入全面阐明该型多重耐药质粒的进化规律和传播扩散机制,对防控细菌耐药性的传播扩散有着重要指导意义。
陈秀波[7]（2020）在《不同林型红松林土壤微生物群落组成和多样性及与理化性质关系》文中研究指明红松（Pinus koraiensis）是我国东北地区珍贵针叶树种,以红松为主的混交林是本地区地带性植被类型,具有极高的生产力和生态地位。在红松的幼苗更新、次生演替、通过竞争达到顶级群落的过程中,作为分解者的土壤微生物在调节养分循环、参与物质循环和能量流动、分解凋落物、转变有机质和改善土壤环境等方面扮演着极其重要的角色。然而关于不同林型红松林土壤微生物的群落组成和多样性特征及其与土壤理化性质关系的研究尚未见报道,特别是参与氮循环的功能微生物群落研究相对缺乏。分析不同林型土壤微生物的群落组成、多样性特征及其影响因素,特别是参与氮循环的功能微生物群落,有助于了解红松林的重要物质循环和能量流动的过程及规律,分析红松对土壤环境的适应性。因此,本研究选取凉水国家级自然保护区内的三种原始红松林（云冷杉红松林、椴树红松林和枫桦红松林）、红松人工林和红松天然次生林五种林型的林下土壤为研究对象,在测定不同林型土壤理化性质的基础上,扩增相关土壤微生物类群的标记基因（细菌16S rDNA、真菌ITS1、固氮菌nifH、反硝化功能基因nirK和nosZ）,采用高通量测序和生物信息学分析技术,全面分析相关微生物类群的群落组成、多样性特征以及与土壤理化性质的关系,探讨相关微生物类群的关键影响因素。主要研究结果如下:（1）土壤理化性质的差异及细菌群落组成和多样性特征:五种林型之间土壤铵态氮（NH4+-N）含量差异显着（P<0.05）,硝态氮（NO3--N）含量除红松人工林与云冷杉红松林和红松天然次生林之间无显着差异外,其他林型之间差异显着（P<0.05）。原始红松林与红松天然次生林和红松人工林之间多数理化性质差异显着,但三种原始红松林之间土壤pH、总有机碳和土壤容重无显着差异。五种林型红松林土壤细菌以变形菌门、放线菌门、疣微菌门和酸杆菌门为优势菌门。原始红松林和红松人工林土壤细菌的辛普森指数（Simpson指数）高于红松天然次生林（但与枫桦红松林差异不显着）。五种林型之间其他土壤细菌α多样性指数均无显着差异,同时细菌α多样性指数与土壤理化性质均无显着相关性。基于物种分类的五种红松林土壤细菌群落组成差异显着（R=0.210,P=0.037,R值反应组间与组内比较的差异程度）,但基于系统进化关系的五种林型土壤细菌群落组成无显着差异（R=0.106,P=0.131）。土壤总孔隙度、总有机碳和pH值与细菌群落组成显着相关（P<0.05）,总孔隙度是影响细菌群落组成的主要理化因子。（2）土壤真菌群落组成和多样性特征:三种原始红松林土壤真菌的香农指数（Shannon指数）和丰富度指数（Ace指数和Chao1指数）均高于红松人工林和红松天然次生林,其他林型之间的α多样性指数差异不显着。土壤pH值与五种林型土壤真菌α多样性指数呈负相关、土壤全氮含量与真菌α多样性指数呈正相关,其中全氮含量与Chao1指数和Ace指数呈显着正相关。土壤真菌群落以子囊菌门和担子菌门为优势菌门。基于物种分类的五种红松林土壤真菌群落组成差异显着（R=0.261,P=0.005）,但基于系统进化关系的五种林型土壤真菌群落组成无显着差异（R=0.053,P=0.252）。土壤全氮、总有机碳和总孔隙度与土壤真菌群落组成显着相关（P<0.05）,土壤总有机碳含量是影响真菌群落组成的主要理化因子。（3）土壤固氮菌的群落组成和多样性特征:五种林型土壤固氮菌的四种α多样性指数均无显着差异,并且与土壤理化性质无显着相关性。五种林型红松林土壤固氮菌以变形菌门、蓝细菌门、厚壁菌门和疣微菌门为优势菌门（总体组成比例在1%以上）。基于物种分类的五种红松林土壤固氮菌群落组成差异显着（R=0.243,P=0.005）,基于系统进化关系群落组成也差异显着（R=0.245,P=0.002）。土壤硝态氮、铵态氮和pH值与固氮菌群落组成显着相关（P<0.05）,土壤硝态氮含量是影响五种林型固氮菌群落组成的主要理化因子,其次为土壤铵态氮含量和pH值。（4）nirK型反硝化微生物的群落组成和多样性特征:椴树红松林nirK型反硝化微生物的Ace指数和Chao1指数显着高于红松人工林和红松天然次生林,但三种原始红松林之间、红松人工林和红松天然次生林之间nirK型反硝化微生物α多样性指数差异不显着。nirK型反硝化菌的丰富度指数（Ace指数和Chao1指数）与土壤总孔隙度、NO3--N和NH4+-N含量呈显着正相关,其中Ace指数和Chao1指数与土壤总孔隙度呈极显着正相关。五种林型nirK型反硝化微生物群落组成以变形菌门为优势菌门（组成比例为30.7%-54.0%）。基于物种分类的五种红松林土壤nirK型反硝化微生物群落组成差异显着（R=0.448,P=0.001）,基于系统进化关系的群落组成也显着差异（R=0.434,P=0.001）。土壤硝态氮和水分含量与nirK型反硝化微生物群落组成显着相关（P<0.05）,土壤硝态氮含量是影响五种林型土壤nirK型反硝化微生物群落组成的主要理化因子,其次为土壤水分含量。（5）nosZ型反硝化微生物的群落组成和多样性特征:除枫桦红松林土壤nosZ型反硝化微生物的Shannon指数和Simpson指数显着高于红松天然次生林外,五种林型红松林之间土壤nosZ型反硝化菌的α多样性指数均无显着差异。土壤pH与nosZ型反硝化菌Simpson指数呈显着负相关,而Chao1指数、Ace指数和Shannon指数与土壤NO3--N含量呈显着正相关。五种林型红松林土壤nosZ型反硝化微生物以变形菌门为优势菌门（组成比例为41.28%-65.17%）,伯霍尔德杆菌属（Burkholderia）、黄杆菌属（Flavobacterium）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、假单胞菌属（Pseudomonas）、Dechloromonas属、芽单胞菌属（Gemmaimonas）、无色杆菌属（Achromobacter）和中华根瘤菌属（Sinorhizobium）为优势菌属。基于物种分类的五种红松林的土壤nosZ型反硝化微生物群落组成差异显着（R=0.387,P=0.006）,基于系统进化关系的群落组成也差异显着（R=0.391,P=0.004）。土壤全氮和铵态氮含量两个理化因子与nosZ型反硝化微生物群落显着相关（P<0.05）,其中铵态氮含量可能是影响五种林型土壤nosZ型反硝化微生物群落组成的主要理化因子,其次为全氮含量。本研究通过高通量测序和生物信息学分析,五种林型红松林土壤中均获得大量分类地位没有界定的土壤细菌、真菌、固氮菌、nirK和nosZ反硝化微生物,在有注释信息的微生物类群中,土壤细菌以变形菌门、放线菌门、疣微菌门和酸杆菌门为优势菌门;真菌以子囊菌门和担子菌门为优势菌门;固氮菌和反硝化菌均以变形菌门为优势菌门。五种林型红松林土壤理化性质的差异没有对相关土壤微生物类群α多样性指数产生显着影响,但引起相关土壤微生物类群的β多样性显着的差异,而从系统进化关系分析得出土壤细菌和真菌群落组成无显着差异。无论是基于物种分类还是基于系统进化距离,处于演替阶段的红松天然次生林土壤微生物群落组成与原始红松林和红松人工林差异较大,但三种原始红松林之间微生物群落组成差异较小。土壤总孔隙度是影响五种林型细菌群落的主要理化因子;总有机碳含量是影响真菌群落的主要理化因子;土壤硝态氮和铵态氮含量是影响氮循环相关微生物群落的主要理化因子。本研究以相关土壤微生物类群的标记基因为分子靶标,采用高通量测序技术和生物信息学分析方法,首次明确红松林土壤中相关微生物类群的群落组成、多样性特征以及关键影响因素,明了红松林生态系统中林分组成-土壤理化性质-微生物群落组成及多样性之间的关系,为进一步研究红松林土壤养分循环,特别是与氮素循环相关的过程和规律奠定了科学基础,同时也为原始红松林的保护、恢复和可持续经营提供基础数据和理论依据。
张笑[8]（2019）在《绞股蓝属植物系统发育和群体遗传学研究》文中研究说明绞股蓝属（Gynostemma BL.）隶属于葫芦科（Cucurbitaceae）,属下包含2亚属16种2变种,中国有2亚属14种2变种,主要分布于东亚及东南亚地区,在我国的主要分布范围为长江流域及其以南。因其具有极大的药用价值,近年来受到许多国内外科学家们的重视。然而,野外调查发现,绞股蓝属植物自然居群生长的地理环境复杂,该属物种在分化过程中形成了一系列的生态变异类型,而且多个物种间形态特征交叉、过渡现象严重,为基于形态学的绞股蓝属植物的分类和系统发育带来挑战。目前,人们对绞股蓝属植物的研究主要集中在化学成分及药理药性研究、形态学与细胞学研究、基于少数分子标记的系统进化研究等方面,而对该属植物的叶绿体基因组尚未报道,因此,构建绞股蓝属物种的完整叶绿体基因组图谱是很有必要的。本研究利用绞股蓝属植物的叶绿体全基因组（Complete Chloroplast Genome）和核基因组分型GBS（Genotyping-by-Sequencing）的数据,并结合形态学的量化数据共同研究绞股蓝属物种间的系统发育关系和群体遗传特征,揭示中国亚热带地区绞股蓝自然居群的进化和群体动态历史。本研究的主要结论如下:（1）通过对绞股蓝叶绿体DNA进行Illumina高通量测序获得了完整的绞股蓝叶绿体基因组序列和图谱。结果表明:双链环状的绞股蓝叶绿体基因组大小为157,576 bp,总GC碱基含量为37.00%。共预测到139个功能基因,包括91个蛋白编码基因,30个tRNA基因和8个rRNA基因。该研究首次获得绞股蓝属植物的完整叶绿体基因组序列,为绞股蓝属以及葫芦科的系统发育关系研究提供了很好的参考。（2）在对8个绞股蓝属物种完整叶绿体基因组的比较研究中发现:绞股蓝属植物叶绿体具有经典的四部分结构,即一个大单拷贝区LSC（平均长度86,834 bp）,一个小单拷贝区SSC（平均长度18,649 bp）以及两个相互间隔且反向互补的反向重复区IRa和IRb（平均长度26,174 bp）;每个叶绿体基因组均编码133个基因,其中包括87个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因和1个假基因infA。基因组在结构、基因组成和顺序上都很保守。通过对叶绿体基因组中3种长重复序列和SSR的搜索,结果发现绞股蓝属叶绿体基因组序列中含有大量的重复序列,且大多数重复序列分布于基因间隔区和内含子上。另外,综合序列变异和mVISTA的研究表明,叶绿体基因组的蛋白编码区CDS比非编码区CNS保守,反向重复区IR比单拷贝区SC保守。属内物种间的系统发育关系的研究表明绞股蓝属可分为2个亚属,其结果与形态学分类一致。（3）对10个葫芦科代表属的物种的完整叶绿体基因组进行比较分析,结果表明葫芦科植物的叶绿体基因组相对保守,结构稳定且均未发生基因重排事件。选择压力分析表明在3个基因（accD,clpP和matK）中存在一些受选择位点,由这3个基因编码的蛋白质参与植物发育和能量转化、叶绿体蛋白合成以及基因转录,可能在葫芦科植物应对陆地生态系统发展过程中发挥关键作用。葫芦科的叶绿体基因组属于GC缺失类型,而且在第三个密码子位置上有较强的A/T偏好。本研究揭示了psbL基因中的一个非常规起始密码子,即原本的起始密码子ACG变成了AUG,这是由于RNA编辑引起的,它可以修饰突变,调节叶绿体基因的表达,是植物叶绿体中的一种校正机制。系统发育树（ML和BI）表明锥形果属Gomphogyne,雪胆属Hemsleya和绞股蓝属Gynostemma构成葫芦科中最早分化的谱系。因此,我们的研究结果表明,叶绿体基因组数据可以有效地解决葫芦科内不同属的系统发育关系。此外,该研究可为今后的系统发育研究提供潜在的分子标记和DNA条形码,并为丰富葫芦科叶绿体基因组资源做出巨大贡献。（4）本研究利用量化的形态学数据和分子基因组层面的完整叶绿体基因组和GBS（Genotyping-by-Sequencing）基因分型的分析对绞股蓝属植物13种2变种的系统发育关系进行了深入探讨,结果证实绞股蓝属下包含2个亚属,即绞股蓝亚属和喙果藤亚属。翅茎绞股蓝、广西绞股蓝和扁果绞股蓝应从绞股蓝亚属内移出,归入喙果藤亚属。而毛绞股蓝、毛果绞股蓝、缅甸绞股蓝和大果绞股蓝应合并为“毛绞股蓝”,并且可与长梗绞股蓝、光叶绞股蓝和绞股蓝进行归并,作为一个广义的“绞股蓝”物种对待。Beast分化时间的计算发现绞股蓝属的分化始于早第三纪晚期（23.02 Ma）,属内亚属的分化时间在中新世时期（12.75 Ma）,而属内物种的分化主要集中在第三纪上新世末期与第四纪更新世初期（3Ma）。末次间冰期（0.13 Ma）时,绞股蓝属植物主要分布在东亚东南部地区,当末次冰期（0.02 Ma）来临,绞股蓝亚属的分布范围逐渐西移至内陆,到达横断山区和秦岭大巴山区,而喙果藤亚属的分布范围在本地收缩,形成各自避难所;冰期过后的扩散过程中可能存在杂交和遗传漂变,从而形成现今物种的系统关系和分布格局。另外,本研究中基于SNP数据对绞股蓝属植物进行遗传结构的研究,结果发现绞股蓝属植物可划分为东西部两个分区,我们推测,在绞股蓝属各物种的形成和扩散过程中,受到了强烈的地理环境和气候条件的影响。（5）最后,本研究首次从基因组水平探讨了绞股蓝不同地理居群的种群遗传多样性水平和遗传结构。研究结果表明,绞股蓝的居群遗传多样性低（He=0.175,Ho=0.183）,居群间分化程度较高(FST=0.984),且遗传变异主要存在于居群间。30个居群可以分为南北两个分组,而在青藏高原东南边缘、云贵高原和秦岭-巴山地区的居群在进化历史上存在一定的基因交流。总之,本研究通过绞股蓝属植物叶绿体基因组的构建,对该属内物种和其近缘属（葫芦科代表属）部分物种的叶绿体基因组进行了比较分析,并结合核基因组分型和量化的形态学数据深入讨论了绞股蓝属植物的系统分类与进化关系。另外,还利用简化基因组数据分析探讨了该属植物的群体遗传进化和动态历史,加深人们对绞股蓝属分子遗传背景的了解,并为东亚地区植物的保护提供有效信息。
靳元春[9]（2019）在《猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组序列测定与分析》文中研究说明狮弓蛔虫是犬科和猫科动物最常见的肠道寄生虫之一,广泛流行于世界各地,对动物健康造成极大危害,同时还影响公共卫生。线粒体基因组序列是一种理想的分子标记,被广泛应用于近缘物种的分类鉴定研究。先前的研究指示狮弓蛔虫可能存在隐藏种,然而目前仅有犬狮弓蛔虫的线粒体基因组上传到GenBank,因此有必要开展其他宿主狮弓蛔虫的线粒体基因组序列测定及比较分析。本研究以湖南省长沙市生态动物园猎豹体内的14条狮弓蛔虫为研究对象,用保守引物对其线粒体cox1基因部分序列进行扩增和测序,并与NCBI数据库中的狮弓蛔虫进行比较分析,结果显示:pcox1序列在猫科动物中差异很小（0-3.0%）,但与犬科动物有较大差异（5.4%-7.4%）。此外,通过贝叶斯法构建的系统发育树显示,来自猫科动物的狮弓蛔虫聚在同一进化枝;而来自犬科动物的狮弓蛔虫聚在两个不同的进化枝。本研究结果表明狮弓蛔虫可能存在复合种。通过长PCR扩增法获得了猎豹狮弓蛔虫的线粒体全基因组序列。结果表明:猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组全长为14,685 bp,包含36个基因（12个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因）,其A+T含量为71.1%,所有基因都以相同的方向进行转录,基因排列顺序与蛔科其他线虫一致。在12个编码蛋白质基因中,最常用的起始密码子是TTG,其次是ATT,终止密码子是TAG、TA和T。猎豹和犬狮弓蛔虫线粒体全基因组序列比较分析显示:猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组序列比犬狮弓蛔虫线粒体基因组序列长375 bp,去除非编码区后,他们的核苷酸同源性为92.8%。分析12个蛋白质编码基因显示猎豹和犬狮弓蛔虫的核苷酸序列及氨基酸序列差异性分别为5.0%-9.7%和1.0%-7.2%。基于12个蛋白质编码基因以贝叶斯法构建的系统发育树表明,猎豹与犬狮弓蛔虫之间的分枝长度与其他复合种或近缘种线虫间的分枝长度相似,这些结果指示猎豹和犬狮弓蛔虫线粒体基因组序列存在较大差异。综上所述,本研究基于线粒体基因和基因组的分子数据表明来自犬科动物和猫科动物的狮弓蛔虫线粒体序列存在较大差异,因此,我们提议狮弓蛔虫为复合种。本研究结果将为狮弓蛔虫的分子流行病学调查和群体遗传学研究奠定了基础。
王睿[10]（2019）在《湖北兴山大型子囊菌物种多样性和分子系统学研究》文中进行了进一步梳理对于特定地区进行生物多样性调查研究,是开展生物多样性保护、物种生存状态评价和合理开发利用物种资源的重要基础性工作。大型子囊菌作为生物多样性的重要组成类群之一,对于特定区域的系统性调查研究却不多见。本研究对湖北省兴山县的大型子囊菌资源进行实地调查和评估,并根据获得的基因数据开展分子系统学研究,初步探究其遗传进化关系。本研究在兴山县6个乡镇20个地点进行调查和采集,横跨春夏秋三季,覆盖5种林型。采集共获得416份标本,隶属于4纲5目21科51属。鉴定到种的标本共339份,隶属于4纲5目20科48属96种,并编写兴山县大型子囊菌物种名录,鉴定到属、未鉴定到种的标本有77份。发现湖北省新记录40种;食用菌有10种,药用菌10种,食药兼用菌有4种,有毒菌有3种;土生、木生和虫生物种分别有44、43和10种。物种组成分析发现,物种数量最多的属为盘菌属Peziza,盘菌属Peziza是该县优势属。对兴山大型子囊菌地理分布分析发现,兴山县大型子囊菌物种发生多集中于海拔8001600 m、具有典型的亚热带常绿落叶阔叶混交林的区域,最具有代表性的地点是龙门河、万朝山和榛子乡等生态林地。本次研究测序了所有大型子囊菌材料的rDNA-ITS和LSU序列。结合NCBI公共数据库中的信息,采用贝叶斯法和最大似然法,构建兴山县大型子囊菌大部分类群的系统发育树,对盘菌属Peziza采用贝叶斯法、最大似然法、最大简约法进行系统发育学分析,甜盘菌Peziza succosa进行遗传多样性分析。结果表明,兴山县大型子囊菌生命之树支持或佐证了子囊菌一些单元的分类处理意见;盘菌属的系统发育学分析发现,兴山县盘菌属物种较为丰富;甜盘菌的遗传多样性研究发现,兴山县各地理区域基因流动频繁。本次研究结果补充了湖北省大型子囊菌资源信息,丰富了基因数据信息,充分认识了兴山县的大型子囊菌多样性,有利于兴山县大型子囊菌的科学保护和合理应用。
二、系统发育学概况与进展(英文)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、系统发育学概况与进展(英文)（论文提纲范文）
（1）寒武纪澄江生物群射齿目节肢动物研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 选题依据与研究现状 |
| 1.1.1 寒武纪大爆发与后生动物门类的起源演化 |
| 1.1.2 节肢动物起源与演化关系 |
| 1.1.3 射齿目节肢动物研究现状 |
| 1.2 研究目的和内容 |
| 1.2.1 研究目的 |
| 1.2.2 研究内容 |
| 1.3 研究材料与方法 |
| 1.3.1 研究材料 |
| 1.3.2 研究方法 |
| 1.3.3 论文使用的术语汇总及释义 |
| 1.4 区域地质背景 |
| 1.4.1 澄江生物群产出层位及时代 |
| 1.4.2 澄江生物群的地理分布及化石产地 |
| 1.4.3 澄江生物群的古地理环境与生物群组成 |
| 1.4.4 澄江生物群的埋藏和保存 |
| 第二章 澄江生物群中射齿目化石系统描述 |
| 2.1 系统古生物学 |
| 2.1.1 奇虾科 |
| 2.1.2 筛虾科 |
| 2.1.3 抱怪虫科 |
| 2.1.4 赫德虾科 |
| 2.2 射齿目两种前附肢类型 |
| 2.2.1 射齿目两种类型的前附肢内叶 |
| 2.2.2 “E型前附肢”和“H型前附肢” |
| 2.2.3 与其他节肢动物附肢的比较 |
| 第三章 射齿目谱系演化 |
| 3.1 本文射齿目形态矩阵的构建与分析方法 |
| 3.1.1 形态矩阵的构建 |
| 3.1.2 分析方法 |
| 3.2 系统发育分析结果与讨论 |
| 3.3 对射齿目前附肢与大附肢类节肢动物的短大附肢同源性的讨论 |
| 第四章 射齿目个体发育研究 |
| 4.1 寒武纪节肢动物个体发育研究现状 |
| 4.2 测量与分析方法 |
| 4.3 抱怪虫科双肢抱怪虫个体发育的统计分析结果 |
| 4.3.1 个体大小分布 |
| 4.3.2 前附肢相对形态变化 |
| 4.4 双肢抱怪虫前附肢个体发育模式 |
| 4.5 讨论与启示 |
| 4.5.1 双肢抱怪虫前附肢生长阶段的划分 |
| 4.5.2 其它节肢动物附肢的发育 |
| 4.5.3 个体发育与功能生态 |
| 4.5.4 射齿目个体发育的演化启示 |
| 第五章 射齿目生物古地理与多样性演化 |
| 5.1 射齿目各个科的化石时空分布 |
| 5.1.1 奇虾科 |
| 5.1.2 筛虾科 |
| 5.1.3 抱怪虫科 |
| 5.1.4 赫德虾科 |
| 5.2 射齿目生活环境与埋藏环境 |
| 5.2.1 奇虾科 |
| 5.2.2 筛虾科 |
| 5.2.3 抱怪虫科 |
| 5.2.4 赫德虾科 |
| 5.3 射齿目在各古陆上的多样化模式初探 |
| 5.3.1 华南 |
| 5.3.2 华北 |
| 5.3.3 劳伦古陆 |
| 5.3.4 冈瓦纳古陆 |
| 5.3.5 波罗地、阿瓦隆和西伯利亚地区 |
| 5.4 射齿目古地理分布模式 |
| 5.4.1 奇虾科 |
| 5.4.2 筛虾科 |
| 5.4.3 抱怪虫科 |
| 5.4.4 赫德虾科 |
| 5.4.5 射齿目生物古地理网络分析 |
| 5.5 射齿目多样性演化 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录-1:澄江生物群中双肢抱怪虫Amplectobelua symbrachiata个体发育测量数据 |
| 附录-2:射齿目系统发育学形态特征 |
| 附录-3:射齿目系统发育学矩阵 |
| 攻读博士学位期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（2）中国部分地区蓝莓枝干葡萄座腔菌科（Botryosphaeriaceae）真菌种类的鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 蓝莓病害研究概况 |
| 1.1.1 蓝莓的价值与分布 |
| 1.1.2 蓝莓真菌病害种类及危害 |
| 1.1.3 由葡萄座腔菌科真菌引起的蓝莓枝干病害 |
| 1.1.4 蓝莓枝干病害病原菌培养条件的研究 |
| 1.2 葡萄座腔菌科真菌研究概况 |
| 1.2.1 自然界中的葡萄座腔菌科真菌 |
| 1.2.2 葡萄座腔菌的形态学分类研究 |
| 1.2.3 葡萄座腔菌科真菌的分子系统学研究 |
| 1.3 本研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 供试标本 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 主要软件 |
| 2.1.5 本论文研究标本及其Gen Bank序列号 |
| 2.2 蓝莓枝干病害样品采集 |
| 2.3 培养基的制备 |
| 2.3.1 分离培养基的制备 |
| 2.3.2 诱导培养基的制备 |
| 2.3.3 碳氮源培养基的制备 |
| 2.3.4 分离方法 |
| 2.4 形态观察 |
| 2.5 真菌基因组DNA提取 |
| 2.5.1 实验材料准备 |
| 2.5.2 试剂盒提取DNA方法 |
| 2.6 目的基因片段的扩增及测序 |
| 2.6.1 PCR扩增引物 |
| 2.6.2 PCR扩增反应体系和条件 |
| 2.7 系统发育学分析 |
| 2.8 蓝莓病原菌致病性测定 |
| 2.9 培养条件对病原菌菌丝体生长的影响 |
| 2.9.1 不同温度对病原体菌丝体生长的影响 |
| 2.9.2 不同pH对病原体菌丝体生长的影响 |
| 2.9.3 不同碳源对病原体菌丝体生长的影响 |
| 2.9.4 不同氮源对病原体菌丝体生长的影响 |
| 3 结果 |
| 3.1 蓝莓枝干病害葡萄座腔菌科标本分离结果 |
| 3.2 系统发育学研究 |
| 3.2.1 系统发育结果与分析 |
| 3.3 系统分类学标本研究 |
| 3.3.1 毛色二孢属的标本研究 |
| 3.3.2 壳球孢属的标本研究 |
| 3.3.3 新壳梭孢属的标本研究 |
| 3.4 致病性测试 |
| 3.4.1 毛色二孢属菌株的致病性 |
| 3.4.2 壳球孢属菌株的致病性 |
| 3.4.3 新壳梭孢属菌株的致病性 |
| 3.5 培养条件对不同种类菌丝体生长的影响 |
| 3.5.1 培养条件对Lasiodiplodia vaccinii菌丝体生长的影响 |
| 3.5.2 培养条件对Macrophomina vaccinii菌丝体生长的影响 |
| 3.5.3 培养条件对Neofusicoccum菌株菌丝体生长的影响 |
| 4 结论与展望 |
| 4.1 中国蓝莓枝干葡萄座腔菌科的鉴定 |
| 4.2 致病性测试结果 |
| 4.3 培养条件对不同种类菌丝体生长的影响 |
| 4.4 展望 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（3）柑橘模式材料的开发与金柑属植物系统发育学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 前言 |
| 1.课题的提出 |
| 2.前人研究进展 |
| 2.1 模式植物的开发与应用研究进展 |
| 2.1.1 模式植物拟南芥开发与应用历史 |
| 2.1.2 水稻、番茄和杨树模式材料的开发与应用 |
| 2.1.3 前人在柑橘基因功能研究中使用的实验材料与研究进展 |
| 2.1.4 山金柑的生物学特点及其开发和应用进展 |
| 2.2 果树植物全基因组测序研究进展 |
| 2.2.1 温带果树 |
| 2.2.2 亚热带果树 |
| 2.2.3 热带果树 |
| 2.3 真柑橘果树系统发育与金柑属起源研究进展 |
| 2.3.1 真柑橘果树分类与系统发育研究进展 |
| 2.3.2 中国柑橘种质资源研究进展 |
| 2.3.3 金柑的栽培与传播历史 |
| 3.本研究的目的与内容 |
| 3.1 研究目的 |
| 3.2 研究内容 |
| 第二章 单胚山金柑纯系和杂交群体的构建及栽培评价 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 单胚山金柑纯系的构建 |
| 2.2 单胚山金柑农艺性状评价指标 |
| 2.3 单胚山金柑×滑皮金柑F1群体和F2群体的构建 |
| 2.4 DNA提取、分子标记初步估计纯合度与杂种鉴定 |
| 2.5 山金柑基因组特点检测 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 单胚山金柑纯系的构建 |
| 3.2 单胚山金柑农艺性状评价 |
| 3.3 单胚山金柑自交优系的选择 |
| 3.4 单胚山金柑PN02×滑皮金柑F1的构建与表型的初步调查 |
| 3.5 单胚山金柑PN02×滑皮金柑F2的繁育 |
| 4.讨论 |
| 4.1 山金柑纯系材料的进一步科学利用 |
| 4.2 “模式柑橘”“模式栽培”的继续探索 |
| 4.3 单胚山金柑PN02×滑皮金柑F1、F2群体的未来应用 |
| 第三章 山金柑全基因组测序 |
| 1.引言 |
| 2.材料和方法 |
| 2.1 植物材料与核酸提取方法 |
| 2.2 基因组测序与组装流程 |
| 2.3 基因组与转录组分析方法 |
| 2.4 山金柑成花基因表达分析、SPL基因家族分析和实时定量荧光PCR实验方法 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 山金柑基因组测序 |
| 3.1.1 基因组测序和组装 |
| 3.1.2 基因组注释 |
| 3.1.3 基因组共线性分析 |
| 3.1.4 同源基因分析 |
| 3.1.5 系统发育分析 |
| 3.2 山金柑生活史转录组测序与基因共表达网络分析 |
| 3.2.1 山金柑生活史转录组测序 |
| 3.2.2 山金柑生活史基因共表达模式分析 |
| 3.2.3 山金柑成花机理比较转录组分析 |
| 3.3 山金柑SPL基因家族分析 |
| 3.3.1 山金柑SPL基因鉴定 |
| 3.3.2 山金柑SPL基因系统发育分析 |
| 3.3.3 山金柑SPL基因表达模式分析 |
| 4.讨论 |
| 4.1 山金柑基因组的进一步优化 |
| 4.2 山金柑在柑橘植物树体发育研究中的未来应用 |
| 4.3 山金柑作为柑橘生殖发育研究的模式材料及山金柑早花机理的进一步深入研究 |
| 第四章 金柑属植物系统发育研究 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 植物材料与DNA提取方法 |
| 2.2 核SSR分子标记实验与分析方法 |
| 2.3 叶绿体序列测序实验与分析方法 |
| 2.4 重测序数据分析方法 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 基于核SSR的金柑属植物遗传评价 |
| 3.1.1 基于核SSR数据的遗传多样性分析 |
| 3.1.2 基于核SSR数据的主坐标分析 |
| 3.1.3 基于核SSR数据的系统发育分析 |
| 3.1.4 基于核SSR数据的群体结构分析 |
| 3.2 基于叶绿体序列的金柑属植物遗传多样性与系统发育分析 |
| 3.2.1 基于叶绿体序列的遗传多样性分析 |
| 3.2.2 基于叶绿体序列的系统发育分析 |
| 3.3 基于全基因组SNP的栽培金柑与山金柑群体遗传学分析 |
| 3.3.1 栽培金柑与野生山金柑系统发育与主成分分析 |
| 3.3.2 栽培金柑与野生山金柑群体结构分析 |
| 3.3.3 栽培金柑种群与野生山金柑种群基因组遗传多样性分析 |
| 3.3.4 栽培金柑种群与野生山金柑种群遗传分化分析 |
| 3.3.5 栽培金柑种群与野生山金柑种群连锁不平衡分析 |
| 3.3.6 栽培金柑种群与野生山金柑种群基因组高分化区检测 |
| 3.3.7 栽培金柑种群与野生山金柑种群动态分析 |
| 3.3.8 基于本研究结果和前人报道的栽培金柑起源假说 |
| 4.讨论 |
| 4.1 栽培金柑种质资源收集和评价的思考 |
| 4.2 金柑属植物的分类、系统发育与起源争议问题的新观点 |
| 第五章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ:附表 |
| 附录Ⅱ:附图 |
| 附录Ⅲ:补充数据 |
| 附录Ⅳ:科研产出 |
| 致谢 |
（4）梯棱羊肚菌生长发育过程及羊肚菌属的组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 羊肚菌及羊肚菌栽培技术 |
| 1.2 羊肚菌生物学研究 |
| 1.2.1 羊肚菌分类与进化 |
| 1.2.2 羊肚菌生理遗传研究 |
| 1.3 真菌基因组学 |
| 1.3.1 真菌基因组研究进展 |
| 1.3.2 羊肚菌的组学研究 |
| 1.3.3 真菌线粒体基因组 |
| 1.4 研究的目的和意义 |
| 第2章 梯棱羊肚菌异宗结合生活史的研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试菌株及单孢群体的制备及培养条件 |
| 2.1.2 大田栽培试验 |
| 2.1.3 DNA及 RNA的提取与处理 |
| 2.1.4 交配型基因特异性引物的设计扩增反应 |
| 2.1.5 基因组测序 |
| 2.1.6 基因组拼接与生物信息学分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 梯棱羊肚菌单孢群体的制备与交配型分析 |
| 2.2.2 梯棱羊肚菌单孢菌株及“杂交”栽培实验 |
| 2.2.3 单孢出菇群体子囊果菌柄组织部位交配型基因分型分析 |
| 2.2.4 F1单孢出菇子实体的F2新一代单孢群体F3交配型分型分析 |
| 2.2.5 梯棱羊肚菌两个不同交配型单孢全基因组测序及功能分析 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 2.3.1 单孢出菇是一种“假性”出菇 |
| 2.3.2 基因组de novo测序拼接与注释 |
| 2.3.3 梯棱羊肚菌的性亲和方式 |
| 第3章 梯棱羊肚菌不同生长发育阶段的转录组分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 菌株的选择与样品处理 |
| 3.1.2 RNA提取 |
| 3.1.3 文库制备与上机测序 |
| 3.1.4 数据处理与生物信息学分析 |
| 3.1.5 RT-PCR定量验证 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 RNA-seq及序列比对 |
| 3.2.2 差异表达分析 |
| 3.2.3 差异表达基因的功能分析 |
| 3.2.4 生长发育阶段的特异性基因分析 |
| 3.2.5 发育相关转录因子调控分析 |
| 3.3 小结与结论 |
| 第4章 梯棱羊肚菌营养生长到生殖生长发育过程的LABEL-FREE蛋白组比较分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料选择与制备 |
| 4.1.2 蛋白提取和前处理 |
| 4.1.3 LC-MS/MS检测和数据分析 |
| 4.1.4 差异表达分析和蛋白功能分析 |
| 4.1.5 RNA提取和q RT-PCR |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 蛋白鉴定和非标定量 |
| 4.2.2 蛋白组理化性质分析 |
| 4.2.3 蛋白的阶段性特异性表达 |
| 4.2.4 CAZYme酶系 |
| 4.2.5 蛋白功能注释 |
| 4.2.6 蛋白的差异表达分析 |
| 4.2.7 TOP20高丰度蛋白在不同发育阶段的表达 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 第5章 羊肚菌属不同物种的基因组测序与DE NOVO组装 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 标本的采集、鉴定及菌株的选择 |
| 5.1.2 测序方案 |
| 5.1.3 基因组de novo拼接 |
| 5.1.4 基因预测 |
| 5.1.5 线粒体基因组的组装和注释 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 供试菌株的选择 |
| 5.2.2 基因组测序 |
| 5.2.3 基因组组装与修正 |
| 5.2.4 基因预测、注释和基因组的完整性评价 |
| 5.2.5 基因组特征性分析:重复序列转座子 |
| 5.2.6 线粒体基因组组装 |
| 5.2.7 线粒体基因注释:ORF、nc ORF、intron |
| 5.2.8 线粒体ncORF的注释 |
| 5.2.9 线粒体基因组重复序列分析 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 第6章 羊肚菌属的系统发育及线粒体比较基因组分析 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 数据及来源 |
| 6.1.2 系统发育树的构建 |
| 6.1.3 分歧时间分析 |
| 6.1.4 基因的收缩扩张和共线性分析 |
| 6.1.5 基因的表达量分析 |
| 6.2 结果与讨论 |
| 6.2.1 羊肚菌属不同菌株系统发育树的构建 |
| 6.2.2 羊肚菌属不同物种的分歧时间分析 |
| 6.2.3 基因的扩张与收缩 |
| 6.3 线粒体的进化 |
| 6.3.1 基于线粒体保守基因编码蛋白的系统发育分析 |
| 6.3.2 基于线粒体全基因组DNA序列的系统发育分析 |
| 6.3.3 羊肚菌属线粒体基因组的共线性分析 |
| 6.3.4 线粒体ncORF的进化 |
| 6.4 小结与讨论 |
| 结果与展望 |
| 结果 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ 高丰富蛋白的QRT-PCR引物及注释信息 |
| 附录Ⅱ 羊肚菌属物种标本信息一览 |
| 附录Ⅲ 18个菌株的三代NANOPORE测序数据一览 |
| 附录Ⅳ 博士期间发表文章 |
| 致谢 |
（5）辽宁朝阳早白垩世帆翼龙类一新材料（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 2 工作地区地质概况 |
| 2.1 九佛堂组 |
| 2.2 大平房-梅勒营子盆地 |
| 3 帆翼龙类翼龙研究概况 |
| 3.1 国外研究概况 |
| 3.2 国内研究概况 |
| 4 研究材料与研究方法 |
| 4.1 研究材料 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 骨骼的系统古生物学描述和对比 |
| 4.2.2 定量的数据分析法 |
| 5 吕氏努尔哈赤翼龙系统古生物学及描述 |
| 5.1 系统古生物学 |
| 5.2 骨骼形态学描述与比较 |
| 5.2.1 头骨和下颌 |
| 5.2.2 齿系 |
| 5.2.3 颈椎 |
| 6 吕氏努尔哈赤翼龙系统发育关系分析 |
| 6.1 分类单元的选择 |
| 6.2 特征序列的选择 |
| 6.3 系统发育分析结果 |
| 7 讨论 |
| 7.1 食性和进食习惯 |
| 7.2 属内演化关系 |
| 8 结论与存在问题 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 个人简历表 |
| 附录2 收藏单位缩写对照表 |
| 附录3 骨骼名称中英文(含缩写)对照表 |
| 附录4 论文系统发育所用数据特征及特征矩阵 |
| 附录5 论文系统发育Bremer Support和Bootstrap检验结果 |
（6）IncA和IncC多重耐药质粒的基因组进化与传播（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 IncA和 IncC多重耐药质粒概述 |
| 1.1.1 IncA和 IncC质粒的关系定义 |
| 1.1.2 IncC质粒的分型研究 |
| 1.1.3 早期Inc A和 IncC质粒研究 |
| 1.2 IncA和 IncC多重耐药质粒的进化和传播 |
| 1.2.1 IncA和 IncC质粒多重耐药表型的出现与扩散 |
| 1.2.2 IncA和 IncC质粒基因组的进化变异促进耐药性的产生与传播 |
| 1.3 论文研究内容和创新点 |
| 1.3.1 论文的研究内容 |
| 1.3.2 论文的创新点 |
| 第二章 IncA和 IncC质粒的分类 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 IncA和 IncC质粒数据收集编审 |
| 2.2.2 repA基因与Eex基因的获取和系统发育学分析 |
| 2.2.3 R1与R2 区域序列获取及系统发育学分析 |
| 2.2.4 耐药岛和参考质粒的对比分析 |
| 2.3 IncA和 IncC质粒基本信息编审 |
| 2.4 质粒的不相容性和进入排斥分析 |
| 2.4.1 质粒的复制子分析 |
| 2.4.2 Eex基因的研究分析 |
| 2.5 IncC质粒的分型分析 |
| 2.5.1 R1(orf1823和orf1847)和R2(rhs1 和rhs2) |
| 2.5.2 参考质粒的比较分析 |
| 2.5.3 耐药岛在IncC质粒中的分布 |
| 2.6 讨论与小结 |
| 第三章 IncA和 IncC质粒泛基因组分析和核心基因的适应性进化与传播扩散 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.1.1 质粒核心基因简述 |
| 3.1.2 泛基因组分析与进化传播 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 泛基因组分析与核心基因获取和骨架结构分析 |
| 3.2.2 核心基因系统发生学分析和系统地理发生学分析 |
| 3.2.3 核心基因的重组分析 |
| 3.2.4 核心基因密码子使用偏性对应分析 |
| 3.2.5 核心基因正选择作用压力分析 |
| 3.2.6 核心基因的氨基酸进化速率分析 |
| 3.3 质粒泛基因组分析与核心基因的系统发育学分析 |
| 3.3.1 泛基因组分析结果 |
| 3.3.2 核心基因和骨架结果分析 |
| 3.3.3 核心基因的系统发育学进化特征 |
| 3.4 核心基因的适应性进化与传播扩散 |
| 3.4.1 核心基因重组探测 |
| 3.4.2 核心基因的密码子使用偏性特征 |
| 3.4.3 核心基因的正选择压力位点统计 |
| 3.4.4 核心基因的氨基酸进化速率比较 |
| 3.4.5 核心基因的系统地理发生学分析 |
| 3.5 讨论与小结 |
| 全文总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附表 IncA和 IncC质粒的基本信息统计 |
| 硕士学位期间参与的科研项目和取得的学术成果 |
| 致谢 |
（7）不同林型红松林土壤微生物群落组成和多样性及与理化性质关系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 森林土壤微生物的研究进展 |
| 1.1.1 森林土壤微生物类群和作用 |
| 1.1.2 森林土壤微生物群落的影响因素 |
| 1.1.3 土壤微生物群落与植被的关系 |
| 1.2 森林土壤微生物的研究方法 |
| 1.2.1 传统微生物平板纯培养法 |
| 1.2.2 Biolog微平板方法 |
| 1.2.3 磷脂脂肪酸(PLFA)生物标记法 |
| 1.2.4 以核酸分析技术为基础的分子生物学方法 |
| 1.2.5 高通量测序技术在森林土壤微生物研究中的应用 |
| 1.3 氮循环的关键微生物和功能基因 |
| 1.3.1 土壤氮循环 |
| 1.3.2 土壤氮循环微生物及功能基因 |
| 1.3.3 功能基因在森林土壤氮循环微生物研究中的应用 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 1.5 研究内容和技术路线 |
| 1.5.1 研究内容 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 2 研究区域概况和研究方法 |
| 2.1 研究区域概况 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 样地设置 |
| 2.2.2 土壤样品采集 |
| 2.2.3 土壤理化性质测定 |
| 2.2.4 土壤微生物DNA提取和相关微生物基因的扩增 |
| 2.2.5 高通量测序及下机数据处理 |
| 2.2.6 土壤微生物群落组成分析 |
| 2.2.7 土壤微生物多样性和系统发育学分析 |
| 2.2.8 土壤微生物群落和理化性质的相关性分析 |
| 3 不同林型红松林土壤细菌群落组成和多样性 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 五种林型土壤理化性质分析 |
| 3.2.2 土壤细菌16S rDNA V3V4区片段扩增结果 |
| 3.2.3 测序结果及测序深度评估 |
| 3.2.4 土壤细菌α多样性 |
| 3.2.5 五种林型土壤细菌群落组成及丰度差异 |
| 3.2.6 土壤细菌群落β多样性 |
| 3.2.7 细菌群落组成与土壤理化性质的关系 |
| 3.2.8 不同林型红松林土壤细菌的系统发育学特征 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 森林土壤细菌的群落组成 |
| 3.3.2 森林土壤细菌的多样性和系统发育学特征 |
| 3.3.3 土壤细菌群落组成与环境因子的关系 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 不同林型红松林土壤真菌群落组成和多样性 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 土壤真菌ITS片段扩增结果 |
| 4.2.2 真菌测序结果及测序深度评估 |
| 4.2.3 土壤真菌α多样性 |
| 4.2.4 真菌群落组成分析 |
| 4.2.5 土壤真菌群落β多样性 |
| 4.2.6 真菌群落与土壤理化性质的相关性 |
| 4.2.7 土壤真菌的系统发育学特征 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 森林土壤真菌的群落组成 |
| 4.3.2 森林土壤真菌群落多样性和系统发育学 |
| 4.3.3 真菌群落组成与土壤理化性质的关系 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 不同林型红松林土壤固氮菌的群落组成和多样性 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 固氮菌nifH基因扩增结果 |
| 5.2.2 固氮菌nifH基因测序结果及深度评估 |
| 5.2.3 固氮菌α多样性 |
| 5.2.4 固氮菌群落组成及丰度差异 |
| 5.2.5 固氮菌群β多样性 |
| 5.2.6 固氮菌群与土壤理化性质的相关性 |
| 5.2.7 固氮菌群系统发育学特征 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 土壤固氮微生物的群落组成 |
| 5.3.2 固氮微生物的群落多样性和系统发育学 |
| 5.3.3 固氮微生物群落与土壤理化性质的关系 |
| 5.4 本章小结 |
| 6 不同林型红松林nirK型反硝化微生物群落组成和多样性 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 反硝化菌群nirK基因扩增结果 |
| 6.2.2 nirK基因测序结果及测序深度评估 |
| 6.2.3 nirK型反硝化菌群α多样性 |
| 6.2.4 土壤nirK型反硝化菌群落组成及丰度差异 |
| 6.2.5 nirK型反硝化微生物β多样性 |
| 6.2.6 nirK型反硝化微生物系统发育学特征 |
| 6.2.7 nirK型反硝化微生物与土壤理化性质的关系 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 土壤nirK型反硝化微生物的群落组成和系统发育特征 |
| 6.3.2 土壤nirK型反硝化微生物的多样性和影响因素 |
| 6.4 本章小结 |
| 7 不同林型红松林nosZ型反硝化微生物群落组成和多样性 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.2.1 反硝化菌群nosZ基因扩增结果 |
| 7.2.2 nosZ基因测序结果及测序深度评估 |
| 7.2.3 nosZ型反硝化菌群α多样性 |
| 7.2.4 nosZ型反硝化菌的群落组成 |
| 7.2.5 五种林型土壤nosZ型反硝化菌群比较 |
| 7.2.6 nosZ型反硝化菌群β多样性 |
| 7.2.7 nosZ型反硝化菌群与土壤理化因子的关系 |
| 7.2.8 土壤nosZ型反硝化菌群的系统发育学特征 |
| 7.3 讨论 |
| 7.3.1 土壤nosZ型反硝化微生物的群落组成 |
| 7.3.2 土壤nosZ型反硝化微生物多样性和系统发育特征 |
| 7.3.3 土壤nosZ型反硝化微生物群落与土壤理化性质的关系 |
| 7.4 本章小结 |
| 8 结论与展望 |
| 8.1 结论 |
| 8.2 创新点 |
| 8.3 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 附件 |
（8）绞股蓝属植物系统发育和群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 植物系统发育学(phylogenetics)概述 |
| 1.1.1 系统发育学的简介 |
| 1.1.2 系统发育研究的现状 |
| 1.2 群体遗传学(Population genetics)概述 |
| 1.2.1 群体遗传学简介 |
| 1.2.2 群体遗传学的研究现状与展望 |
| 1.3 基因组学(Genomics)概述 |
| 1.4 测序技术的发展与应用 |
| 1.5 绞股蓝属的概况与研究进展 |
| 1.5.1 绞股蓝属植物的形态学特征 |
| 1.5.2 绞股蓝属的系统分类与发展 |
| 1.5.3 绞股蓝属化学成分、应用及开发前景 |
| 1.5.4 绞股蓝属植物的系统进化和群体遗传学研究进展 |
| 1.6 存在的问题 |
| 1.7 本研究的目的和意义 |
| 第二章 绞股蓝叶绿体基因组的构建 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 植物样本 |
| 2.1.2 DNA建库测序 |
| 2.1.3 绞股蓝叶绿体基因组组装和功能注释 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 Illumina测序建库 |
| 2.2.2 叶绿体基因组组装注释 |
| 2.2.3 绞股蓝叶绿体基因组与公共数据库的比对 |
| 2.3 本章结论 |
| 第三章 绞股蓝属植物叶绿体基因组比较研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物材料与DNA提取 |
| 3.1.2 叶绿体基因组的Illumina测序,组装和注释 |
| 3.1.3 重复序列分析 |
| 3.1.4 序列比较分析 |
| 3.1.5 选择压力和重组检验 |
| 3.1.6 系统发育关系分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 绞股蓝属完整叶绿体基因组的组装结果和基因特征 |
| 3.2.2 绞股蓝属叶绿体基因组的重复序列和SSR |
| 3.2.3 绞股蓝属叶绿体基因组的序列分化 |
| 3.2.4 绞股蓝属叶绿体基因组的边界区比较和序列对比 |
| 3.2.5 选择压力和重组检验分析 |
| 3.2.6 系统发育分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 叶绿体基因组序列变异与进化 |
| 3.3.2 绞股蓝属植物系统发育研究 |
| 第四章 葫芦科植物叶绿体基因组比较研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 植物材料和DNA提取 |
| 4.1.2 Illumina测序,组装和注释 |
| 4.1.3 完整叶绿体基因组序列的比较分析 |
| 4.1.4 叶绿体基因组变异分析 |
| 4.1.5 微卫星和重复序列分析 |
| 4.1.6 选择压力分析 |
| 4.1.7 密码偏好性和非传统起始密码子分析 |
| 4.1.8 系统发育关系分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 叶绿体基因组测序组装结果及基本特征 |
| 4.2.2 IR/SC边界区,基因组重排和序列变异 |
| 4.2.3 重复分析和微卫星(SSR) |
| 4.2.4 选择压力分析 |
| 4.2.5 密码子使用偏好和非常规起始密码子 |
| 4.2.6 系统发育分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 葫芦科叶绿体基因组序列进化和变异 |
| 4.3.2 受选择基因和RNA编辑 |
| 4.3.3 葫芦科的系统发育 |
| 第五章 绞股蓝属植物的系统发育研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 植物材料 |
| 5.1.2 形态学特征的统计与测量 |
| 5.1.3 叶绿体基因组的获得与系统发育分析 |
| 5.1.4 GBS简化基因组分析 |
| 5.1.5 绞股蓝属植物分布区模拟 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 基于形态学的绞股蓝属植物系统发育研究 |
| 5.2.2 基于叶绿体基因组的绞股蓝属植物系统发育研究 |
| 5.2.3 基于GBS简化基因组的绞股蓝属植物系统发育研究 |
| 5.2.4 绞股蓝属的分布区模拟 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 绞股蓝属植物的系统发育关系 |
| 5.3.2 绞股蓝属的遗传结构和群体动态历史 |
| 第六章 基于GBS简化基因组的绞股蓝植物群体遗传研究 |
| 6.1 材料和方法 |
| 6.1.1 植物样品和DNA提取 |
| 6.1.2 文库构建和测序 |
| 6.1.3 质量控制和酶切统计 |
| 6.1.4 SNP检测和BWA比对 |
| 6.1.5 群体遗传分析 |
| 6.1.6 选择清除分析 |
| 6.1.7 生态位模拟(ENM)和环境变量分析 |
| 6.2 结果 |
| 6.2.1 酶切与文库构建结果 |
| 6.2.2 连锁不平衡检验和遗传多样性 |
| 6.2.3 遗传结构 |
| 6.2.4 选择清除分析和功能预测 |
| 6.2.5 生态位模拟分析结果 |
| 6.2.6 环境因素对绞股蓝遗传结构的影响 |
| 6.3 讨论 |
| 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（9）猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组序列测定与分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 狮弓蛔虫的概述和流行病学调查 |
| 1.2 分子生物学在线虫分类鉴定中的应用 |
| 1.3 线虫线粒体基因组的研究进展 |
| 1.3.1 线虫线粒体基因组测序现状 |
| 1.3.2 线虫线粒体基因组的特征 |
| 1.3.3 线粒体基因组在线虫分类学及系统发育学中的应用 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 第二章 猎豹狮弓蛔线粒体cox1基因的扩增与进化分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 试验样品 |
| 2.1.2 试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 分析软件及网址 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 虫体DNA提取 |
| 2.2.3 猎豹狮弓蛔虫cox1 序列的PCR扩增 |
| 2.2.4 pcox1 序列的测定及遗传差异分析 |
| 2.2.5 cox1 基因的系统发育分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 猎豹狮弓蛔虫pcox1 扩增结果 |
| 2.3.2 测序结果及序列的比较分析 |
| 2.3.3 pcox1 序列的系统发育分析 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 猎豹狮弓蛔线粒体基因组的扩增与结构特征分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 试验样品 |
| 3.1.2 试剂 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.1.4 分析软件及网址 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 样品采集 |
| 3.2.2 虫体DNA提取 |
| 3.2.3 猎豹狮弓蛔虫线粒体全基因组的引物设计 |
| 3.2.4 猎豹狮弓蛔虫线粒体全基因组的扩增 |
| 3.2.5 线粒体基因组序列测定与分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 猎豹狮弓蛔虫线粒体基因扩增结果 |
| 3.3.2 猎豹狮弓蛔虫线粒体基因测序结果及序列拼接 |
| 3.3.3 猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 线虫线粒体全基因组序列的扩增方法 |
| 3.4.2 猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组结构特点 |
| 3.4.3 猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组蛋白质编码基因 |
| 3.4.4 猎豹狮弓蛔虫线粒体中RNA的分析 |
| 3.4.5 猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组非编码区的特征 |
| 第四章 猎豹和犬的狮弓蛔虫的线粒体基因组比较分析 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 试验样品 |
| 4.1.2 试剂 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.1.4 分析软件及网址 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 猎豹狮弓蛔虫与犬狮弓蛔虫线粒体基因组的基本特征比较 |
| 4.2.2 猎豹狮弓蛔虫和犬狮弓蛔虫线粒体基因的差异性比较 |
| 4.2.3 构建系统发育关系 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 猎豹和犬狮弓蛔虫线粒体基因组的大小与结构 |
| 4.3.2 猎豹和犬狮弓蛔虫线粒体基因组中核苷酸的差异性 |
| 4.3.3 猎豹和犬狮弓蛔虫线粒体基因组中氨基酸的差异性 |
| 4.3.4 狮弓蛔虫的系统发育学研究 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 英文缩写对照表 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（10）湖北兴山大型子囊菌物种多样性和分子系统学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 大型子囊菌与生物多样性 |
| 1.2 大型子囊菌物种多样性研究进展 |
| 1.3 大型子囊菌分子系统学研究进展 |
| 1.4 湖北省大型子囊菌研究进展 |
| 1.5 湖北省兴山县大型子囊菌生长环境 |
| 1.6 大型子囊菌的遗传多样性 |
| 1.7 本研究的目的和技术路线 |
| 第二章 兴山县大型子囊菌物种多样性 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验设备与仪器 |
| 2.2.1 野外调查所需试剂、仪器和工具 |
| 2.2.2 实验室观察所需试剂、仪器或工具 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 野外调查采集 |
| 2.3.2 标本处理和保存 |
| 2.3.3 分类和鉴定 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 组成成分分析 |
| 2.4.2 湖北省新记录种 |
| 2.4.3 物种经济价值 |
| 2.4.4 受威胁程度 |
| 2.4.5 兴山县地理分布 |
| 2.4.6 营养类型 |
| 2.4.7 生长季节 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 兴山县大型子囊菌分子系统学研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验设备与仪器 |
| 3.2.1 试剂 |
| 3.2.2 主要仪器 |
| 3.2.3 所需试剂及培养基 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 提取基因组DNA方法 |
| 3.3.2 DNA质量检测方法 |
| 3.3.3 rDNA扩增方法 |
| 3.3.4 PCR扩增产物质量检测 |
| 3.3.5 测序质量鉴定方法 |
| 3.3.6 克隆测序方法 |
| 3.4 系统发育分析方法 |
| 3.4.1 序列拼接 |
| 3.4.2 序列比对 |
| 3.4.3 模糊比对序列处理 |
| 3.4.4 替换饱和检验 |
| 3.4.5 进化模型的选择 |
| 3.4.6 建树及软件选择方法 |
| 3.4.7 系统树编辑和修饰 |
| 3.5 遗传多样性分析方法 |
| 3.6 研究结果 |
| 3.6.1 兴山县大型子囊菌系统发育树 |
| 3.6.2 兴山县盘菌属系统发育学研究 |
| 3.6.3 甜盘菌遗传多样性研究 |
| 3.7 讨论 |
| 3.7.1 兴山县大型子囊菌系统发育树 |
| 3.7.2 兴山县盘菌属系统发育学研究 |
| 3.7.3 甜盘菌遗传多样性研究 |
| 第四章 全文总结 |
| 附图 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 |
| 致谢 |
四、系统发育学概况与进展(英文)（论文参考文献）
- [1]寒武纪澄江生物群射齿目节肢动物研究[D]. 吴雨. 西北大学, 2021
- [2]中国部分地区蓝莓枝干葡萄座腔菌科（Botryosphaeriaceae）真菌种类的鉴定[D]. 赵琳. 北京林业大学, 2020(02)
- [3]柑橘模式材料的开发与金柑属植物系统发育学研究[D]. 朱晨桥. 华中农业大学, 2020
- [4]梯棱羊肚菌生长发育过程及羊肚菌属的组学研究[D]. 刘伟. 华中农业大学, 2020(02)
- [5]辽宁朝阳早白垩世帆翼龙类一新材料[D]. 周炫宇. 中国地质大学(北京), 2020
- [6]IncA和IncC多重耐药质粒的基因组进化与传播[D]. 孔娜. 安徽大学, 2020(07)
- [7]不同林型红松林土壤微生物群落组成和多样性及与理化性质关系[D]. 陈秀波. 东北林业大学, 2020(01)
- [8]绞股蓝属植物系统发育和群体遗传学研究[D]. 张笑. 西北大学, 2019(01)
- [9]猎豹狮弓蛔虫线粒体基因组序列测定与分析[D]. 靳元春. 湖南农业大学, 2019(08)
- [10]湖北兴山大型子囊菌物种多样性和分子系统学研究[D]. 王睿. 南京师范大学, 2019(02)