一、不典型鲍曼不动杆菌的检测（论文文献综述）
何月希[1]（2021）在《68例Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症患者合并细菌感染的回顾性分析》文中指出研究背景Stevens-Johnson 综合征（Stevens-Johnson syndrome,SJS）和中毒性表皮坏死松解症（toxic epidermal necrolysis,TEN）是一组与药物相关的细胞毒性T细胞介导的迟发型超敏反应疾病,其病情严重,可伴发系统症状,具有较高的死亡率。感染是SJS/TEN患者死亡的主要原因之一。本研究共收集68例SJS/TEN住院患者,对其基本资料及细菌感染特点、治疗情况进行回顾性分析。研究目的回顾性分析SJS/TEN住院患者的基本情况和细菌感染特点,为临床预防及控制感染提供帮助,降低死亡率。研究方法收集2015年01月至2020年12月于山东大学齐鲁医院住院且病历资料完整的SJS/TEN患者,根据是否感染进行分组,对患者的基本情况、SCORTEN评分、感染因素、临床特点以及合并感染的部位、病原菌、耐药情况等进行分析。统计方法采用SPSS 23.0,P<0.05为差异具有显着统计学意义。结果（1）共收集68例SJS/TEN患者资料,其中合并感染患者41例,包括皮肤感染29例,呼吸道感染21例、泌尿系统感染5例,血液系统感染5例。（2）TEN患者中感染发生率高于SJS患者（P=0.007）。（3）感染组与非感染组性别、年龄无明显差别。感染组SCORTEN评分1.9±1.5,2.0,非感染组为1.1±0.8,1.0,差异有统计学意义（P=0.023）。感染组平均住院日为18.6±9.0,16.0明显高于非感染组平均住院日为13.1±3.9,12.0（P=0.007）。死亡患者2例,均为感染组。（4）感染组患者糖皮质激素剂量及静脉注射免疫球蛋白使用剂量明显高于非感染组,差异具有统计学意义（P=0.043,P=0.021）。（5）感染组患者的血清白蛋白（29.4±5.7,29.0g）明显低于非感染组患者（36.9±5.6,36.0g）,P<0.001;血清尿素氮、中性粒细胞比例明显增高（P=0.018、P=0.005）,感染组白细胞异常患者25例,非感染组8例（P=0.014）;血糖、血清碳酸氢盐、前降钙素无明显差异。（6）41例感染组患者共分离出86株病原菌,包括皮肤或黏膜57株（66.3%）,口腔 4 株（4.7%）,痰液 12 株（14.0%）,血液 6 株（7.0%）,尿液 7株（8.1%）。（7）革兰氏阳性菌以金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌为主,革兰氏阴性杆菌以大肠埃希菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌为主。（8）金黄色葡萄球菌对青霉素G、克林霉素、红霉素的耐药率分别达76.9%、61.5%、53.4%,表皮葡萄球菌对苯唑西林、庆大霉素的耐药率均为100.0%,溶血葡萄球菌对青霉素G、红霉素、克林霉素、环丙沙星、左旋氧氟沙星耐药率均为100.0%,对万古霉素、利福平敏感。金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌对达托霉素、利奈唑胺、奎奴普丁/达福普汀均敏感。（9）大肠埃希菌对氨苄西林、头孢唑林、头孢曲松耐药率分别为90.0%、81.8%、81.8%,对亚胺培南、阿米卡星、厄他培南敏感。鲍曼不动杆菌对头孢他啶、头孢吡肟、亚胺培南、环丙沙星耐药率100.0%,对替加环素敏感。5株铜绿假单胞菌中均未查见药物耐药菌。（10）共培养出28株（32.6%）多重耐药菌（MDRO）,其中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）4株,耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌5株（MRSCN）,产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）大肠埃希菌7株,耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌（CRAB）7株,泛耐药菌皮特不动杆菌1株。结论（1）感染的发生与皮肤的剥脱面积有关。感染组SCORTEN评分、平均住院日明显高于非感染组。（2）感染组系统应用糖皮质激素和静脉注射免疫球蛋白剂量明显高于非感染组。（3）感染组患者外周血白细胞计数异常,中性粒细胞比例升高,血清白蛋白降低和尿素氮水平升高提示患者发生感染的可能性较高。（4）SJS/TEN患者感染部位以皮肤为主,病原菌主要是金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌及鲍曼不动杆菌。金黄色葡萄球菌对青霉素G、克林霉素和红霉素的耐药比例增高,对头孢曲松、多肽类、磺胺类、达托霉素、利奈唑胺、奎奴普丁/达福普汀耐药比例低。该研究中铜绿假单胞菌对药物敏感。（5）多重耐药菌检出率为32.6%,主要为产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）大肠埃希菌和耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌（CRAB）,检出1株泛耐药皮特不动杆菌。
贾璐博[2]（2021）在《NGS在儿童神经外科术后颅内感染中的应用》文中研究表明目的:1.通过NGS技术检测开颅术后患儿脑脊液病原体,并与传统培养方法比较,综合评估二代测序技术在儿童开颅术后病原体识别的应用价值。2.结合临床表现,血清学指标,评估二代测序技术在儿童开颅术后感染靶向抗感染治疗价值。方法:1.研究对象:2018-12至2019-12间在河北医科大学第二医院儿科ICU住院的神经外科术后患儿。2.诊断标准:（1）患者出现排除无菌性脑炎等因素而导致的相关临床体征及症状,比如发热及其他临床表现如意识改变、头痛、呕吐、瞳孔对光反射、神经系统阳性体征等;（2）脑脊液检查:脑脊液外观浑浊,WBC>100*106L,且多核细胞比例>70%;或多核细胞绝对值>30个;伴有或不伴有糖降低和蛋白升高;（3）脑脊液细菌培养结果呈阳性;满足三条者即能确诊为颅内感染,假若不能满足,则需要根据患者的检查指标、临床体征及症状相结合进行综合性考虑来进行临床诊断;如发现脑脊液检查结果临界,需要术后2-3天连续腰穿确定,如脑脊液细胞数逐渐下降,则判定为术后应激所致。3.研究方法:收集2ml脑脊液,离体低温保存（-80℃）,然后进行高通量测序。数据分析:统计学分析采用SPSS26.0软件,计数采用“例数”和“率”表示,比对开颅术后患儿通过NGS技术检测的阳性率与传统脑脊液培养阳性率采用配对样本中的PearsonΧ2检验或Fisher精确率检验,P<0.05时为差异有统计学意义。结果:1.27例开颅术后患儿中,2例脑脊液培养阳性,耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌（CRAB）和人葡萄球菌亚种（MScons）;27例患儿脑脊液均进行NGS检测,排除背景序列后,其中17例患儿有阳性发现;2.以临床表现及脑脊液常规生化数据诊断阳性为诊断标准时,NGS检测结果阳性率高于传统培养阳性率;用Fisher精确率检验对27例开颅术后患儿的脑脊液结果与传统病原学检测结果比较（P=0.535>0.05）,两者差异无统计学意义,尚不能认为两种检测方法阳性率不同。结论:1.由于样本量较小,目前尚不能认为NGS技术的应用可提高开颅术后颅内感染病原体的阳性率。2.NGS技术可一次性检测出多种病原体,可以为某些病因未明的感染提供诊断思路。
张欢欢[3]（2021）在《肺脓肿病原体分布及耐药性分析》文中指出目的:通过收集我院肺脓肿患者的临床资料,研究肺脓肿的病原体分布及耐药情况,为临床经验性选择抗菌药物提供参考依据。方法:采集2015年1月1日至2020年7月1日入住我院的238例肺脓肿患者的临床资料,对痰培养及药敏试验结果进行统计,分析肺脓肿的病原体分布及耐药情况。结果:238例肺脓肿患者,原发、继发及血源性肺脓肿分别为159例、57例、22例。男性肺脓肿187例、女性51例,平均年龄分别为（59.26±13.06）岁、（58.90±15.80）岁。痰培养阳性98例（41.18%）。总菌株155株,其中G-杆菌82株（52.90%）、G+球菌3株（1.94%）、真菌70株（45.16%）。G-杆菌主要致病菌为肺炎克雷伯菌25株,占16.13%（25/155）、铜绿假单胞菌22株,占14.19%（22/155）、鲍曼不动杆菌15株,占9.67%（15/155）、大肠埃希菌5株,占3.22%（5/155）,其他G-杆菌15株,占9.67%（15/155）。肺炎克雷伯菌检出产超广谱β-内酰胺酶菌（extended-spectrumβ-lactamases,ESBLs）9株,占36%（9/25）、多重耐药菌（multidrug resistant,MDR）3株,占12%（3/25）;大肠埃希菌检出产ESBLs2株,占40%（2/5）、MDR 1株,占20%（1/5）。G+球菌3株,其中咽峡炎链球菌2株、金黄色葡萄球菌1株,分别占1.29%（2/155）、0.65%（1/155）。真菌主要为白色假丝酵母菌47株,占30.32%（47/155）。238例肺脓肿患者未行厌氧菌培养。原发性肺脓肿检出G-杆菌49株,其中以肺炎克雷伯菌为主17株,占17.71%（17/96）。继发性肺脓肿检出G-杆菌27株,其中以铜绿假单胞菌为主12株,占27.28%（12/44）。血源性肺脓肿检出G-杆菌6株,其中以肺炎克雷伯菌为主4株,占26.66%（4/15）。肺脓肿合并糖尿病、脑卒中检出G-杆菌居前三位的依次为肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌,合并其他肺部疾病检出G-杆菌居前三位的依次为铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌。肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌对替加环素、米诺环素耐药率为0%,铜绿假单胞菌对多粘菌素耐药率为0%;肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌及铜绿假单胞菌对阿米卡星、美罗培南、亚胺培南、哌拉西林/他唑巴坦、头孢哌酮/舒巴坦耐药率<30%。鲍曼不动杆菌对替加环素、多粘菌素耐药率为0%,对复方新诺明、米诺环素耐药率<30%。白色假丝酵母菌对氟康唑、伏立康唑耐药率为0%。合并脑卒中、其他肺部疾病者肺炎克雷伯菌对多数抗菌药物耐药率高于合并糖尿病者,但对阿米卡星、厄他培南、美罗培南、亚胺培南、头孢哌酮/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦等较敏感,耐药率≤25%;合并糖尿病、脑卒中及其他肺部疾病者铜绿假单胞菌对多种抗菌药物耐药性不高,而鲍曼不动杆菌对多数抗菌药物耐药性较高,但对复方新诺明、替加环素敏感性高。NEUT%、CRP、PCT及D-Dimer在血源性肺脓肿较继发性及原发性肺脓肿升高,有统计学差异,P<0.05。基础疾病组病原体检出阳性率高于无基础疾病组,有统计学差异,P<0.05。基础疾病中糖尿病、其他肺部疾病组病原体检出阳性率高于无糖尿病及无其他肺部疾病组,但差异无统计学意义,P>0.05。脑卒中组病原体检出阳性率高于无脑卒中组,差异有统计学意义,P<0.05。合并其他肺部疾病者铜绿假单胞菌检出率高于无其他肺部疾病者,有统计学差异,P<0.05。结论:肺脓肿病原体以G-杆菌最常见,其次为真菌。G-杆菌常见病原体有肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌。真菌最常见病原体为白色假丝酵母菌。G+球菌偏少。肺脓肿病原体分布与感染途径、基础疾病有关。肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、大肠埃希菌可选用对G-杆菌敏感的药物如氨基糖苷类、β内酰胺类+酶抑制剂复合物、碳青霉烯类。鲍曼不动杆菌可选用替加环素、多粘菌素、复方新诺明、米诺环素。若存在真菌,可首选对白色假丝酵母菌敏感药物如氟康唑、伏立康唑等。NEUT%、CRP、PCT及D-Dimer可作为血源性肺脓肿炎症监测指标。有基础疾病及合并脑卒中者细菌感染的风险增加,需加强对肺脓肿患者基础疾病的治疗,肺脓肿合并其他肺部疾病较无其他肺部疾病者感染铜绿假单胞菌风险增加,对肺脓肿合并其他肺部疾病,治疗须选用可覆盖铜绿假单胞菌的抗菌药物。
李玉美[4]（2020）在《外膜蛋白A-Caspase-1通路在鲍曼不动杆菌肺炎免疫机制的研究》文中进行了进一步梳理目的:鲍曼不动杆菌（baumannii,A.baumannii）是医院内主要的条件致病菌,免疫功能低下尤其是重症监护病房的患者容易感染。因多重和泛耐药A.baumannii的不断增多且感染后死亡率高达35%,A.baumannii感染的治疗是全世界面临的难题。外膜蛋白A（Outer membrane protein A,Omp A）是A.baumannii主要的毒力因子,可影响病菌生物膜的形成与成熟、对上皮细胞的侵袭与粘附且主要在早期发挥作用,因而探索Omp A的致病机制,是控制A.baumannii早期感染的一个关键因素。宿主先天免疫系统是抵抗细菌感染的第一道防线,探讨Omp A与先天免疫系统的关系可能为A.baumannii感染的治疗提供一种新的策略。方法:第一部分:鲍曼不动杆菌依赖外膜蛋白A增强NLRP3炎症小体的激活（1）利用同源重组法构建Omp A基因敲除/回补突变菌株,通过测序、聚合酶链式反应（PCR）及蛋白免疫印迹（Western blot）鉴定敲除/回补结果。（2）将肺泡上皮细胞按5×104个/ml细胞浓度接种于六孔板培养,直至融合达60-70%时,分为:正常对照组（正常肺泡上皮细胞培养并加入与培养基等量的0.9%生理盐水干预）;Omp A敲除菌株感染组（正常肺泡上皮细胞培养至60-70%融合时加入敲除Omp A的菌株干预,MOI=1）;Omp A回补与野生菌株（WT）感染组（正常肺泡上皮细胞培养至60-70%融合时分别加入回补Omp A的菌株和野生菌株干预,MOI=1）,3h后收集细胞蛋白及RNA样本。Western blot和实时荧光定量（q RT-PCR）检测NLRP3（NOD-Like receptor protein 3,NLRP3）炎症小体相关蛋白IL-1β、IL-18、凋亡相关斑点样蛋白（ASC）、Caspase-1P10/P20及NLRP3、IL-1β、Caspase-1m RNA的表达。（3）自气管注射0.4ml（5×108CFU/ml,OD600约0.1）各型菌液以建立大鼠肺炎感染模型,HE染色等观察肺的病理改变评估模型构建是否成功;髓过氧化物酶（M PO）及肺组织湿/干比重评估肺急性炎性损伤;ELISA及免疫组织化学染色、West ern blot与q RT-PCR检测肺组织NLRP3炎症小体相关蛋白和基因的表达以评判O mp A突变对NLRP3炎症小体激活的影响;流式细胞仪检测CD11b/c-PE+Ly-6G-FI TC的双阳性表达评估中性粒细胞的募集能力变化。第二部分:敲低NLRP3-ASC-Caspase-1炎症小体轴相应蛋白的表达对鲍曼不动杆菌感染的影响正常肺泡上皮细胞按5×104个/ml的浓度接种于六孔板直至融合60-70%,以3μg质粒与9μl PEI/孔的比例分别转染阴性对照质粒（Negative）、NLRP3、ASC及C aspase-1敲低质粒（NLRP3/ASC/Caspase-1-sh RNA）,转染6-8h后更换2%FBS的低血清培养液继续培养至45h,将转染成功的实验细胞分为4组:（1）正常对照组（不做任何处理）,（2）细胞+敲低质粒+Omp A-/-A.baumannii感染组（敲除Omp A的A.baum annii菌株感染,MOI=1）,（3）细胞+敲低质粒+WT A.baumannii感染组（野生型A.b aumannii菌株感染,MOI=1）,（4）细胞+阴性对照质粒（Negative）+WT A.baumanni i感染组（野生型A.baumannii菌株感染,MOI=1）,持续感染3h收集细胞蛋白及RN A样本,Western blot及免疫组织化学法与q RT-PCR检测NLRP3炎症小体相关蛋白和基因的表达评判A.baumannii致病能力变化。第三部分:MG-132抑制蛋白酶体的泛素化降解对鲍曼不动杆菌感染的影响（1）正常肺泡上皮细胞按5×104个/ml细胞浓度接种于六孔板直至融合60-70%,将实验细胞随机分为3组:（1）正常对照组（不做任何处理）,（2）细胞+Omp A-/-A.baumannii感染组（敲除Omp A的A.baumannii菌株感染,MOI=1）,（3）细胞+Omp A-/-A.baumannii组（敲除Omp A的A.baumannii菌株感染,MOI=1）+MG-132（浓度10 m M）,持续感染3 h,探索蛋白酶抑制剂对敲除Omp A后A.baumannii感染的影响。（2）再将感染菌株更换为野生型菌液构建体外感染模型,分组同前,持续感染3h收集样本,Western blot、免疫组织化学和q RT-PCR检测NLRP3炎症小体相关蛋白和基因的表达,探索MG-132对野生型A.baumannii感染的影响,推断Om p A与Caspase-1的关系。（3）气管注射0.4ml（5×108CFU/ml,OD600大约0.1）敲除菌液构建大鼠体内肺炎感染模型,实验动物随机分为3组（1）正常对照组（气管慢慢注入0.4毫升0.9%的生理盐水构建对照组,n=10）;（2）Omp A-/-模型组（等量的敲除菌株菌液构建感染模型,每天以0.4毫升0.9%的生理盐水持续腹腔注射3天构建阳性对照组,n=10）;（3）Omp A-/-+MG-132模型组（等量的敲除菌株菌液构建感染模型,每天MG-132以0.1 mg/kg/d持续腹腔注射3天,n=10）,注意腹部保护;同样将感染菌株更换为野生型A.baumannii菌液构建感染模型。至模型构建完成后,按照贵州医科大学伦理委员会的要求处理动物。HE染色观察肺的病理改变;MPO及肺组织湿/干比重评判肺急性损伤的炎性程度;ELISA、免疫组织化学染色、Western blot和q RT-PCR检测肺组织NLRP3炎症小体相关蛋白和基因以及泛素相关蛋白K48/K63/PD41的表达以判定MG-132与NLRP3炎症小体激活的关系和Omp A的可能作用。结果:第一部分:鲍曼不动杆菌依赖外膜蛋白A增强NLRP3炎症小体的激活（1）成功构建Omp A突变菌株:测序、PCR及Western blot结果均显示同源重组法成功构建敲除/回补突变菌株。（2）体外感染模型证实A.baumannii感染后Omp A增强NLRP3炎症小体的激活:感染组NLRP3炎症小体相关蛋白IL-1β、IL-18、ASC、Caspase-1P10/P20的表达显着高于正常对照组（p<0.05）;与敲除组相比,回补与野生组NLRP3炎症小体相关蛋白的表达增高（p<0.05）,但回补与野生型两组相比差异无统计学意义（p>0.05）;NLRP3、IL-1β、Caspase-1的m RNA水平变化趋势与蛋白表达结果一致。（3）体内感染模型影响NLRP3炎症小体的激活趋势与体外一致:成功复制大鼠肺炎模型,感染组HE染色结果为进行性加重的重症弥漫性间质肺炎,其中回补组与野生型两组病理变化相似,两组病理损伤程度均比敲除组显着。所有感染组的MPO及肺组织湿/干比重的比值均显着高于正常对照组（p<0.05）,与敲除组相比,回补与野生两组比值增高的更明显（p<0.05）;流式细胞仪检测CD11b/c-PE+Ly-6G-FITC双阳性表达率为敲除组43.88%,明显低于野生型组的83.32%（p<0.05）,回补基因片段后阳性率提高到73.6%,提示敲除Omp A基因后中性粒细胞的募集能力减弱,回补基因片段后募集能力提高,均明显高于敲除组（p<0.05）;NLRP3炎症小体相关蛋白的表达及m RNA的表达和IL-1β、IL-18的水平均在回补与野生型两组表达最高,敲除组中表达降低（p<0.05）,所有感染组的表达均高于正常组（p<0.05）,但回补与野生型组之间差异无统计学意义（p>0.05）。第二部分:敲低NLRP3-ASC-Caspase-1炎症小体轴相应蛋白的表达对鲍曼不动杆菌感染的影响（1）特异性的敲低NLRP3与Caspase-1的表达后,敲低组内NLRP3炎症小体相关蛋白IL-1β、IL-18、ASC、Caspase-1P10/P20及m RNA的表达与阴性对照组相比均明显降低（p<0.05）,敲低组内敲除株感染组中NLRP3炎症小体相关蛋白及m RNA的表达均低于敲低野生型株感染组（p<0.05）。（2）特异性的敲低ASC的表达后,敲低组中敲除株感染组与敲低野生型株感染组内NLRP3炎症小体相关蛋白及基因m RNA的表达量变化小（p>0.05）,敲低组与阴性对照之间的差异无统计学意义（p>0.05）。第三部分:MG-132抑制蛋白酶体的泛素化降解对鲍曼不动杆菌感染的影响（1）敲除菌株构建的体内/体外感染模型均显示:MG-132处理后各组内Caspase-1m RNA的水平变化不大即Caspase-1m RNA的合成没有增多（p>0.05）,但Caspase-1P10/P20蛋白的表达明显升高（p<0.05）,这种现象可能是MG-132抑制蛋白酶体对Caspase-1的降解所致。体内模型的病理结果显示在MG-132干预后炎症损伤加重,同时体内/体外MG-132干预模型组NLRP3炎症小体相关蛋白IL-1β、IL-18、ASC和泛素蛋白PD41/K48/K63及ELISA检测的IL-1β、IL-18和NLRP3、IL-1βm RNA的表达量均显着高于对照及敲除株感染组（p<0.05）;体内MG-132干预模型组MPO及组织湿/干比重的比值与其蛋白等表达的结果一致。（2）成功复制野生型菌株构建体内/体外感染模型,体内模型的病理改变在MG-132干预后炎症损伤加重,MG-132干预组NLRP3炎症小体相关蛋白IL-1β、IL-18、ASC、Caspase-1P10/P20和泛素蛋白PD41/K48/K63及ELISA检测的IL-1β、IL-18和NLRP3、IL-1βm RNA的表达量均显着高于对照及野生型株感染组（p<0.05）,而Caspase-1m RNA的合成无明显变化,体内MG-132干预模型组MPO及组织湿/干比重的比值与其蛋白等表达的结果一致,故推断Omp A依赖Caspase-1途径加剧对机体的损伤。结论:（1）鲍曼不动杆菌可以经Omp A激活NLRP3炎症小体通路,引起炎性损伤,且可能与NLRP3/Caspase-1途径相关。（2）MG-132可通过抑制Caspase-1降解,加剧鲍曼不动杆菌感染后炎性损伤,为临床寻找有效治疗靶点提供一定的理论依据。
李思云[5]（2020）在《宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中应用价值的研究》文中认为研究背景:肺部感染（Pulmonary infection）是临床中最常见的感染性疾病之一,为各种病原微生物所引起的肺部炎症,具有较高的发病率和致死率。由于现代医学的迅速发展,随着广谱抗菌药物、糖皮质激素、免疫抑制剂等的广泛应用,各种非典型病原体感染、广谱耐药病原体感染以及多重病原体的混合感染机率越来越大,对病原学的快速及精确检测提出了更高的要求。临床传统检测方法多为痰液、支气管肺泡灌洗液（Bronchoalveolar lavage fluid,BALF）病原菌的分离、培养、鉴定,但检测时间较长、阳性率低。分子诊断学方法可以迅速检出病原体,但容易产生假阳性结果,且无法检测新发病原体感染、多重耐药病原体感染及混合感染。宏基因组二代测序（Metagenomic next generation sequencing,mNGS）技术作为一种新型的病原学检测方法,因其通量高、成本较低、敏感性高、无偏倚等优势,在感染性疾病病原学检测方面的价值日益显现。目的:（1）比较mNGS技术与传统实验室检测方法在病因不明的肺部感染病原学诊断上的效能;（2）探讨mNGS在肺部感染病原学诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析2018年1月至2019年12月于南昌大学第一附属医院呼吸内科病房及呼吸重症监护室诊断为肺部感染及行mNGS检测的住院患者共56例。收集全部患者的基本资料、病史、体征、实验室及其他辅助检查结果。在常规诊治中留取患者痰液、BALF、血液、胸腔积液或者肺组织等标本,同时送检普通实验室病原学检测（如:痰涂片、痰培养、BALF培养、血培养、核酸检测、抗原抗体检测等）和mNGS检测,根据患者临床特征及其相关辅助检查结果,形成最终病原学诊断。用McNemar检验比较mNGS与传统实验室检测方法诊断肺部感染的差异,并分别比较两者在细菌、真菌、病毒、非典型病原体及结核性肺部感染中的效能。结果:共纳入44例患者（男性27例,女性17例,平均年龄57.30岁）的43份肺泡灌洗液mNGS标本及10份静脉血mNGS标本。mNGS检测出病原体51株,阳性率为84.09%;传统实验室检测出病原体30株,阳性率为59.09%。用McNemar检验对44例不明原因肺部感染患者mNGS与传统实验室检测结果比较,两者差异有统计学意义（p=0.007<0.05）,可认为NGS检测较传统实验室检测阳性率高;但是Kappa=0.22<0.4,认为两种检测方法一致性较差。mNGS在诊断病毒感染和不典型病原体感染的阳性率明显高于传统方法,p值分别为0.041（84.62%vs 38.46%）和<0.01（100.0%vs 14.29%）;在细菌和真菌感染患者中,mNGS的阳性率均较高于传统方法,但差异不明显;结核分枝杆菌感染患者3例,因样本量太少无法比较两者差异。mNGS诊断出全部11例混合感染,其中传统方法仅检出2例,还有2例传统方法未检出病原体。本项研究中,细菌感染以革兰阴性菌为主,其中以铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、鲍曼不动杆菌多见;病毒感染以人疱疹病毒为主,主要为人疱疹病毒-1型（单纯疱疹病毒-1型）、人疱疹病毒-4型（EB病毒）、人疱疹病毒-5型（巨细胞病毒）,病毒多与细菌、真菌混合存在;真菌感染以耶氏肺孢子虫多见;非典型病原体以鹦鹉热衣原体多见。结论:mNGS诊断肺部感染的效能总体优于传统方法,在病毒、非典型病原体及混合感染的诊断中更显着。虽然mNGS尚不能替代传统方法成为诊断肺部感染的金标准,但可作为临床病原学检测的有效补充方法,两者联合使用可提高肺部感染病原体的检出率。
程建军[6]（2020）在《鲍曼不动杆菌分子特征及其在替加环素压力下基因表达的改变》文中进行了进一步梳理目的:鲍曼不动杆菌（A.baumannii）是医院内感染的常见细菌,在临床分布广泛,具有较高的检出率;分子分型方法如ERIC-PCR（enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR）,PFGE（pulsed-field gel electrophoresis）,MLST（Multi locus sequence typing）等已广泛用于临床菌株爆发流行事件的调查。鲍曼不动杆菌的耐药性也一直是临床工作者关注的焦点。替加环素（tigecycline）是目前针对临床耐药菌的有限选择之一,但面临鲍曼不动杆菌对其耐药率有上升的风险。本研究对2017年5月至2019年3月在江苏大学附属医院分离的临床鲍曼不动杆菌进行分子分型,据分型结果和菌株的时空分布判断其院内感染的爆发流行与克隆传播情况,为进一步加强院内感染的防控提供帮助。同时,分析临床菌株的耐药谱,检测耐药相关分子如AdeB,TetB和AbaQ等在菌株间的分布情况,探讨耐药表型与耐药相关分子的关系。在此基础上,进一步分析替加环素对部分鲍曼不动杆菌临床菌株耐药表型和耐药相关分子表达的影响,寻找替加环素压力下优势表达的耐药基因。此外,利用基因组和转录测序技术分析临床上经替加环素治疗后耐药性增强的一对菌株,寻找替加环素压力下致鲍曼不动杆菌耐药表型发生变化的原因,为减缓耐药率的上升速率提供应对策略。方法:（1）以ERIC-PCR为主要方法对样本菌株进行基因分型,结合菌株的时空分布,判断特定时期内鲍曼不动杆菌的院内爆发流行与克隆传播情况,并以分子分型的“金标准”PFGE对其中耐药率相对较高的35株菌株进行分型,与ERIC-PCR分型结果作比较,验证ERIC-PCR对鲍曼不动杆菌的分型能力。（2）以PCR结合琼脂糖凝胶电泳的方法,检测所有样本菌株外排泵基因AdeB、AdeG、AdeJ、TetB、CraA、AbaQ、AbeM、MacB、AbeS和调节蛋白基因AdeR、AdeS、BaeS和SoxR的携带率,进行卡方检验,比较敏感菌株与耐药菌株外排泵和调节蛋白携带率的差异,并探讨外排泵携带与菌株分子分型的关系。（3）根据菌株耐药谱、分型结果和外排泵携带情况,选定6株鲍曼不动杆菌,测定各菌株对替加环素的MIC值。在LB液体培养基中进行替加环素浓度梯度增加的体外诱导实验（实验组）,同时以各菌株的LB纯培养作为自身对照（对照组）,测定经诱导和LB纯培养后各菌株对替加环素的MIC值。提取各菌株的总RNA,去基因组后逆转录定量检测耐药相关基因和管家基因的CT值,以各自LB纯培养菌株作为参照,计算各菌株经替加环素体外诱导后外排泵与调节蛋白基因的相对表达量。（4）通过对样本菌株前期工作的分析与患者病历的查询,选取源于同一患者,且在临床应用包括替加环素在内的抗菌药物治疗后,对替加环素和米诺环素的耐药性由敏感转变为耐药的一对鲍曼不动杆菌。按临床检出顺序将它们分别命名为A.baumannii 711（AB711）和A.baumannii 721（AB721）,复测菌株的耐药性。在体外对AB711进行替加环素浓度梯度增加的体外诱导实验,以期复制临床耐药性发生变化的过程,并记录经诱导后对替加环素的MIC值。将经诱导后的菌株命名为A.baumannii 712（AB712）,并对上述三个菌株进行基因组DNA的提取及全基因组测序和分析。对AB711和AB712进行RNA的提取与转录测序分析,根据基因差异表达结果选取部分基因进行逆转录定量PCR（RT-qPCR）,将定量PCR的结果与转录测序的结果进行比较。结果:（1）采用ERIC-PCR对183株鲍曼不动杆菌进行同源性分析,共分为45个克隆群。A、D、F、I、J等为主要分群,结合菌株的时空分布进行分析,未发现特定克隆群的爆发流行迹象。此外,应用PFGE与ERIC-PCR对其中35株鲍曼不动杆菌进行分子分型,结果显示ERIC-PCR与PFGE对此35株菌株分型结果部分相一致,表明ERIC-PCR对鲍曼不动杆菌基因型具有一定的分辨能力。（2）外排泵AdeG总携带率高达98.36%,调节蛋白BaeS总携带率为96.17%。外排泵TetB的总携带率最低,为78.14%。除外排泵基因AdeG、AdeJ和AbaQ在耐药和敏感菌株间检出率无明显差异,其它外排泵和调节蛋白基因在耐药株细菌中检出率均高于敏感菌株,经卡方检验,p<0.05,差异具有统计学意义。本次检测的各耐药相关分子,在ERIC-PCR克隆群中均有分布。（3）对照组的多药耐药菌与广泛耐药菌外排泵基因（AdeB、TetB、和AbeS）及调节蛋白基因AdeS的表达较敏感组菌株明显升高;在广泛耐药株,外排泵基因（AdeB、TetB）的表达较多药耐药株偏高,结果经t检验P<0.05。其它各耐药相关基因在多药耐药与广泛耐药株细菌中表达各异。与对照组比较,实验组中AdeB、TetB、AbaQ和AdeS在各临床分离菌株的表达均呈上升趋势,其中AdeB和TetB的表达均明显升高（P<0.01）。其它基因如AbeM、MacB、AbeS、BaeS和AdeR的表达存在菌株间的差异。（4）在替加环素浓度梯度升高的培养条件下,AB711对替加环素的MIC值升高两个倍比稀释度,而转入无替加环素压力的体外培养后,其对替加环素的MIC降至原水平。这一变化与AB711对替加环素耐药性变化的临床过程相似。全基因组测序（WGS）与MLST分型结果显示,AB711、AB712和AB721同属于ST2（Pasteur）/ST1791（Oxford）;基于SNP的进化树分析表明,AB711、AB712和AB721系同源。在替加环素的压力下,菌株的差异表达基因功能富集分析表明,与含苯化合物和含酚化合物代谢过程有关的基因,以及翻译、核糖体生物合成、氨基酸转运和代谢等相关基因表达均明显上调。此外,RND家族外排泵亚基、EmrAB、MacB和四环素操纵子等基因的表达也上调。对部分基因的RT-qPCR检测结果与转录差异表达结果基本一致。结论:（1）通过对鲍曼不动杆菌临床分离菌株的分析发现,存在院内感染的克隆传播现象,但无特定基因型的鲍曼不动杆菌爆发流行迹象。（2）多种外排泵的携带与表达可能在鲍曼不动杆菌耐药性形成过程中具有重要的作用。（3）RND家族外排泵基因AdeB和四环素操纵子中的TetB的高表达,可能在鲍曼不动杆菌对替加环素耐药性增强的过程中具有重要作用。（4）在体外培养或临床用药过程中,鲍曼不动杆菌在替加环素压力下,可通过直接上调耐药相关基因的表达,或改变生物合成或代谢相关基因的表达,导致对替加环素耐药性的演变,其具体的分子机制有待进一步研究。
张甜[7]（2020）在《宏基因组二代测序技术在儿童感染性疾病中应用》文中认为目的探讨宏基因组二代测序（mNGS）技术在儿童感染性疾病中的应用价值。方法收集并回顾性分析2018年6月到2019年12月在安徽省立医院儿科住院治疗并进行血液、肺泡灌洗液或者脑脊液中任意一种样本的mNGS技术检查62例,排除没有与mNGS配对样本培养的病例、确诊为非感染性疾病和未知的病例、未通过mNGS质量控制病例和病史不全的病例共13例。对纳入的49例患儿的一般临床资料、mNGS结果及与之相对应标本的常规病原学检测结果进行回顾性分析研究,探讨mNGS在儿童感染性疾病中的应用价值。结果1.在纳入的49例感染性疾病患儿中,mNGS阳性率为73.5%,高于培养方法阳性率10.2%（p<0.05）,虽然也高于总传统检测方法的阳性率（67.3%）,但两者在统计学的比较上无差别（p>0.05）。2.对于腺病毒7型的检出,mNGS检出率高于血中抗体检测（p<0.05）,而对于肺炎支原体的检出,mNGS的检出率（32.6%）低于血中抗体检测的检出率（45.7%）,但两者统计学上无差异（p>0.05）。3.mNGS检出结果中有5例呈现假阳性。本资料检出的病原体前三位分别是腺病毒7型检出率最高（38.8%）,其次为肺炎支原体（30.6%）,第三位流感嗜血杆菌（4.1%）;在2例病情严重的有基础疾病的患儿中检出真菌感染,在1例多发性肺脓肿患儿中检出厌氧菌感染,在怀疑结核性脑膜炎患儿脑脊液中检出结核分枝杆菌。结论1.mNGS对于儿科感染性疾病的病原体诊断有较高的灵敏性,可以为某些病因未明或者临床疑似诊断的病例提供诊断依据,可作为目前临床检测手段的有效补充;2.mNGS技术对于如腺病毒7型及支原体等儿科中不典型病原体检测和混合感染有良好的检出率。
曾茜[8]（2020）在《肺泡巨噬细胞在鲍曼不动杆菌疫苗快速免疫保护中的作用及分子机制研究》文中提出研究背景:2017年,WHO发布一项报告列出严重威胁人类健康的12种耐药细菌,其中鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）位列“榜首”。鲍曼不动杆菌感染人群主要为住院患者,尤其是重症病人,最主要的感染类型为肺炎。多重耐药鲍曼不动杆菌呈世界性流行,使其临床治疗面临严峻挑战。疫苗可从源头上控制耐药细菌的感染与传播,是一种经济有效的防治手段。鲍曼不动杆菌疫苗接种的目标人群主要为住院病人,疫苗接种时间窗口要求很短,希望在接种后3至7天快速起效,尽早产生免疫保护效果。本课题组前期研究发现,用鲍曼不动杆菌灭活全菌（Invactivated whole cell,IWC）疫苗单次滴鼻免疫小鼠可快速对致死剂量鲍曼不动杆菌攻毒起到100%的保护效果,IWC疫苗的这种快速保护效应在T、B细胞缺陷的Rag1-/-小鼠中同样存在,且宿主应答动力学研究显示疫苗免疫7天后攻毒引发了记忆性应答,提示IWC疫苗的快速免疫保护效应依赖于天然免疫记忆。天然免疫记忆是指天然免疫细胞可在初次免疫暴露后被代谢和表观重编程而储存免疫记忆,再次接受刺激时可呈现增强的宿主防御反应。mTOR-HIF-1α信号通路可调控多种代谢途径,介导表观遗传重编程,从而诱导天然免疫记忆形成。肺泡巨噬细胞（Alveolar macrophages,AMs）是机体抵御外来病原侵袭肺脏的第一道防线,AMs更新缓慢且能自我维持,为记忆性的形成和维持创造了有利条件。因此我们推测鲍曼不动杆菌IWC免疫可能驯化AMs形成免疫记忆,在疫苗快速保护中发挥重要作用。然而巨噬细胞具有强异质性,介导单核巨噬细胞免疫记忆的细胞亚群特征尚不清楚,本研究运用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术尝试解析IWC疫苗免疫后记忆性AMs亚群的特征,并验证其在疫苗保护中的功能,为鲍曼不动杆菌疫苗快速起效提供理论基础。研究目的:1.建立小鼠致死性肺炎模型用于疫苗保护性评价。2.明确肺泡巨噬细胞在鲍曼不动杆菌IWC疫苗快速保护中的作用。3.初步鉴定疫苗免疫后记忆性肺泡巨噬细胞亚群及其特征。4.探索mTOR通路在肺泡巨噬细胞介导的鲍曼不动杆菌IWC疫苗快速保护中的作用。研究方法:1.分别用30株鲍曼不动杆菌临床分离株对小鼠进行气管插管感染,观察小鼠死亡率初步鉴定其毒力。用MLST方法鉴定临床株的序列型（ST）,筛选具有代表性基因型的鲍曼不动杆菌。用高毒力临床株感染小鼠,检测生存率、细菌定植量、组织病理,Real-time PCR检测细胞因子,流式检测BALF炎症细胞浸润,建立小鼠肺炎模型。分别用不同ST型临床株制备IWC,免疫小鼠7天后攻毒,观察生存率。2.检测B-NDG小鼠IWC单次滴鼻免疫攻毒后生存率,确认天然免疫细胞在IWC疫苗快速保护中的作用。将IWC免疫7天后的小鼠CD11C+AMs用磁珠分选并过继到受体小鼠肺部后攻毒,测定攻毒24小时后的小鼠临床评分和细菌定植量。分别建立体内及体外IWC驯化AMs记忆模型,Real-time PCR检测疫苗免疫7天后AMs细胞因子表达,ELISA检测IWC再刺激2小时后的TNF-α水平。IWC免疫小鼠腹腔注射TNF-α抗体后攻毒,观察生存率。Real-time PCR检测IWC免疫7天后AMs中吞噬杀菌相关标志基因的表达水平;分别用流式检测IWC免疫后攻毒1小时、2小时的AMs吞噬GFP鲍曼不动杆菌的能力。3.流式检测IWC单次滴鼻免疫0、7、14、30天时,小鼠BALF中AMs的动态变化。对IWC免疫7天后和未免疫小鼠的肺组织进行单细胞转录组测序,对肺组织细胞进行聚类分群,统计免疫后肺组织细胞亚群数目和比例的变化,分析IWC免疫对小鼠肺部细胞的影响。进一步对其中的单核巨噬细胞进行分群定义以及拟时轨迹、细胞亚群特征表达基因分析。Real-time PCR验证scRNA-seq结果中AMs亚群的特征性表达基因。4.IWC免疫7天后,分别用WB、Real-time PCR、流式检测肺组织和AMs中的mTOR通路的激活情况。在IWC免疫阶段腹腔注射雷帕霉素抑制mTOR通路,观察小鼠免疫攻毒后生存率;检测攻毒24小时后肺组织和血中的细菌定植量,以及肺组织病理;ELISA检测肺和血中的细胞因子表达水平。研究结果:第一部分:鲍曼不动杆菌临床菌株分离鉴定及肺炎模型的建立1.30株临床菌中有23株可引起小鼠死亡,其中6株可引起100%致死,而SJZ24是其中毒力最强的菌株。2.MLST结果显示:30株临床菌中有21株为ST2型,属于CC2;高毒力菌株中5株属于ST2。3.以高毒力菌株SJZ24建立鲍曼不动杆菌肺炎模型,SJZ24梯度剂量攻毒结果显示5×107 CFU为最低100%致死剂量,小鼠感染该剂量4小时到24小时后,肺细菌定植维持在8 log10 CFU,血液和其他器官的定植有所增加。感染后小鼠肺组织损伤严重,细胞因子分泌增加,中性粒细胞浸润显着增加（P<0.05）。致死性小鼠肺炎模型建立成功。4.不同基因型临床株制备IWC,免疫后攻毒自身菌株,结果显示临床株IWC疫苗免疫组的小鼠生存率均显着高于未免疫组（P<0.05）,表明临床株建立的小鼠肺炎模型可用于鲍曼不动杆菌疫苗评价。第二部分:肺泡巨噬细胞在鲍曼不动杆菌疫苗快速免疫保护中的功能研究1.B-NDG小鼠中IWC免疫组生存率仍可达60%,提示T、B及NK细胞以外的天然免疫细胞在IWC疫苗快速保护中发挥重要作用。2.过继IWC免疫AMs的小鼠感染24小时后的临床评分和细菌定植量都显着低于过继未免疫AMs组和未过继阴性对照组（P<0.05）,表明AMs在IWC疫苗介导的免疫保护中具有重要作用。3.IWC免疫小鼠7天后,IWC免疫组的AMs中TNF-α、IL-6和IL-1β转录水平显着高于未免疫对照组（P<0.05）。在AMs离体和纯体外培养模型中,用IWC再刺激2小时后,IWC免疫组AMs分泌TNF-α的水平均显着高于未免疫组（P<0.05）。表明IWC免疫后AMs保持着细胞因子更高的转录水平,当受到再次刺激时可产生更高水平的细胞因子,提示IWC可诱导记忆性AMs形成。4.注射TNF-α抗体的IWC免疫组小鼠攻毒后生存率显着低于未给抗体的IWC免疫组（P<0.05）,说明AMs可能通过分泌TNF-α在IWC疫苗快速保护中发挥重要作用。5.IWC免疫7天后的AMs与未免疫AMs相比,其吞噬杀菌相关基因CYBB、CAMP和S100A8的转录水平都显着增加（P<0.05）。流式结果显示,IWC免疫再攻毒1小时和2小时后,IWC免疫组与未免疫组相比,AMs吞噬GFP细菌能力明显增加。表明IWC免疫后的AMs能够在攻毒后表现出更强的吞噬细菌的能力,从而发挥免疫保护作用。第三部分:鲍曼不动杆菌疫苗免疫后记忆性肺泡巨噬细胞亚群特征研究1.IWC免疫后,BALF中主要有一群CD11C+CD11B+的细胞明显增加并可长期存留,说明IWC疫苗诱导了一群新的AMs产生,这可能与AMs天然免疫记忆有关。2.肺组织scRNA-seq结果显示,所有细胞被分为41个亚群。其中单核巨噬细胞的数目和比例在IWC免疫7天时明显高于对照组。3.将scRNA-seq结果中单核巨噬细胞再进行聚类分析获得16个细胞亚群,拟时轨迹分析显示其主要分为三个State。IWC免疫7天组与对照组相比,具有一个独特的亚群Cluster 7。GO和KEGG功能富集分析显示,Cluster 7可能比其他亚群具有更强的细胞趋化、吞噬杀菌、炎症因子应答和炎症信号转导能力,其mTOR信号通路也显着上调。4.Real-time PCR验证了scRNA-seq结果中,Cluster 7的特征基因Gpnmb,Anpep,Syngr1和Mmp14在IWC免疫组AMs的表达显着高于未免疫对照组（P<0.01）。第四部分:mTOR通路在肺泡巨噬细胞介导的鲍曼不动杆菌IWC疫苗免疫保护中的作用研究1.IWC免疫7天后与未免疫组相比,mTOR通路相关蛋白的表达和磷酸化显着增加（P<0.05）,说明mTOR信号可以被IWC疫苗激活并在免疫7天后的AMs中仍然维持较高水平。2.给药雷帕霉素抑制IWC免疫阶段mTOR通路的小鼠生存率显着低于未给药的IWC免疫阳性对照组（P<0.05）。IWC免疫攻毒后24小时,给药雷帕霉素组的细菌定植量、病理损伤程度、细胞因子表达水平显着高于未给药组（P<0.05）。表明mTOR信号在IWC疫苗介导的快速保护中有重要作用。研究结论:1.利用高毒力鲍曼不动杆菌临床株建立的小鼠致死性肺炎模型可用于评价IWC疫苗快速保护效应的普遍性和广泛性。2.肺泡巨噬细胞可被鲍曼不动杆菌IWC疫苗诱导产生记忆性,并在其快速免疫保护效应中发挥重要作用。3.鲍曼不动杆菌IWC疫苗免疫可诱导小鼠记忆性肺泡巨噬细胞新亚群的出现。4.mTOR通路可能在肺泡巨噬细胞介导的鲍曼不动杆菌IWC疫苗快速保护效应中起重要作用。研究意义:本研究证实了AMs可被IWC疫苗驯化产生免疫记忆,并呈现独特的AMs亚群;记忆性AMs在疫苗快速保护中有重要作用;初步阐明了mTOR通路在AMs介导的疫苗快速保护中的作用。这些结果为研发快速起效疫苗提供了理论基础,同时丰富了天然免疫记忆的理论认识。
郭丽丽[9]（2020）在《内科重症监护病房老年肺炎患者革兰阴性杆菌感染及耐药性分析》文中进行了进一步梳理目的:探讨老年肺炎患者革兰阴性杆菌的感染现状及耐药情况。方法:选取我院2015年1月至2018年10月内科重症监护病房438名老年肺炎患者共574例革兰阴性杆菌细菌培养及药敏试验结果。依据世界卫生组织（WHO）老年期的年龄划分标准,将研究对象分为≥75岁组（老老年人及长寿老年人）老年肺炎患者及<75岁组（年轻老人）老年肺炎患者。通过回顾性分析首次送检不同部位分离的革兰阴性杆菌细菌培养及耐药性结果,采用卡方检验探讨其感染情况及细菌耐药率有无差异。结果:438名老年肺炎患者中,346名患者为单一病原菌感染,92名患者为多重病原菌感染。其中同种细菌以初次分离出的细菌培养作为研究分析,共分离鲍曼不动杆菌258株（45%）、铜绿假单胞菌113株（19.7%）、肺炎克雷伯杆菌72株（12.4%）、大肠杆希菌34株（5.9%）,≥75岁组分离的革兰阴性杆菌株数均多于<75岁组。≥75岁组分离的鲍曼不动杆菌多于<75岁组（p<0.05）。分离出的主要病原菌鲍曼不动杆菌对临床常用药物喹诺酮类、头孢类、碳青霉烯类抗菌药物均有较高的耐药性。其他主要病原菌对常用抗菌药物也表现出较高耐药率,且为多重耐药。两组研究对象同种病原菌耐药率差距不大。组内分析中<75岁组感染铜绿假单胞菌患者铜绿假单胞菌对庆大霉素耐药率与多菌感染相关。<75岁组感染肺炎克雷伯杆菌患者肺炎克雷伯杆菌对哌拉西林/他唑巴坦耐药率与多菌感染相关。结论:老年肺炎患者感染革兰阴性杆菌情况严重,年龄越大感染几率越大。鲍曼不动杆菌感染与患者年龄具有相关性,即年龄越大感染鲍曼不动杆菌情况越严重。院内常见革兰阴性杆菌,鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌多对院内呼吸科常用抗菌药物耐药严重,且为多重耐药。不同年龄段耐药率无明显差异。组内单一病原菌感染/多菌感染耐药性分析总体无明显差异。老年肺炎患者临床治疗存在困难,患者预后差,应予以重视。
汪潇瑶[10]（2020）在《2017-2019年我院呼吸内科肺部感染病原菌分布及耐药性变迁》文中认为目的:分析2017年1月-2019年12月皖南医学院第一附属医院呼吸与危重症医学科肺部感染病原菌分布及耐药性情况,掌握本地区病原菌分布及耐药性特点流行趋势,从而指导抗菌药物的合理使用。方法:对2017年1月-2019年12月皖南医学院第一附属医院呼吸与危重症医学科诊断为肺部感染2521例住院患者进行回顾性分析,选取患者的痰液、支气管肺泡灌洗液（BALF）作为病原菌标本,对病原菌的种类及分布、主要病原菌的耐药性进行分析。调查近3年临床常见病原菌对临床常用抗生素的药敏结果,探讨病原菌分布及耐药性变迁情况。结果:本次调查确诊为肺部感染住院患者送检了痰液、BALF标本共计1823例,共分离培养出病原菌325例,分离阳性率17.8%。3年共分离出革兰阴性菌224株（剔除同一患者重复菌株）,占68.9%,居前五位的致病菌依次为肺炎克雷伯菌（61株,18.8%）、鲍曼不动杆菌（41株,12.6%）、铜绿假单胞菌（34株,10.5%）、大肠埃希菌（27株,8.3%）、阴沟肠杆菌复合菌（21株,6.5%）,且革兰阴性菌感染呈逐年增加趋势,由2017年65.9%上升至2019年70.9%;真菌83株,占25.5%,主要以白色念珠菌为主,且真菌感染比例有上升的趋势;分离到的革兰阳性菌菌株较少,共18株,占5.5%,以金黄色葡萄球菌、溶血葡萄球菌为主。3年耐药性监测结果提示,对革兰阴性菌敏感性最高的药物依次是碳青霉烯类药物、阿米卡星、β内酰胺类/β-酶抑制剂;耐药率较高的是氨苄西林和头孢唑林。其中,亚胺培南除对鲍曼不动杆菌（51.2%）和铜绿假单胞菌（82.4%）的敏感率略低外,对其余菌株的敏感率都在90%以上,目前未发现厄他培南对肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌及阴沟肠杆菌复合菌菌株耐药。而鲍曼不动杆菌对亚胺培南的耐药率则由2017年的11.1%显着上升至2019年的47.1%,耐药率上升幅度达3倍。药敏结果显示真菌感染虽有上升趋势,但目前对临床常用抗真菌药物普遍敏感。另本研究中尚未发现对利奈唑胺、喹奴普汀-达福普汀、替加环素耐药的革兰阳性菌菌株。结论:2017年1月-2019年12月我院呼吸与危重症医学科肺部感染以革兰阴性菌为主,且病原菌普遍对临床常用抗生素均存在不同程度的耐药。医疗机构应加强细菌耐药监测,临床医生应及时了解当地病原菌流行病学信息,尽量做到合理使用抗菌药物,并以细菌培养及药敏结果为依据,结合患者实际情况及时调整抗菌药物,减少耐药菌株产生,保障患者安全。
二、不典型鲍曼不动杆菌的检测（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、不典型鲍曼不动杆菌的检测（论文提纲范文）
（1）68例Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症患者合并细菌感染的回顾性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 内容与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（2）NGS在儿童神经外科术后颅内感染中的应用（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 儿童开颅术后感染的诊断及进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（3）肺脓肿病原体分布及耐药性分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 中英文缩略词 |
| (一)前言 |
| (二)资料和方法 |
| 1.一般资料 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 纳入、排除标准 |
| 1.3 临床资料收集 |
| 1.4 标本采集 |
| 1.5 仪器和试剂 |
| 2.方法 |
| 2.1 细菌鉴定及药敏试验 |
| 2.2 统计学方法 |
| (三)结果 |
| 1.一般情况 |
| 2.病原体检出率 |
| 3.病原体分布 |
| 3.1 238 例肺脓肿G-杆菌、G+球菌及真菌分布 |
| 3.2 原发性、继发性、血源性肺脓肿病原体分布 |
| 4.年龄、基础疾病对病原体检出率及分布的影响 |
| 4.1 年龄、基础疾病对病原体检出率的影响 |
| 4.2 年龄、基础疾病对前三位G-杆菌病原体分布的影响 |
| 5.耐药性分析 |
| 5.1 238 例肺脓肿G-杆菌耐药性分析 |
| 5.2 肺脓肿合并基础疾病主要G-杆菌耐药性分析 |
| 5.3 产ESBLs与不产ESBLs-肺炎克雷伯菌(ESBLs-KP)耐药性 |
| 5.4 3株G+球菌耐药性分析 |
| 5.5 真菌耐药性分析 |
| (四)讨论 |
| 1.一般情况讨论 |
| 2.病原体分布讨论 |
| 3.耐药性分析讨论 |
| (五)结论 |
| (六)参考文献 |
| 综述 肺脓肿诊治研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢信 |
（4）外膜蛋白A-Caspase-1通路在鲍曼不动杆菌肺炎免疫机制的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩略词表 |
| 引言 |
| 第一部分 鲍曼不动杆菌依赖外膜蛋白A增强NLRP3炎症小体的激活 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二部分 敲低NLRP3-ASC-Caspase-1 炎症小体轴相应蛋白的表达对鲍曼不动杆菌感染的影响 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第三部分 MG-132抑制蛋白酶体的泛素化降解对鲍曼不动杆菌感染的影响 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 全文小结 |
| 全文结论 |
| 创新与不足之处 |
| 参考文献 |
| 综述 鲍曼不动杆菌的致病机制及与天然免疫系统间的关系 |
| 参考文献 |
| 作者简历 |
| 致谢 |
| 学位论文数据集 |
（5）宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中应用价值的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 伦理声明和知情同意 |
| 2.2 纳入研究的对象 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 标本采集 |
| 2.3.2 检测方法及试验步骤 |
| 2.3.3 数据分析 |
| 2.4 mNGS结果的解读以及阳性标准 |
| 2.5 统计学分析 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 患者的一般资料 |
| 3.3 mNGS与传统病原学检测结果的比较 |
| 3.4 mNGS与传统病原学检测矛盾结果的原因分析 |
| 3.5 治疗及转归 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 综述 |
| 参考文献 |
（6）鲍曼不动杆菌分子特征及其在替加环素压力下基因表达的改变（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩写索引 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 鲍曼不动杆菌(A.baumannii) |
| 1.2 院内感染暴发流行调查的主要分析技术 |
| 1.3 鲍曼不动杆菌外排泵基因与调节蛋白基因 |
| 1.4 替加环素与抗生素的诱导耐药现象 |
| 1.5 二代测序 |
| 1.6 研究的目的,方法及意义 |
| 1.6.1 实验目的 |
| 1.6.2 实验方法 |
| 1.6.3 实验设计 |
| 1.6.4 实验意义 |
| 第二章 鲍曼不动杆菌分子特征及院内克隆传播分析 |
| 2.1 主要试剂与仪器 |
| 2.1.1 菌株 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要配制试剂及配制方法 |
| 2.1.4 主要仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 肠杆菌科间重复共有序列PCR(ERIC-PCR) |
| 2.2.2 脉冲场凝胶电泳(PFGE) |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 ERIC-PCR分型结果 |
| 2.3.2 ERIC-PCR与PFGE对耐药率较高的35 株菌株分型的比较 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 鲍曼不动杆菌外排泵基因的检测及其在替加环素压力下表达的变化 |
| 3.1 主要试剂与仪器 |
| 3.1.1 主要实验试剂 |
| 3.1.2 主要仪器 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 PCR检测样本菌株外排泵基因与调节蛋白基因 |
| 3.2.2 定量PCR检测替加环素的压力下菌株外排泵基因表达的变化 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 外排泵与调节蛋白基因在样本菌株间携带情况的检测 |
| 3.3.2 鲍曼不动杆菌耐药相关基因在不同克隆群的分布情况 |
| 3.3.3 替加环素压力下优势表达的外排泵基因 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 鲍曼不动杆菌AB711在替加环素压力下的基因组与转录组分析 |
| 4.1 试剂与仪器 |
| 4.1.1 实验菌株信息 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 菌株对替加环素的药敏实验 |
| 4.2.2 鲍曼不动杆菌AB711的替加环素诱导耐药增强与耐药性回复实验 |
| 4.2.3 菌株基因组DNA的提取与质量评估 |
| 4.2.4 菌株总RNA的提取与质量评估 |
| 4.2.5 二代测序与分析 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 菌株对替加环素耐药性变化过程 |
| 4.3.2 核酸样本质量评估结果 |
| 4.3.3 测序基本信息 |
| 4.3.4 基因组测序与分析 |
| 4.3.5 转录组测序与分析 |
| 4.3.6 差异表达基因涉及的KEGG通路 |
| 4.3.7 定量PCR验证部分差异表达基因 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 结论及展望 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的文章 |
（7）宏基因组二代测序技术在儿童感染性疾病中应用（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 参考文献 |
| 附录:个人简历 |
| 致谢 |
| 综述 宏基因组二代测序技术在儿童感染性疾病中的应用 |
| 参考文献 |
（8）肺泡巨噬细胞在鲍曼不动杆菌疫苗快速免疫保护中的作用及分子机制研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 英文摘要 |
| 中文摘要 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 鲍曼不动杆菌临床菌株分离鉴定及肺炎模型的建立 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 肺泡巨噬细胞在鲍曼不动杆菌疫苗快速免疫保护中的功能研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 鲍曼不动杆菌IWC疫苗对肺泡巨噬细胞亚群的影响研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 m TOR通路在肺泡巨噬细胞介导的鲍曼不动杆菌IWC疫苗免疫保护中的作用研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.4 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 文献综述 鲍曼不动杆菌感染免疫应答机制研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及参与的课题 |
| 致谢 |
（9）内科重症监护病房老年肺炎患者革兰阴性杆菌感染及耐药性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略语 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 数据的采集及相关仪器 |
| 2.3 统计学方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 MICU收治老年肺炎患者的临床资料分析 |
| 3.2 MICU收治老年肺炎患者感染病原菌分布情况分析 |
| 3.3 老年肺炎患者革兰阴性杆菌的耐药性分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 本研究创新性自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（10）2017-2019年我院呼吸内科肺部感染病原菌分布及耐药性变迁（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 研究材料(资料、内容)与方法 |
| 1.资料来源 |
| 2.研究方法 |
| 2.1 标本接种与细菌培养 |
| 2.2 菌株鉴定及药敏试验 |
| 3.统计学处理 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简介及读研期间主要科研成果 |
| 致谢 |
四、不典型鲍曼不动杆菌的检测（论文参考文献）
- [1]68例Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症患者合并细菌感染的回顾性分析[D]. 何月希. 山东大学, 2021(09)
- [2]NGS在儿童神经外科术后颅内感染中的应用[D]. 贾璐博. 河北医科大学, 2021(02)
- [3]肺脓肿病原体分布及耐药性分析[D]. 张欢欢. 大连医科大学, 2021(01)
- [4]外膜蛋白A-Caspase-1通路在鲍曼不动杆菌肺炎免疫机制的研究[D]. 李玉美. 贵州医科大学, 2020(04)
- [5]宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中应用价值的研究[D]. 李思云. 南昌大学, 2020(08)
- [6]鲍曼不动杆菌分子特征及其在替加环素压力下基因表达的改变[D]. 程建军. 江苏大学, 2020
- [7]宏基因组二代测序技术在儿童感染性疾病中应用[D]. 张甜. 安徽医科大学, 2020(02)
- [8]肺泡巨噬细胞在鲍曼不动杆菌疫苗快速免疫保护中的作用及分子机制研究[D]. 曾茜. 中国人民解放军陆军军医大学, 2020(01)
- [9]内科重症监护病房老年肺炎患者革兰阴性杆菌感染及耐药性分析[D]. 郭丽丽. 中国医科大学, 2020(01)
- [10]2017-2019年我院呼吸内科肺部感染病原菌分布及耐药性变迁[D]. 汪潇瑶. 皖南医学院, 2020(01)