一、EB病毒编码的信号转导模拟分子研究进展（论文文献综述）
曾宪长[1]（2021）在《基于二代测序和甲基化谱测序数据筛选EBV相关胃癌预后基因》文中研究说明目的:胃癌（Gastric Cancer）是一种常见的消化系统恶性肿瘤,大约10%的胃癌与EB病毒感染相关,此类胃癌被称为EBV相关胃癌（EBV associated gastric carcinoma,EBVa GC）。EBV编码基因及其产物导致宿主细胞基因差异表达,在EBVa GC的发生发展过程中发挥重要作用;宿主细胞特定基因的甲基化也扮演着重要的角色。目前还没有一种生物标志物被广泛应用于EBVa GC的早期诊断和预后判断。本研究旨在探讨EBVa GC的新型生物标志物,为其早期诊断与预后评估提供理论依据。方法:首先从GEO数据库下载EBVa GC二代测序数据集GSE51575,并从TCGA数据库中下载胃癌二代测序数据集（TCGA-STAD）,通过limma和edge R程序包分别筛选EBVa GC与EBV阴性胃癌的差异表达基因,以及胃癌和癌旁组织的差异表达基因（Differential expressed genes,DEGs）;采用Vendiagram程序包获取GSE51575和TCGA-STAD数据集DEGs的交集,作为进一步研究的对象。利用Cluster Profiler程序包进行DEGs的GO通路（Gene Ontology,GO）和KEGG通路（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析。利用STRING数据库建立DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,并利用Cytoscape软件中的cyto Hubba插件获取关键节点基因（Hub genes）,利用Cluster Profiler程序包进行关键节点基因的GO和KEGG通路富集分析。结合TCGA数据库中胃癌的临床数据,使用survival程序包计算各基因与患者生存期的关系,从关键节点基因中筛选预后基因。利用Wilcoxon符号秩检验分析预后基因在数据集GSE51575中的EBVa GC和EBV阴性胃癌的基因表达水平,以及在TCGA-STAD数据集中胃癌组织和癌旁组织的基因表达水平。进一步下载EBVa GC数据集GSE66229和胃癌数据集GSE33335进行预后基因表达水平的再验证。利用Kruskal-Wails符号秩检验进行预后基因在TCGA-STAD数据集中胃癌不同分期和癌旁组织的基因表达水平分析。用R语言中的survial和survminer程序包进行预后基因在EBVa GC和EBV阴性胃癌患者中的DNA甲基化表达和生存联合分析。结果:GSE51575与TCGA-STAD两个数据集分别筛选DEGs,并将其相交共筛选出二者共同的DEGs 181个,其中上调基因89个,下调基因92个。对DEGs进行GO和KEGG通路分析,结果表明它们主要富集于对其他生物防御反应和白细胞活化的调节、质膜外、细胞因子受体结合等生物学功能,趋化因子信号通路和Toll样受体信号通路等,提示以上通路可能在EBVa GC发生发展中发挥重要作用。在181个DEGs中共筛选出11个关键节点基因,分别为:细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4（cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4,CTLA4）,C-X-C基序趋化因子配体9（C-X-C motif chemokine ligand 9,CXCL9）,鸟苷酸结合蛋白5（Guanylate binding protein 5,GBP5）,2’-5’-寡腺苷酸合成酶2（2’-5’-Oligoadenylate synthetase 2,OAS2）,信号转导和转录激活因子1（Signal transducer and activator of transcription 1,STAT1）,γ-干扰素（Interferon gamma,IFNG）,C-X-C基序趋化因子配体11（C-X-C motif chemokine ligand 11,CXCL11）,吲哚胺2,3-双加氧酶1（Indoleamine 2,3-dioxygenase 1,IDO1）,白细胞介素2受体α亚单位（Interleukin 2 receptor subunit alpha,IL2RA）,整合素亚单位Αx（Integrin subunit alpha X,ITGAX）和C-X-C基序趋化因子配体10（C-X-C motif chemokine ligand,CXCL10）。关键节点基因的GO和KEGG通路分析结果表明,它们主要富集于对其他生物防御反应、质膜外、细胞因子受体结合、细胞因子-细胞因子受体相互作用,以及趋化因子信号通路和Toll样受体信号通路等。结合DEGs在胃癌组织中的表达量和患者的临床信息,进行生存分析,得出CTLA4、OAS2、CXCL9、GBP5和STAT1与EBVa GC预后相关。此外,在数据集GSE51575和GSE66229中,CTLA4、OAS2、CXCL9、GBP5和STAT1在EBVa GC中的表达水平高于EBV阴性胃癌,且在TCGA胃癌数据集和GSE33335胃癌数据集中基因表达量在胃癌组织中也明显高于癌旁组织。对上述5个预后基因进一步进行甲基化分析,甲基化与转录组相关性分析和甲基化和转录组联合生存分析,结果表明CTLA4和STAT1在EBV相关胃癌中是低甲基化基因,二者均可能作为EBV相关胃癌中与甲基化水平相关的生物标志物。结论:本研究表明CTLA4、OAS2、CXCL9、GBP5和STAT1可能参与了EBVa GC的发生发展。其中,CTLA4和STAT1具有低甲基化特征,可作为新的甲基化相关的预后生物标志物,可望用于诊断EBVa GC和制定相关的治疗策略。
王雍[2]（2021）在《BLV-miRNAs调控人源靶基因预测及对人淋巴细胞基因表达的影响》文中提出牛白血病病毒（Bovine leukemia virus,BLV）是世界范围内最常见的牛传染性病毒之一,可编码miRNA（BLV-miRNAs）,有研究表明外源性miRNA可以通过食物摄取跨界调控动物基因,所以,BLV-miRNAs可能具有跨界调控人类淋巴细胞功能的风险。基于此,我们以BLV-miRNAs跨界调控的普适性为切入点,通过生物信息学手段分析并预测BLV miRNA跨界后可能调控的人源基因;选择转录丰度最高且与人白血病相关的miR-29a共享同一种子序列的BLV-miR-B4-3p作为研究对象,明确BLV-miR-B4-3p对人淋巴细胞基因表达的影响。首先使用mirbase网站对BLV-miRNA的成熟序列进行查询,通过miRanda软件对BLV编码的10种miRNA（BLV-miR-B1-3p,5p、BLV-miR-B2-3p,5P、BLV-miR-B3-3p,5p、BLV-miR-B4-3p,5p、BLV-miR-B5-3p,5p）进行靶基因预测,并选取每个BLV-miRNA评分前10的候选靶基因（去除重复基因后共88个）进行功能分析,对受到多个BLV-miRNA共同调控的候选靶基因使用RNAhybrid软件进行二次预测验证,并对其功能进行分析。通过qPCR确定BLV-miR-B4-3p mimics在不同时间点的转染效率;对转染不同浓度BLV-miRB4-3p mimics的淋巴细胞进行转录组测序,并对测序结果进行差异基因聚类、GO富集分析和KEGG富集分析,通过qPCR验证BLV-miR-B4-3p靶基因预测及转录组分析结果。最后分析BLV-miR-B4-3p对人淋巴细胞免疫相关细胞因子（Th1型细胞因子、Th2型细胞因子和增殖活化细胞因子）转录水平的影响。试验结果如下:BLV编码的10种miRNA经预测后分别获得1 630—16 383个靶基因不等。对评分前十的共计88个候选靶基因进行功能分析后发现,其中18个基因无相关功能报道;36个候选靶基因与肿瘤性疾病的发生发展存在相关性。2个候选靶基因可以对细胞周期起调控作用;16个候选靶基因参与细胞信号转导的调控;14个候选靶基因在细胞结构/骨架蛋白的形成中发挥作用;13个候选靶基因对细胞的增殖和凋亡起调节作用,2个候选靶基因对细胞分化起调节作用;16个候选靶基因对细胞的迁移/侵袭功能起调节作用,再次提示BLV-miRNAs与肿瘤性疾病可能存在更重要的关联性。可以被多个BLV-miRNAs共同靶向的候选靶基因均属于黏蛋白家族（MUC5B、MUC12和MUC16）,且均可以在结肠中表达,对结肠黏膜形成产生影响。7个候选靶基因可能在乳腺细胞的分化、迁移、侵袭过程中发挥重要作用,提示BLV与人乳腺癌相关性的研究中,可以从BLV-miRNAs的角度深入探讨。BLV-miR-B4-3p的候选靶基因Ⅰ型胶原α1链基因（COL1A1）、断裂点簇集区（BCR）对人急性淋巴细胞白血病（ALL）具有调节作用。转录组测序分析结果显示,BLV-miR-B4-3p进入淋巴细胞后,共获得差异表达基因556个。GO富集和KEGG分析结果显示BLV-miR-B4-3p可以单独激活甲型流感病毒感染通路、麻疹感染通路、EB病毒感染通路、单纯疱疹病毒感染通路、代谢通路、toll样受体信号通路等信号通路,最终对机体的免疫系统进程、应激反应、对有机物的反应、防御反应、免疫应答等生物进程造成影响。BLV-miR-B4-3p进入淋巴细胞后,会导致淋巴细胞免疫功能异常,包括Th1型细胞因子中TNF-α的m RNA表达呈显着升高（P<0.05）,Th2细胞因子中IL-10的m RNA表达呈显着下降（P<0.05）,IL-27的mRNA表达呈显着上升（P<0.001）,不影响淋巴细胞增殖活化相关调节因子的m RNA表达量,肿瘤抑制因子BRCA1、抗菌肽CAMP呈显着降低趋势（P<0.001）,促凋亡因子Caspase9表达量呈显着下降趋势（P<0.05）。综上所述,BLV-miRNAs具有跨界调控人类细胞结构及肿瘤疾病相关基因表达的风险;BLV-miR-B4-3p可以激活人淋巴细胞中的多个病毒感染通路,并导致细胞因子转录异常,影响机体免疫功能。
蔡曌[3]（2021）在《1、DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究 2、EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义》文中研究指明这一博士学位课题由相对独立的两部分研究工作构成。第一章DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究膀胱癌的高复发率为患者带来了长期的身体和经济负担。目前对于膀胱癌的诊断已有多种基于不同技术平台的生物标志物,然而,对于患者复发风险的评估和预测还较少有相关标志物的报道。尽管在膀胱癌肿瘤的发生发展过程中存在大量基因组序列的改变,但目前对于膀胱癌肿瘤预后风险评估还尚未有获得广泛认可的生物标志物可供临床使用。本项研究旨在膀胱癌组织和尿液中探索与膀胱癌患者预后相关的分子标志物,评估其在患者预后评估中的临床应用价值。本实验室前期工作中对65例膀胱癌肿瘤组织DNA进行了基于芯片的比较基因组杂交实验,发现并通过real-time PCR验证了在膀胱癌组织中高频出现的5个高频拷贝数变异的基因CEP63、FOSL2、GHR、PAQR6、ZFAND3。本项研究对候选的5个拷贝数高频变异的基因在219例于中国医学科学院肿瘤医院初治的膀胱癌患者手术切除的新鲜肿瘤组织样本和123例初治膀胱癌患者术前尿沉渣脱落细胞样本中的拷贝数变异与患者临床特征的相关性进行了进一步分析。为分析候选拷贝数变异与患者预后的相关性,研究中对所有入组患者均开展了术后随访,获得其无瘤生存期。研究应用Kaplan-Meier生存曲线、Cox风险比例回归、Logestic线性回归分析候选拷贝数变异与患者肿瘤复发风险的关系,并分别对非肌层浸润性和肌层浸润性膀胱癌构建了预后预测模型。为提高在尿液中检测拷贝数变异的准确性,研究中采用了高灵敏的3D数字PCR技术,并运用受试者工作特征曲线（receiver operating characteristic curve,ROC 曲线）比较了 real-time PCR 与 3D 数字PCR在尿沉渣脱落细胞中对拷贝数变异基因的检测效能,建立了尿样本中膀胱癌的诊断模型。在5个候选拷贝数变异的基因中,CEP63（p<0.01）、FOSL2（p<0.01）、PAQR6（p<0.01）在219例肿瘤组织中相比于健康人外周血白细胞中的基因拷贝数显着增加。CEP63（p<0.01）和FOSL2（p<0.01）的拷贝数在肌层浸润性膀胱癌肿瘤组织中显着高于非肌层浸润性膀胱癌肿瘤组织。CEP63（p<0.01）和FOSL2（p=0.047）的拷贝数在高级别肿瘤中显着高于低级别肿瘤。在发生淋巴结转移患者的肿瘤组织中CEP63的拷贝数显着增加（p<0.01）。研究中对所有病例进行了随访,随访时间为3个月至188个月,中位随访时间为61个月。所有入组患者的5年无瘤生存率为48.3%;10年无瘤生存率为22.7%。基于219例肿瘤组织中CEP63、FOSL2、PAQR6的拷贝数变异,分别对非肌层浸润性膀胱癌患者和肌层浸润性膀胱癌患者进行生存分析,发现CEP63和FOSL2的拷贝数增加是非肌层浸润性膀胱癌的独立预后因素（p<0.05）。FOSL2和PAQR6的拷贝数增加是肌层浸润性膀胱癌的独立预后因素（p<0.05）。基于CEP63、FOSL2的拷贝数变异构建非肌层浸润性膀胱癌的肿瘤复发预测模型计算预后指数（Prognostic Index,PI）,预测模型为PI=1.5095×CEP63+1.47123×FOSL2,结果显示,预后指数高的非肌层浸润性膀胱癌患者肿瘤复发风险是预后指数低的患者的3.434倍（p=0.0003）。基于FOSL2和PAQR6拷贝数变异,构建肌层浸润性膀胱癌的肿瘤复发预测模型计算预后指数,预测模型为PI=2.0440×FOSL2+2.2079×PAQR6,结果显示预后指数高的肌层浸润性膀胱癌患者发生肿瘤复发的风险是预后指数低的患者的5.443倍（p=0.0001）。对于基于传统危险分层中的高风险非肌层浸润性膀胱癌患者,生存分析结果显示,预后指数高的患者无瘤生存期更短（p=0.00056）。在膀胱癌患者尿沉渣脱落细胞中CEP63（p=0.036）与FOSL2（p<0.01）的拷贝数相比于正常对照尿沉渣脱落细胞样本显着增加。应用3D数字PCR检测,发现肌层浸润性膀胱癌尿沉渣脱落细胞样本中CEP63（p<0.01）与FOSL2（p=0.046）的拷贝数显着高于非肌层浸润性膀胱癌样本,CEP63的拷贝数在发生淋巴结转移的膀胱癌患者中显着增加（p=0.042）。生存分析结果显示非肌层浸润性膀胱癌患者尿沉渣脱落细胞中CEP63的拷贝数增加（p<0.01）或FOSL2的拷贝数增加（p=0.018）预示着更大的肿瘤复发风险。基于尿样本中CEP63、FOSL2的拷贝数变异在训练集（n=41）中构建非肌层浸润性膀胱癌12个月内发生肿瘤复发的预测模型并在验证集（n=41）中进行验证,预测模型为PIL=-2.679+2.083×CEP63+1.827×FOSL2,结果显示,预后指数高的非肌层浸润性膀胱癌患者12个月内发生肿瘤复发的风险是预后指数低的患者的6.612倍（p=0.002）。ROC曲线分析结果显示3D数字PCR检测尿沉渣脱落细胞样本中CEP63和FOSL2拷贝数变异的曲线下面积分别为0.848和0.803,灵敏度分别为0.750和0.650,阴性预测值分别为0.786和0.708。而real-time PCR检测CEP63和FOSL2拷贝数变异的曲线下面积分别为0.601和0.685,灵敏度分别为0.475和0.425,阴性预测值分别为0.644和0.646。进一步基于3D数字PCR联合尿样本中CEP63与 FOSL2 的拷贝数变异构建膀胱癌患者诊断型:L=-1.817+2.267×CEP63+2.695×FOSL2,该模型的 ROC 曲线下面积为 0.858,灵敏度为85.0%,阴性预测值为83.8%。本项研究发现CEP63、FOSL2、PAQR6在膀胱癌中拷贝数增加,前两者与膀胱癌肿瘤的分期和病理分级显着相关。CEP63、FOSL2的拷贝数变异能够对非肌层浸润性膀胱癌患者的肿瘤复发风险进行评估和预测,FOSL2、PAQR6的拷贝数变异可应用于肌层浸润性膀胱癌患者肿瘤复发的预测。在膀胱癌患者尿样本中CEP63、FOSL2的拷贝数显着增加,并与肿瘤分期相关。尿样本中CEP63和FOSL2拷贝数增加的非肌层浸润性膀胱癌患者1年内发生肿瘤复发风险更高。研究中应用的3D数字PCR相比于real-time PCR检测效能更高,基于3D数字PCR的尿样本诊断模型能够较好的区分膀胱癌与正常人,为未来膀胱癌尿液检测提供了新途径。第二章EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）属于疱疹病毒科γ亚科,是双链DNA病毒。EB病毒是人类普遍且长期感染的病毒。在世界人口中大约有95%存在终生的无症状感染。EB病毒参与了人类多种恶性肿瘤的形成,包括Burkitt’s淋巴瘤、鼻咽癌、霍奇金氏淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤、胃癌等。EB病毒的发现距今已有50余年,但病毒的致癌机制目前仍然尚未清楚。miRNA是基因表达转录后调控的重要因子,在多种复杂的细胞生物学进程,例如细胞发育和分化中扮演着十分重要的作用。越来越多的研究发现某些特定miRNA的负调控作用能够引起多种器官的癌变发生。EB病毒是第一个发现的能够编码miRNA的病毒,已有研究发现部分EB病毒编码的miRNA能够调控宿主基因的表达。但对于其他EB病毒编码的miRNA在癌变过程中的作用机制目前还尚未完全了解。本项研究旨在通过miRNA表达谱芯片和转录组测序分析,构建EB病毒相关上皮性恶性肿瘤即EB病毒相关胃癌和鼻咽癌中病毒miRNA的表达谱,分析病毒miRNA在宿主细胞中对宿主基因表达的调控作用,进而探索病毒miRNA对宿主细胞生物学功能的影响,以及在癌变发生和发展过程中所起到的作用。EB病毒相关胃癌在亚洲胃癌患者中约占6%,需要通过EBER原位杂交检测证实肿瘤组织中存在EB病毒的感染,由于EBER原位杂交尚未作为胃癌患者的常规病理检测项目,受到样本收集难度的限制,以及RNA较容易降解的特性,目前国内还尚未有基于EB病毒相关胃癌新鲜组织的转录组测序分析研究。在本项研究中,我们对8例EB病毒相关胃癌新鲜冻存组织、2株EB病毒相关胃癌细胞系SNU719、YCCEL1和2株EB病毒阴性胃癌细胞系AGS、HGC27进行了miRNA表达谱芯片和转录组测序分析宿主基因、宿主miRNA和EB病毒miRNA的表达情况。通过生物信息学分析,联合公共数据库中38例EB病毒相关胃癌的基因表达数据,探索EB病毒miRNA与宿主miRNA以及宿主基因的关系。为验证数据分析结果,进一步对筛选出的病毒miRNA进行体外细胞功能实验,探索其对胃癌细胞增殖能力、细胞周期以及细胞迁移能力的影响。为了解筛选出的在EB病毒相关胃癌中能够显着影响细胞生物学功能的病毒miRNA在另一种EB病毒相关上皮性恶性肿瘤即鼻咽癌中的作用。我们对33例鼻咽癌新鲜冻存组织进行了转录组测序。并通过体外细胞功能实验探索候选病毒miRNA在鼻咽癌细胞中对细胞增殖能力、细胞周期以及细胞迁移能力的调控作用。在本项研究中,我们通过对miRNA表达谱芯片和转录组测序数据分析获得了 EB病毒相关胃癌中病毒miRNA的表达谱,筛选出在肿瘤组织和EB病毒相关胃癌细胞系中均高表达的4个病毒miRNA。对其进行靶基因预测,我们发现在EB病毒相关胃癌中高表达的4个病毒miRNA靶基因主要富集于细胞迁移、细胞周期调控、细胞间信号转导和DNA复制等重要生物学功能上。而对于肿瘤组织和EB病毒相关胃癌细胞系中宿主miRNA的差异表达分析水平的分析发现,4个宿主miRNA在肿瘤组织与细胞系中的表达水平与EB病毒miRNA的表达成正相关关系,相关系数大于等于0.9。进一步分析这4个宿主miRNA与EB病毒miRNA的序列,发现 EB 病毒 miRNA miR-BARTl-3p 与宿主 miRNA hsa-miR-29a-3p 具有相同的5’端种子区序列;而miR-BART7-3p则与宿主miRNA hsa-miR-154-3p具有相同的5’端种子区序列。由此推测上述病毒miRNA与宿主miRNA的调控功能具有一定的相似性。为进一步探索“EB病毒miRNA-宿主miRNA”关系对中的病毒miRNA与宿主miRNA是否协同作用共同参与调控细胞生物学功能。首先联合TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库中转录组数据和 GEO（Gene Expression Omnibus）数据库中表达谱芯片数据,以及本项研究中的转录组测序数据,分析共计46例EB病毒相关胃癌中肿瘤与癌旁组织的差异宿主基因,结合在EB病毒相关胃癌相比于EB病毒阴性胃癌细胞中差异的宿主基因,以此对“EB病毒miRNA-宿主miRNA”关系对中的病毒miRNA与宿主miRNA的交集靶基因进行筛选,结果显示,在EB病毒相关胃癌肿瘤组织中差异表达,并与EB病毒感染相关的宿主靶基因,其信号通路主要富集于涉及细胞生长、迁移、分化等重要功能的2个信号通路。说明候选的病毒miRNA可能与其相关的宿主miRNA共同参与到对细胞生长、迁移等重要功能的调控中。进一步的体外细胞功能实验也表明了miR-BART1-3p和miR-BART7-3p能够抑制胃癌细胞的增殖和迁移,对细胞的生长起负向调控作用。此外,在另一种EB病毒相关上皮性恶性肿瘤,鼻咽癌中,我们也构建了 EB病毒miRNA的表达谱,与EB病毒相关胃癌不同的是,miR-BART1-3p在鼻咽癌中的表达水平较低而miR-BART7-3p在鼻咽癌中的表达水平也仅处于中等。但通过体外细胞功能实验,我们发现miR-BART7-3p在鼻咽癌细胞中,仍具有对细胞增殖和迁移功能的抑制作用。在上述研究中,我们构建了 EB病毒相关胃癌和鼻咽癌中病毒miRNA的表达谱。通过生物信息学分析获得了具有相同种子区序列的病毒和宿主miRNA,两者共同参与了涉及细胞增殖、迁移、分化等重要生物学功能的信号通路调控。体外细胞实验结果表明了病毒miRNA对于胃癌和鼻咽癌细胞在增殖、细胞周期和细胞迁移能力的抑制作用。本项研究对病毒miRNA miR-BART1-3p和miR-BART7-3p在胃癌细胞中的作用及其可能的机制进行探索,发现了miR-BART7-3p在两种EB病毒相关恶性肿瘤中具有相似的生物学功能,研究从新的视角提供了 EB病毒影响肿瘤进展的可能机制,有助于促进对于上皮性恶性肿瘤中EB病毒感染在癌变中作用的理解。
王晓雨[4]（2021）在《肾组织中与狼疮性肾炎相关的失调基因生物信息学分析鉴定》文中研究说明目的:狼疮性肾炎（Lupus nephritis,LN）是一种由免疫介导的复杂的器官炎症,其发病机制仍不明确。本文利用GEO（Gene Expression Omnibus）数据库对LN患者肾小球组织的全基因转录数据进行生物信息学分析,挖掘与LN相关的基因、信号途径及转录因子,为今后对LN的研究奠定分子学基础。方法:1、在GEO数据库中联合GSE99339、GSE32591数据集进行LN相关差异基因表达分析和交集分析。2、使用Metascape工具对LN特异表达基因进行GO注释及和KEGG富集分析。3、使用STRING数据库识别LN特异基因的蛋白质相互作用并使用Cytoscape MCODE插件进行关键基因模块的筛选。4、通过KEGG,Reactome,HALLMARK信号途径数据库对LN特异基因进行富集分析,筛选出关键信号途径。5、使用TRUUST数据库寻找调控关键信号途径的转录因子。结果:1、LN组与正常对照组和其他肾病对照组相比,存在不同数量的差异表达基因,交集得到32个差异表达基因。32个基因在LN组中显着上调,在对照组中显着下调,作为LN特异性表达基因。2、LN特异表达基因主要富集在干扰素相关途径和丙型肝炎,甲型流感,麻疹,EB病毒感染等多种病毒感染过程中。3、Cytoscape MCODE插件在LN特异表达基因的蛋白质互相作用网络中,筛选出1个关键基因模块4、关键基因模块的基因显着富集在干扰素α,β及γ途径。5、TRUUST数据库显示STAT1,IRF1为3条信号途径的关键转录因子。结论:1、和其他对照组相比,LN组患者的肾组织中存在32个明显上调的差异表达基因。2、LN特异表达基因主要富集在多种病毒感染过程中,病毒感染和LN之间可能存在特定的联系。3、LN特异表达基因富集到的关键信号途径为干扰素α,β及γ途径。4、STAT1,IRF1为干扰素信号途径的关键转录因子,针对STAT1,IRF1的调控或可成为LN治疗的新靶点。
王强[5]（2021）在《TCGA和ACRG分型在河北省胃癌人群中应用价值的研究》文中研究表明胃癌（gastric cancer,GC）是源于胃的恶性肿瘤,是全世界最常见的恶性肿瘤之一,也是癌症相关死亡主要原因。胃癌作为最常见的癌症之一,每年男性发病率为每100000人中有18例,女性发病率为每100000人中有9例。胃癌的形成机制复杂,主要涉及基因修复功能异常、细胞生长、死亡和凋亡基因的功能紊乱等,相关研究发现不同类型的胃癌存在不同发展机制、检测标记物、临床病理特征。为了明确胃癌的发展机制,为胃癌的治疗提供新的证据和方向,改善患者预后,研究胃癌分类的相关分子机制至关重要。TCGA分型和ACRG分型是近些年学者们提出的新的胃癌相关的分子分型方法,该分型方法的提出可以弥补传统病理分型的不足,为胃癌个体化治疗奠定基础。TCGA分型主要来源于欧洲人群,而ACRG分型来源于亚洲人群,主要来自日本和韩国,这两种分型在基因扩增、基因突变、临床特征、预后等各个方面均有显着的研究价值,对于临床的精准个体化治疗有重要意义。然而,TCGA分型和ACRG分型在河北省人群中的临床特征及其与临床参数和预后的关系尚不清楚。本研究旨在通过使用免疫组织化学（IHC）和二代测序（NGS）进行肿瘤分型,探讨两种分型方法和胃癌的临床病理特征、预后的关系,并通过大数据深入挖掘研究胃癌发生发展的分子机制,为胃癌研究提供新的方向和实验理论。第一部分 ACRG分型在河北省胃癌人群中的临床特征及预后意义目的:研究ACRG分型在GC组织中的表达情况,探讨胃癌分子分型、临床病理特征与预后的关系。进一步明确ACRG分型是否适用于河北人群,探讨ACRG分型对预后的影响。方法:1.采用免疫组化染色法检测65例患者GC组织中MDM2,P21,E-钙粘蛋白和波形蛋白表达水平。2.分析相关蛋白的表达水平与GC患者临床病理特征的相关性。结果:1.IHC染色显示MLH1,MDM2和P21蛋白主要位于细胞核中,而E-钙粘蛋白和波形蛋白则主要在肿瘤细胞的细胞质和膜中表达。2.不同年龄段（≤60岁和>60岁）胃癌病人的MLH1和MDM2表达水平有统计学差异（P<0.05）。3.E-钙粘蛋白和波形蛋白在不同位置的表达水平有统计学差异（P<0.05）。4.四种ACRG分子分型的GC患者在性别、年龄、肿瘤位置、Lauren分型或术后辅助治疗类型上均无明显差异（P>0.05）。5.MSS/TP53+胃癌在胃食管结合部（EGJ）（10.3%）显示出低频率,而大多数MSS/TP53-胃癌存在于远端胃（41.7%）。6.MSS/EMT GC患者倾向为弥漫型（53.8%）,而MSS/TP53-GC患者为肠型（57.1%;MSS/TP53-GC患者倾向于肠型）。7.MSI与MSS/EMT预后明显不同（P<0.001）,MSS/EMT与MSS/TP53-预后明显不同（P<0.001）。MSS/EMT预后最差,其次为MSS/TP53-、MSS/TP53+、MSI。8.ACRG分子分型（P=0.045）、Lauren分型（P=0.001）和辅助治疗（P=0.013）与GC的总生存率（OS）相关。小结:1.MLH1和MDM2蛋白与年龄显着相关。2.E-钙粘蛋白和波形蛋白与肿瘤的位置显着相关。3.MSS/EMT胃癌患者倾向为弥漫型,而MSS/TP53-胃癌患者则倾向为肠型。大多数MSS/TP53-胃癌存在于远端胃。4.在所有ACRG分型中,MSI的OS最好,复发率最低。第二部分 TCGA分型在河北省胃癌人群中的临床特征及预后意义目的:采用二代测序对胃癌进行综合分析,根据TCGA分型对65例胃癌患者进行分类。探讨胃癌分子分型、临床病理特征与预后的关系。进一步明确TCGA分型是否适用于河北人群,评价TCGA胃癌分子分型对预后的影响。方法:1.采用二代测序方法对65例患者GC组织的基因突变进行筛选和注释。2.应用相关统计学分析TCGA与GC患者OS之间的关系。结果:1.NGS测序结果显示在65例GC病例中,EBV+为6例（9.2%）,MSI为15例（23.1%）,GS为14例（21.5%）,CIN为30例（46.2%）2.MSI在女性中更为常见（53.3%）,而EBV+在男性中更为常见（83.3%）。3.65例胃癌中,TP53的突变率为80.0%,扩增百分比CCNE1为20.0%4.弥漫型、GS分子、MSS/EMT和接受XELOX辅助化疗患者的预后最差。5.Kaplan-Meier图显示多基因突变患者的预后较差。单变量和多变量分析表明TP53突变的患者（危险比=4.193,95%置信区间=1.260-13.945）的预后较差。小结:1.MSI和EBV+发生的概率有性别差异;2.GS和MSI在不同的年龄段发生概率有差异;3.CIN胃癌在胃食管连接处更为常见;4.弥漫型、GS分子、MSS/EMT和接受XELOX辅助化疗的患者的预后最差;5.突变率最高的基因是TP53,扩增百分比最高的是CCNE1;6.多基因突变患者的预后较差;7.TP53突变是GC的独立预后指标。第三部分 ACRG亚型MSI和EMT存在预后差异的分子机制探索目的:利用来自NCBI的基因表达数据库（GEO）、癌症基因组的大型公共数据集数据库（TCGA）研究ACRG分型的生物信息分析,并探讨其在胃癌中的临床意义,对MSI和EMT突变频率进行分析,探讨MSI和EMT相关的差异表达基因,并进行GO富集分析和KEGG分析,对MSI和EMT相关基因和通路进行分类。从基因层面探讨MSI和EMT型胃癌的影响因素。方法:1.利用TCGA数据库和来源于NCBI的GEO数据库中的数据,分析比较TCGA数据库与GSE62254数据集中MSI和EMT表达水平的差异,探讨GC患者预后。2.对MSI和EMT相关的差异表达基因进行GO富集分析和KEGG分析。3.单变量Cox风险回归分析来探讨差异基因与胃癌患者预后的关系。结果:1.对GSE62254胃癌数据集和TCGA数据库的综合分析显示,EMT阳性与不良总体存活显着相关,且MSI的总体生存显着优于EMT。2.MSI的突变频率明显高于EMT。3.8个基因与胃癌患者EMT和MSI分型显着相关,分别是THBS4、CPE、RSPO3、APOD、CRISPLD1、GHR、SFRP4、NAP1L3。4.THBS4、CPE、RSPO3、APOD、CRISPLD1、GHR、SFRP4、NAP1L3在EMT患者中表达量显着高于MSI,且有统计学差异。小结:1.MSI的突变频率明显高于EMT;2.MSI患者的总体生存显着优于EMT;3.通过生物信息学分析发现THBS4、CPE、RSPO3、APOD、CRISPLD1、GHR、SFRP4、NAP1L3与胃癌患者的分类及预后显着相关;4.THBS4、CPE、RSPO3、APOD、CRISPLD1、GHR、SFRP4、NAP1L3在EMT患者中表达量显着高于MSI,且有统计学差异。
李红玉[6]（2021）在《HLA-DPB1和EB病毒gp42蛋白的结合方式与新疆地区霍奇金淋巴瘤发病的相关性研究》文中认为研究目的:为了探索EB病毒与新疆地区霍奇金淋巴瘤的发病的相关性,了解新疆地区霍奇金淋巴瘤患者的临床现状,在已筛选出新疆地区人群与霍奇金淋巴瘤相关HLA-DPB1分型的基础上,进一步检测新疆地区健康人群HLA-DPB1亚型与霍奇金淋巴瘤HLA-DPB1亚型与EB病毒gp42的的结合方式、结合力的大小及差异。研究方法:1)我们使用慢病毒感染的方式,对T1细胞进行HLA-DPB1亚型的慢病毒感染,构建HLA-DPB1重组载体;2)使用免疫荧光标记的方法标记gp42蛋白,探索不同浓度下,gp42蛋白与HLA-DPB1重组载体的结合效率,获取最佳的gp42蛋白的结合浓度;3)使用流式细胞术检测HLA-DP+gp42+双阳性细胞,计算HLA-DPB1亚型与gp42蛋白亲和力大小及差异;4)我们使用分子动力学模拟的方式模拟gp42蛋白和HLA-DPB1亚型的结合,获取两者的结合方式、结合形态及所形成复合物的基本属性;5)回顾性分析在2016年1月1日至2020年9月1日期间初次就诊于新疆肿瘤医院的霍奇金淋巴瘤患者105例,收集该患者的临床特征,结合实验室检查结果及病理组织学检测,利用SPSS16.0软件进行统计学分析,探讨EB病毒感染者与非EB病毒感染者之间的临床特征及病理学特征的差异;6)分别选取EB病毒阳性霍奇金淋巴瘤患者15例及淋巴结反应性增生的患者10例,检测两组患者的CD3、CD4、CD8、PD1、PDL-1、HLA-DPB1、LMP1、CD30等分子的表达,对比免疫功能及表达产物的差异。研究结果:1)T1细胞进行慢病毒感染的最佳条件是选择B2助感染液、MOI=100、感染时间为72小时,在此基础上成功构建LV-DPB1-H组和LV-DPB1-HL组质粒载体;2)探索出gp42蛋白的最佳结合浓度,即gp42蛋白在80μg浓度时,HLA-DPB1与gp42的结合效率最高;3)HLA-DPB1的B链与gp42的A链通过氢键结合形成一个复合物,该复合物属亲水类蛋白,Resolution为3.25;4)LV-DPB1-HL组的HLA-DP+gp42+的双阳性率明显高与LV-DPB1-H组（29.467±2.108vs 15.867±0.929）,差异具有统计学意义;5)收集了105例霍奇金淋巴瘤患者的临床资料及病理特征并进行统计学分析,单因素分析结果显示:性别（P=0.007<0.1）、年龄（P=0.000<0.1）,Ann Arbor分期（P=0.088<0.1）、病理分型（P=0.000<0.1）是影响EB病毒阳性预后的因素;经多因素COX回归分析结果显示:年龄是影响EB病毒阳性霍奇金淋巴瘤预后的独立因素（P=0.000<0.05,HR:1.026,95%CI:1.014～1.042）;6)通过对15例EB病毒阳性霍奇金淋巴瘤患者及10例淋巴结反应性增生患者的免疫功能及表达产物分析,EB病毒阳性霍奇金淋巴瘤患者中LMP1、CD30、PDL1的表达量均高于EB病毒阳性淋巴结反应性增生患者,提示LMP1、CD30、PDL1与EB病毒阳性霍奇金淋巴瘤患者的发病机制存在相关性;与对照组相比,CD4+T细胞在病例组中的表达比例升高,差异有统计学意义;CD8+T细胞在病例组中的表达比例降低,差异有统计学意义;HLA-DPB1的表达量在病例组vs对照组的比例降低,差异有统计学意义。研究结论:EB病毒的gp42蛋白可以与人类白细胞抗原HLA-DPB1在细胞表面相结合,在gp42蛋白的浓度达到80μg时,两个蛋白可以达到较高的结合效率,共同结合后可以在细胞内作用,导致人体的免疫抑制作用发生改变,共同参与到霍奇金淋巴瘤的发病过程中。在EB病毒阳性霍奇金淋巴瘤组中,性别、部位、EBV-DNA复制、Ann Arbor分期、病理组织分型、初始治疗方案与EB病毒感染患者的预后无相关性,但年龄、血液EB病毒检测是影响EB病毒感染患者预后的独立预后因素,且EB病毒感染后,霍奇金淋巴瘤的免疫功能及免疫产物较淋巴结反应性增生均发生变化。因此,我们也许可以通过降低gp42浓度,即降低EB病毒的感染率来降低霍奇金淋巴瘤的发病;另一方面,根据分子动力学模拟的结果:我们可以通过断裂氢键、阻止亲水性结合等方式阻止疾病的发生,这些数据可能为后期霍奇金淋巴瘤的治疗方式及疫苗研究提供一定的参考价值。
李晓晶[7]（2020）在《缺硒通过LncRNA TCONS18040481/miR-7b调控TNFR1诱导鸡肝细胞程序性坏死的研究》文中研究表明硒是一种机体必需微量元素,许多健康问题都与硒摄入不足相关,如克山病、大骨节病、肿瘤、糖尿病、高血压以及免疫、生殖功能障碍等。在畜禽养殖中,禽类的缺硒病主要表现为白肌病、渗出性素质,一般会伴有神经症状,并且生长缓慢、产蛋率下降。肝脏作为缺硒性疾病的主要靶器官之一,缺硒会造成肝脏坏死性病变。转录组分析旨在通过捕获编码和非编码RNA（nc RNA）,量化细胞、组织、器官乃至整个机体内的基因表达差异性,为探索对农业和人类医学重要的定性和定量表型的调控途径和遗传网络提供了基础。Micro RNA（miRNA）作为一种nc RNA,可以通过靶向调节其目的基因转录后表达,介导体内多种生物反应,在各类疾病的发生中发挥重要调控作用。近年来研究发现miRNA的表达水平也响应于机体的硒水平,参与缺硒造成的多种组织损伤。长链非编码RNA（lncRNA）可在细胞质中与miRNA结合,作为竞争性内源RNA（ce RNA）调控miRNA及其靶基因,发挥生物学功能。目前还未有报道阐明lncRNA是否参与缺硒诱导的肝损伤。本研究以肉鸡为研究对象,通过饲喂硒含量为0.008 mg/kg的缺硒日粮,建立鸡缺硒性肝坏死模型,应用H&E染色、转录组学检测技术、实时荧光定量PCR、免疫印记、生物信息学等方法,检测肝脏组织形态学变化、mRNA/lncRNA/miRNA表达谱、程序性坏死相关信号转导通路基因表达,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络并验证,随后在体外鸡LMH细胞中敲低和/或过表达筛选出的特定lncRNA和miRNA,通过流式细胞术、免疫荧光等方法,分析并验证lncRNA/miRNA途径对靶基因及其下游通路的调控,以及对程序性坏死发生的影响。本试验旨在探究缺硒引起鸡肝损伤的发病机制,明确构建的ce RNA调控网络在程序性坏死的作用。主要研究结果如下:（1）病理组织学结果显示,饲喂低硒日粮后,鸡肝脏组织中肝索紊乱,肝细胞形态不规整,胞核浓缩,肝细胞坏死,表明缺硒诱导鸡肝脏组织坏死性病变。（2）缺硒引起鸡肝脏组织中390个mRNAs表达上调,245个mRNAs表达下调,40个lncRNAs表达上调,49个lncRNAs以及5个miRNAs表达下调（log2 fold change>0.585或<-0.585,FDR<0.05）,富集分析发现代谢和氧化还原过程受严重影响。（3）生物信息学发现lncRNA Tcons＿18040481/miR-7b/TNFR1之间存在潜在互作关系,双荧光素酶报告基因试验证实了miR-7b能够靶向Tcons＿18040481和TNFR1的3’UTR,并抑制其表达。胞质、胞核定位显示Tcons＿18040481主要位于细胞质内。在缺硒鸡肝脏中,Tcons＿18040481和TNFR1表达上调,而miR-7b的表达下降。此外,在LMH细胞中过表达或敲低miR-7b能够分别抑制或增加TNFR1的mRNA和蛋白水平。过表达Tcons＿18040481降低LMH细胞中的miR-7b表达,而增加TNFR1的蛋白水平和mRNA水平;相应地,敲低Tcons＿18040481提高了miR-7b水平,抑制TNFR1的表达。表明了Tcons＿18040481能够作为miR-7b的分子海绵调控miR-7b及靶基因TNFR1的表达。（4）对缺硒鸡肝脏的蛋白检测显示TNFα和TNFR1以及经典程序性坏死途径中RIP1、RIP3和MLKL的蛋白表达水平均上调,caspase 8蛋白表达下降,表明缺硒引起鸡肝脏细胞程序性坏死发生。在体外LMH细胞中,miR-7b抑制导致细胞坏死水平增加,RIP1、RIP3和MLKL表达升高,其可被Nec-1处理所缓解,表明miR-7b低表达造成鸡肝细胞RIP依赖性程序性坏死。在miR-7b抑制的同时用si RNA敲低TNFR1,发现TNFR1抑制能够缓解miR-7b低表达造成的细胞程序性坏死。结合miR-7b与TNFR1之间的靶向调控关系,表明miR-7b低表达通过释放TNFR1而造成细胞程序性坏死的发生。另外,过表达miR-7b缓解了z VAD-fmk和TNFα处理造成的LMH细胞程序性坏死,表明miR-7b通过抑制TNFR1阻断程序性坏死激活剂造成的程序性坏死。对Tcons＿18040481的探究发现,Tcons＿18040481过表达能够造成LMH细胞程序性坏死的发生,其可被Nec-1和TNFR1抑制所缓解。上述的结果表明Tcons＿18040481作为miR-7b的ce RNA增加TNFR1表达,参与缺硒造成的肝细胞程序性坏死。（5）缺硒诱导鸡肝脏组织中TNFα、TNFR1、IKKα/β、IκBα和NF-κB的蛋白表达水平升高。体外试验的结果显示TCONS＿18040481过表达和miR-7b抑制增加IKKα/β、IκBα和NF-κB的蛋白表达,促炎细胞因子i NOS、COX-2、PGE和TNFα的mRNA表达也随之增加,表明TCONS＿18040481/miR-7b信号激活NF-κB途径。并且抑制TNFR1能够缓解TCONS＿18040481过表达和miR-7b抑制造成的NF-κB和TNFα蛋白表达的上调。表明在缺硒鸡肝脏中,TCONS＿18040481/miR-7b增加TNFR1的表达,激活NF-κB通路。（6）在体外LMH细胞中,抗氧化剂NAC处理逆转了miR-7b抑制和TCONS＿18040481过表达诱导的鸡肝细胞程序性坏死,即氧化应激促成TCONS＿18040481/miR-7b诱导的程序性坏死。miR-7b抑制和TCONS＿18040481过表达导致H2O2和ROS水平升高,SOD和GSH活性增加,伴随NF-κB途径激活和程序性坏死发生,这些变化都可以被抗氧化剂NAC或程序性坏死抑制剂Nec-1所抑制,表明细胞内抗氧化功能增强以应对氧化应激。此外,NAC处理逆转了miR-7b抑制诱导的NF-κB和TNFα的激活,表明TCONS＿18040481/miR-7b引起的氧化应激和炎症应答相互促进。结合转录组学中,在鸡肝脏中,氧化还原过程受到影响的结果,表明TCONS＿18040481/miR-7b也参与缺硒引起的氧化应激。这些结果表明,在缺硒鸡肝脏中,TCONS＿18040481/miR-7b增加TNFR1的表达进而引起氧化应激,造成鸡肝细胞程序性坏死。综上所述,缺硒引起鸡肝脏组织坏死性病变,细胞发生RIP依赖性程序性坏死,诱导635个mRNAs、5个miRNAs和89个lncRNAs差异表达。TNFR1为miR-7b的靶基因,TCONS＿18040481能够结合miR-7b而调控TNFR1表达。进一步研究证实,缺硒导致鸡肝脏中TCONS＿18040481表达增加,其通过抑制miR-7b表达,使其释放TNFR1从而激活NF-κB信号,并引起氧化应激,造成鸡肝细胞程序性坏死的发生。以上结果表明缺硒调节lncRNA TCONS＿18040481/miR-7b/TNFR1途径激活NF-κB/ROS信号通路诱导鸡肝细胞程序性坏死。本研究结果为进一步的相关研究提供参考,为程序性坏死诱导的肝损伤提供可能的预防和治疗策略,同时为畜禽健康养殖提供决策依据。
韩艳艳[8]（2020）在《PIK3CA基因在鼻咽癌发生发展及放疗抵抗中的作用机制研究》文中指出目的:分析PIK3CA基因在鼻咽癌组织中表达差异及表观遗传学甲基化水平,阐述鼻咽癌组织中PIK3CA表达与鼻咽癌临床恶性表型、预后的关系;探讨PIK3CA表达模式对于鼻咽癌细胞增殖、迁移、侵袭等生物学行为的影响。在此基础上进一步探究PIK3CA上游调控PVT1/mi R-515-5p-PIK3CA轴对鼻咽癌细胞增殖、凋亡和放疗抵抗的作用及其内在调控机制,为揭示鼻咽癌发生发展及放疗抵抗分子机制和个体化治疗靶点的筛选奠定科学基础。方法:第一部分:（1）组织水平,利用免疫组织化学SP染色法检测鼻咽癌及鼻咽正常粘膜组织标本PIK3CA表达水平差异,并分析鼻咽癌组织内PIK3CA表达水平与临床病理参数间的相关性,采用Kaplan-Meier法分析PIK3CA表达水平对鼻咽癌预后的影响;（2）体外细胞水平通过特异性si RNA转染鼻咽癌细胞下调PIK3CA表达,检测PIK3CA表达水平对鼻咽癌细胞增殖、侵袭、迁移等细胞功能的影响;（3）利用焦磷酸盐测序法检测鼻咽癌及正常鼻咽粘膜组织中PIK3CA基因启动子区甲基化水平差异。第二部分:（1）利用star Base生物信息学分析预测PIK3CA和mi R-515-5p之间的潜在靶位点,构建载有mi R-515-5p结合位点PIK3CA 3’UTR的野生型序列插入p GL3载体,采用双荧光素酶报告基因验证mi R-515-5p调控PIK3CA基因表达结合位点,并通过抗Ago2进行RIP检测并分析mi R-515-5p与PIK3CA的相互作用。（2）组织水平利用q RT-PCR法检测鼻咽癌和正常鼻咽粘膜组织中PIK3CA的m RNA表达水平,并在细胞水平采用western blot法分析PIK3CA基因在鼻咽癌细胞系及正常鼻咽粘膜细胞系中蛋白表达差异;并采用western blot法分析mi R-515-5p敲减后的NPC细胞中PIK3CA蛋白表达调控。（3）用CCK8法检测转染PIK3CA+mi R-515-5p的NPC细胞监测细胞增殖趋势。采用细胞克隆形成实验及流式细胞仪分析不同辐照剂量（0、2、4、6、8 Gy）下转染PIK3CA+mi R-515-5p的NPC细胞相较PIK3CA的存活分数及凋亡情况,并通过western blot法检测不同辐照剂量（0和8Gy）下以上两种细胞的细胞周期蛋白D1和Bax的蛋白水平,从而揭示mi R-515-5p调控PIK3CA对鼻咽癌细胞放疗抵抗水平影响。第三部分:（1）组织水平采用q RT-PCR检测NPC和正常组织中PVT1的表达及不同TNM分期的PVT1表达差异,并分析其表达与预后相关性;细胞水平采用q RT-PCR检测正常粘膜细胞系和NPC细胞系中的PVT1水平差异。（2）采用携带sh RNA的慢病毒转染敲减PVT1,通过q RT-PCR验证PVT1的敲减效率;使用CCK8法评估PVT1表达对细胞增殖水平影响。进行细胞克隆形成能力检测、细胞周期蛋白检测、流式细胞仪检测及western blot法,分析鼻咽癌细胞在不同辐照剂量（0,2,4,6,8Gy）下的存活分数、凋亡情况及细胞周期蛋白水平。（3）用star Base预测了PVT1与mi R-515-5p结合位点;采用双荧光素酶报告基因和抗Ago2法进行混合靶点阳性候选基因的单靶点验证。构建慢病毒载体,采用q RT-PCR评估NPC组织和细胞中转染mi R-515-5p和PVT1表达调控关系。（4）采用CCK8法检测转染mi R-515-5p、mi R-515-5p+PVT1的鼻咽癌细胞增殖情况,采用细胞克隆形成实验及流式细胞仪分析不同辐照剂量下（0、2、4、6、8 Gy）转染PVT1+mi R-515-5p的NPC细胞相较PIK3CA的存活分数及凋亡情况,并通过western blot法检测不同辐照剂量下（0和8 Gy）,以上两种细胞的细胞周期蛋白D1和Bax的蛋白水平,从而揭示PVI1调控mi R-515-5p对鼻咽癌细胞放疗抵抗水平影响。（5）通过western blot检测转染sh-PVT1、sh-PVT1+Anti-mi R-515-5p的鼻咽癌中PIK3CA、AKT和p-AKT的蛋白质水平,确定PVT1/mi R-515-5p-PIK3CA轴调节关系。（6）为了验证PVT1在体内的功能,通过转染sh-PVT1或sh-Control的C666-1细胞建立异种移植小鼠模型,动态监测瘤体在裸鼠皮下成瘤及生长情况,验证PVT1对鼻咽癌细胞在体内生长的影响。结果:第一部分:（1）PIK3CA蛋白在71例鼻咽癌组织中的表达率为81.69%,高于正常鼻咽粘膜组织31.25%,差异具有统计学意义;PIK3CA在鼻咽癌中的表达与鼻咽癌患者的性别、年龄、病理类型、Ki-67等均无统计学相关性,与肿瘤T分期（P=0.000）、N分期（P=0.008）及临床分期（P=0.002）有相关性,经Kaplan-Meier生存曲线分析发现PIK3CA蛋白强表达的鼻咽癌患者的生存率低于低表达及中等表达的患者（Log Rank检验结果:?2=7.995,P<0.05）;（2）敲减PIK3CA的si RNA转染鼻咽癌细胞后,MTT实验显示鼻咽癌细胞的增殖活性受抑制;细胞划痕和transwell小室实验显示,CNE1细胞的迁移和侵袭能力在敲减PIK3CA后受到了的抑制（P<0.05）。（3）焦磷酸盐测序检测PIK3CA基因启动子甲基化水平,在启动子区发现4个甲基化位点,其中3个位点鼻咽癌组甲基化水平高于正常鼻咽粘膜组织组（P<0.05）。第二部分:（1）利用star Base预测mi R-515-5p和PIK3CA之间的潜在靶位点,双荧光素酶报告基因和RIP检测证实了mi R-515-5p是通过该结合位点调控鼻咽癌细胞中PIK3CA基因的表达;使用western blot法分析其调控关系,结果显示转染mi R-515-5p的鼻咽癌细胞较正常鼻咽粘膜细胞中PIK3CA的蛋白水平下调（P<0.05）,提示mi R-515-5p在体外负性调控PIK3CA的表达。（2）CCK8法检测结果提示,转染mi R-515-5p后鼻咽癌细胞较PIK3CA组增殖下降（P<0.05）,提示mi R-515-5p逆转了PIK3CA对细胞增殖的促进作用。（3）转染mi R-515-5p后,鼻咽癌细胞随辐射量的增加细胞存活分数降低,PIK3CA组较对照组存活分数下降幅度小,差异具有统计学意义（P<0.05）,PIK3CA促进鼻咽癌细胞的放疗抵抗,mi R-515-5p的上调逆转了PIK3CA诱导的对放疗抵抗的增强作用。流式细胞仪和western blot检测结果提示,PIK3CA过表达可抑制放疗导致的NPC细胞凋亡（P<0.05）,而转染mi R-515-5p后PIK3CA抑制放射线所致的凋亡作用被消除（P<0.05）。综上所述,PIK3CA促进NPC细胞的增殖和放疗抵抗,抑制NPC细胞的凋亡,而mi R-515-5p在调节NPC细胞增殖、凋亡和放疗抵抗中与PIK3CA起着相反的作用。第三部分:（1）组织水平,与配对正常对照组织相比,NPC组织中PVT1上调,晚期（III+IV）的PVT1表达水平高于早期（P<0.05）;而细胞水平,鼻咽癌中PVT1较鼻咽上皮细胞中上调,PVT1水平越高,细胞存活率越低（P<0.05）,以上结果提示PVT1可能是鼻咽癌的癌基因,其高表达导致了NPC的预后不良。（2）通过sh-PVT1瞬时转染鼻咽癌细胞,细胞增殖CCK8试验提示鼻咽癌细胞中PVT1下调抑制NPC癌细胞的增殖;细胞克隆形成实验显示,细胞随辐照剂量（0,2,4,6,8Gy）的增高sh-PVT1组较sh-Control组存活分数下降（P<0.05）,提示敲减PVT1后明显促进NPC细胞的辐射敏感性。流式细胞仪和western blot法检测发现,不同辐照剂量（0和8 Gy）下PVT1敲减后鼻咽癌细胞凋亡率升高,sh-Control组较sh-PVT1组细胞周期蛋白D1的增加、Bax水平的下降（P<0.05）,PVT1沉默降低了细胞周期蛋白D1的水平,增加了放疗后Bax在NPC细胞中的表达。综上所述,敲减PVT1在体外抑制NPC细胞的增殖和放疗抵抗,并诱导细胞凋亡。（3）通过star Base发现mi R-515-5p载有PVT1的靶位点,双荧光素酶报告基因和RIP检测证实mi R-515-5p是PVT1的靶点。经q RT-PCR证实mi R-515-5p在体外受到NPC细胞中PVT1的负调控。（4）CCK8法检测结果提示,鼻咽癌细胞转染mi R-515-5p后增殖水平下降（P<0.05）,但转染mi R-515-5p+PVT1后的鼻咽癌细胞较mi R-515-5p组增殖增加（P<0.05）,PVT1的表达逆转mi R-515-5p对细胞增殖抑制。克隆形成实验及流式细胞仪检测同样提示,PVT1通过反向调控mi R-515-5p的作用,促进NPC细胞的增殖和放疗抵抗,抑制NPC细胞的凋亡。（5）经western blot检测发现,在鼻咽癌细胞水平,sh-PVT1组较对照组PIK3CA和p-AKT的蛋白质表达水平低（P<0.05）,PVT1的下调降低了PIK3CA和p-AKT的水平;转染sh-PVT1+Anti-Control组较sh-PVT1+Anti-mi R-515-5p组逆转了这种作用（P<0.05）。结果表明,通过与NPC细胞中mi R-515-5p相互作用,PVT1在体外诱导了AKT通路。（6）裸鼠异种移植瘤模型实验证实,敲减PVT1在体内通过与PIK3CA发生作用,抑制了肿瘤的生长。结论:（1）PIK3CA蛋白在鼻咽癌组织中高表达,并与鼻咽癌的不良预后相关,PIK3CA基因表达下调能抑制鼻咽癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力;鼻咽癌中PIK3CA存在异常甲基化,且其甲基化水平高于鼻咽正常粘膜组织。（2）mi R-515-5p在体外靶向调控PIK3CA,并负性调节PIK3CA的表达。PIK3CA促进NPC细胞的增殖及放疗抵抗,抑制了NPC细胞的凋亡,而Mi R-515-5p逆转了PIK3CA的作用。（3）PVT1在NPC组织中高表达,并与NPC的不良预后相关。mi R-515-5p是PVT1的靶点,并且在体外受到NPC细胞中PVT1的负调控。PVT1通过与mi R-515-5p相互作用,促进NPC细胞的增殖和放疗抵抗,抑制NPC细胞的凋亡。在体外PVT1通过与NPC细胞中mi R-515-5p相互作用,诱导了AKT通路,促进鼻咽癌细胞增殖和放疗抵抗。敲减PVT1在体内通过与PIK3CA发生作用,抑制了肿瘤的生长。PVT1/mi R-515-5p-PIK3CA轴能够促进肿瘤细胞增殖、侵袭和迁移,并诱导鼻咽癌细胞放疗抵抗,导致鼻咽癌预后不良,本研究为鼻咽癌的发病机制和个体化靶向治疗关键分子筛查提供了新的靶点和思路。
王哲[9]（2020）在《白花泡桐丛枝病发生相关ceRNA研究》文中进行了进一步梳理泡桐（Paulownia spp.）是我国重要的速生用材和绿化树种,在防风固沙,改善生态环境,保障我国粮食安全等方面发挥重要作用。由植原体引起的泡桐丛枝病可导致幼树死亡,大树生长量下降,给泡桐产业造成了巨大的经济损失。过去,科技工作者对泡桐丛枝病开展了一系列研究,并取得了一定的进步,但由于植原体难以体外培养,致使泡桐丛枝病的发病机理尚不十分清楚。竞争性内源RNA（ceRNA）在调控基因表达、抵抗环境胁迫、植物生长发育等方面具有重要的生物学意义。本研究以白花泡桐健康苗、丛枝病苗和不同浓度甲基磺酸甲酯（MMS）和利福平（Rif）处理丛枝病苗为材料,开展了ceRNA表达谱,泡桐丛枝病发生特异相关ceRNA调控网络,特异相关miR156f分子功能等研究工作,并取得了一系列成果。现将主要研究结果归纳如下:1.建立了泡桐丛枝病发生模拟系统。本研究利用不同浓度的MMS和Rif处理白花泡桐丛枝病苗,模拟了泡桐丛枝病恢复和发病的过程,60 mg·L-1MMS或100 mg·L-1Rif处理丛枝病苗后,随着处理时间的延长,幼苗逐渐恢复为健康状态,且其体内检测不到植原体。20 mg·L-1MMS或30mg·L-1Rif处理丛枝病苗后,幼苗也可恢复为健康状态,但体内仍含有植原体,将此幼苗继代到不含MMS和Rif的培养基中,幼苗又出现丛枝病症状,并且随着培养时间的延长,体内植原体含量逐渐升高。该结果表明MMS和Rif处理可控制植原体在泡桐体内存在数量,该系统可模拟泡桐丛枝病发生的动态变化过程,克服了植原体不能体外培养的困难,为后续泡桐丛枝病研究奠定基础。2.建立了白花泡桐丛枝病发生的ceRNA表达谱。本研究以模拟系统中两种试剂在不同时间点处理的白花泡桐丛枝病苗和健康苗为材料,通过高通量测序,共鉴定到28,514个转录本,668个miRNA及其4,395个靶基因,5,118个lnc RNA及其7,242个靶基因,9,927个circ RNA及其5,045个hosting基因。GO功能分析显示这些基因主要参与生物过程、转录调控和转录等过程;KEGG分析表明这些基因主要参与植物病原体相互作用、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢等代谢通路,意味着这些代谢过程中的基因与泡桐丛枝病发生密切相关,为研究泡桐丛枝病发生提供了数据支撑。3.构建了白花泡桐丛枝病发生特异相关ceRNA调控网络,并进行了转基因验证。本研究以建立的白花泡桐丛枝病发生的ceRNA表达谱为基础,利用趋势分析,共鉴定到与泡桐丛枝病发生相关的17个转录本,4个miRNA,4个lnc RNA和6个circ RNA,通过ceRNA分析,发现了circ RNA7714-miR156f-SPL3是与泡桐丛枝病发生特异相关的ceRNA,并在毛果杨中验证其功能,结果显示miR156f过表达植株分枝增多,Pf SPL3过表达植株未出现分枝现象。该结果为泡桐丛枝病发病机理研究提供了理论依据。4.阐明了白花泡桐丛枝病发生特异相关miR156f及其靶基因Pf SPL3的分子功能。利用降解组测序、RLM-5′-RACE和双荧光素酶报告系统验证了miR156f和Pf SPL3之间的靶向关系。利用酵母双杂交、双分子荧光互补、免疫共沉淀和GST-pull down技术发现并证实了SPL3和RPN3之间的互作关系。并发现了Pf SPL3发生了泛素化,且其调控的靶基因主要参与植物激素信号传导、苯丙烷生物合成、碳代谢和油菜素类固醇生物合成等代谢通路。该结果为阐明泡桐丛枝病发病机制奠定基础。
于丽波[10]（2020）在《深海嗜耐压菌群落结构与耐压新种的环境适应机制》文中进行了进一步梳理深海是全球最大的生态系统,根据深度可分为深层区（1000-3000m）,深渊区（3000-6000m）和超深渊区（6000-10000m）。深海是一个高压、低温（除了海底热液口）、黑暗及寡营养的多重极端环境,深海环境被认为是研究地球原始环境的一个窗口。压力作为深海最显着的环境因子,是如何影响深海微生物及其群落结构的,仍然是一个值得研究的重要问题。因此研究深海嗜耐压微生物群落结构及其与环境因子的相互关系,分析嗜耐压菌对压力等极端环境的适应机制,这对于生命的起源和演化这一重大科学问题具有重要意义。本文利用目前国际上最先进的载人潜水器“蛟龙号”采集的太平洋雅浦海沟超深渊与深渊沉积物样品,采用不同的深海原位模拟培养条件,研究嗜耐压微生物的群落结构特征及其与环境因子的关系;并利用发现的深海耐压新种,探索它的深海极端环境适应机制。本文通过不同压力、营养和传代培养雅浦海沟五个不同站位的沉积物样品,分析研究不同富集条件下嗜耐压微生物的群落结构,并与未培养的原位微生物群落结构对比分析,发现高压低营养条件的富集产物多样性丰富,且与原位微生物群落结构最接近。同时压力是影响富集培养原位微生物的最大因素,其次是营养。雅浦海沟耐嗜压微生物群落结构主要包括奇古菌门（Thaumarchaeota）的Nitrososphaeria纲和变形菌门（Proteobacteria）的γ、α和β类群,以及微量的绿弯菌门（Chloroflexi）的S085类群和浮霉菌门（Planctomycetes）的Phycisphaerae纲。雅浦海沟沉积物嗜耐压微生物中,最大的优势类群是奇古菌门（Thaumarchaeota）,且90%属于Nitrososphaeria纲Nitrosopumilaceae科。奇古菌门（Thaumarchaeota）是典型的氨氧化古菌,还可固定二氧化碳,因此奇古菌（Thaumarchaeota）在雅浦海沟生态系统的C和N循环中扮演着重要的角色。雅浦海沟深渊区和超深渊区的微生物营养类型的分布具有明显的差异:从深渊区到超深渊区,化能自养菌逐渐减少,异养菌逐渐增加;尤其是异养的γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）和芽孢杆菌纲（Bacilli）在超深渊区聚集。两个区域的样品经过高压低营养富集培养后,微生物群落结构也有较大的差异:变形菌门（Proteobacteria）的γ类群在深渊区含量明显增加;奇古菌门（Thaumarchaeota）的Nitrosopumilacea类群和绿弯菌门（Chloroflexi）的SAR202clade在超深渊区含量明显增加。为了获取更多的深海微生物,本论文不仅选择了太平洋雅浦海沟的沉积物样品,还选择了西南印度洋的沉积物样品,通过不同的温度、压力和营养等培养条件进行富集,然后在常压条件下分离纯化,共得到1000余株耐压细菌,其中8株为耐压新种,包括耐压海洋芽孢杆菌（Oceanobacillus piezotolerans）YLB-02T,雅浦赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus yapensis）YLB-03T,耐压芽孢杆菌（Bacillus piezotolerans）YLB-04T,耐压海洋单胞菌（Marinomonas piezotolerans）YLB-05T,嗜冷耐压希瓦菌（Shewanella psychropiezotolerans）YLB-06T和YLB-07T,广嗜冷希瓦菌（Shewanella eurypsychrophilus）YLB-08T和YLB-09T,它们都可以生长在0.1-50MPa。这些新获取的耐压细菌,不仅丰富了深海耐嗜压微生物资源,还为探索深海微生物的耐嗜压机制提供了科研基础。获取的耐压微生物资源中,γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）最多,其中有4株嗜冷耐压新种,因此选择嗜冷耐压希瓦氏菌（Shewanella psychropiezotolerans）YLB-06T作为代表,研究其环境适应机制。通过进化分析发现,希瓦氏菌从浅海到深海,再到深渊的演化过程,遵循着基因组先趋向于基因获得后趋向于精简的规律。YLB-06T是希瓦氏菌从深海到深渊演化的过度物种,因此YLB-06T的全基因组是目前已知的希瓦氏菌中最大的基因组,普遍存在多拷贝基因现象,含双鞭毛系统、多套趋化系统、多套菌毛系统、多个抗氧化基因、多套重金属耐受基因簇、10对毒素-抗毒素系统还有三个孢子形成蛋白,这些特征都与它适应深海高压低温环境有关。通过对YLB-06T原位环境条件（高压低温23MPa/4°C）和最适生长条件（常压较高温0.1MPa/10°C）的转录组分析,发现高压低温条件下明显上调的差异表达基因主要与代谢有关,包括氨基酸代谢、碳水化合物代谢和能量代谢等。因此,YLB-06T可能是利用多种方式在运动、附着、生物膜的形成以及细胞间的相互作用,实现氨基酸的积累,并通过灵活利用碳代谢和能量代谢,以获取更多的能量,来适应深海极端环境。综上所述,奇古菌门在所调查的雅浦海沟沉积物中是最优势的微生物类群;高压低营养条件最适合富集培养深海微生物;通过耐压菌分离获得了多株深海耐压细菌新种;通过比较基因组和转录组学分析发现嗜冷耐压希瓦氏菌具有多套极端环境适应策略。因此本研究为认识深海嗜耐压微生物群落结构及其极端环境适应机制提供了参考。
二、EB病毒编码的信号转导模拟分子研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、EB病毒编码的信号转导模拟分子研究进展（论文提纲范文）
（1）基于二代测序和甲基化谱测序数据筛选EBV相关胃癌预后基因（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 摘要 |
| Abstracts |
| 前言 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 RNA-seq数据集 |
| 1.2 基于GSE51575和TCGA-STAD数据集筛选EBV相关胃癌差异表达基因 |
| 1.3 EBV相关胃癌差异表达基因的KEGG/GO功能通路富集分析 |
| 1.4 EBV相关胃癌差异表达基因蛋白-蛋白相互作用网络的构建与关键节点基因的筛选 |
| 1.5 关键节点基因预后模型的构建 |
| 1.5.1 关键节点基因在胃癌患者中的生存预后分析 |
| 1.5.2 预后基因在胃癌患者中的基因表达水平分析 |
| 1.5.3 预后基因在不同EBV相关胃癌数据集中的基因表达水平分析 |
| 1.5.4 EBV相关胃癌预后基因的相关性分析 |
| 1.6 EBV相关胃癌预后基因的甲基化分析与预后联合分析 |
| 1.6.1 预后基因在EBV相关胃癌组织中的甲基化水平分析 |
| 1.6.2 预后基因在EBV相关胃癌组织中的甲基化与基因表达水平的联合分析 |
| 1.6.3 预后基因在EBV相关胃癌中甲基化与转录组联合生存预后分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 筛选获得181个EBV相关胃癌的差异表达基因 |
| 2.2 EBV相关胃癌差异表达基因的功能和通路富集分析 |
| 2.3 获得EBV相关胃癌DEGs蛋白-蛋白互作网络与关键节点基因 |
| 2.4 EBV相关胃癌Hub基因的功能和通路富集分析 |
| 2.5 生存预后分析筛选获得5个EBV相关胃癌预后基因 |
| 2.6 5个预后基因在胃癌组织中的表达分析 |
| 2.7 5个预后基因在胃癌发生过程中的相关性分析 |
| 2.8 预后基因在EBV相关胃癌中的DNA甲基化水平和转录组水平联合分析 |
| 2.9 预后基因在EBV相关胃癌中的DNA甲基化水平和转录组联合生存预后分析 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 EB病毒与胃癌关系的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）BLV-miRNAs调控人源靶基因预测及对人淋巴细胞基因表达的影响（论文提纲范文）
| 英文缩略词 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 1.文献综述 |
| 1.1 BLV研究进展 |
| 1.1.1 BLV生物学概述 |
| 1.1.2 BLV的流行情况 |
| 1.1.3 BLV的传播途径 |
| 1.1.4 BLV对免疫功能的危害 |
| 1.1.5 BLV引发的公共卫生问题 |
| 1.2 miRNA研究进展 |
| 1.2.1 miRNA生物学概述 |
| 1.2.2 miRNA的生物合成途径 |
| 1.2.3 miRNA的生物学功能 |
| 1.2.4 病毒源性miRNA的研究进展 |
| 1.2.5 BLV可以编码miRNA |
| 1.2.6 miRNA的跨界调控现象 |
| 1.2.7 BLV-miR-B4-3p |
| 1.3 本研究的目的与意义 |
| 2.材料及方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 主要仪器设备 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 BLV miRNAs靶基因预测结果及分析 |
| 2.2.2 BLV-miR-B4-3p对人淋巴细胞影响的转录组学研究 |
| 2.2.3 qPCR检测免疫相关基因mRNA的表达 |
| 3.结果 |
| 3.1 BLV miRNA靶基因预测结果及分析 |
| 3.1.1 BLV miRNAs靶向人源基因预测结果 |
| 3.1.2 BLV miRNAs靶向评分前十位基因功能分析 |
| 3.1.3 多个BLV miRNA共同靶向基因的最小自由能和二级结构 |
| 3.1.4 BLV miRNAs靶向调控人源白血病的候选靶基因 |
| 3.1.5 BLV miRNAs靶向调控人源乳腺癌的候选靶基因 |
| 3.1.6 BLV-miR-B4-3p免疫功能相关靶基因qRT-PCR验证 |
| 3.2 BLV-miR-B4-3p对人淋巴细胞影响的转录组学研究 |
| 3.2.1 转录组测序结果整理与质量分析 |
| 3.2.2 差异表达基因分析 |
| 3.2.3 差异表达基因功能GO富集分析 |
| 3.2.4 差异基因KEGG富集分析 |
| 3.2.5 转录组差异基因验证 |
| 3.3 BLV-miR-B4-3p对人淋巴细胞细胞因子mRNA表达量的影响 |
| 3.3.1 BLV-miR-B4-3p在人淋巴细胞中最适转染时间的确定 |
| 3.3.2 不同浓度BLV-miR-B4-3p mimics对淋巴细胞Th-1 型细胞因子mRNA表达量的影响 |
| 3.3.3 不同浓度BLV-miR-B4-3p mimics对淋巴细胞Th-2 型细胞因子mRNA表达量的影响 |
| 3.3.4 不同浓度BLV-miR-B4-3p mimics对淋巴细胞增殖活化负调节因子mRNA表达量的影响 |
| 4.讨论 |
| 4.1 BLV miRNA靶基因分析 |
| 4.2 BLV-miR-B4-3p对人淋巴细胞影响的转录组学研究 |
| 4.3 BLV-miR-B4-3p对人免疫相关基因mRNA表达量的影响 |
| 5.结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 附录 |
（3）1、DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究 2、EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义（论文提纲范文）
| 英语缩略词 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究 |
| 导论 |
| 1. 膀胱癌概述 |
| 2. 基因拷贝数变异的生物学意义 |
| 3. 基因拷贝数变异与恶性肿瘤的关系 |
| 4. 膀胱癌中的基因拷贝数异常 |
| 5. 问题与展望 |
| 6. 本项研究的目的和基本策略 |
| 结果 |
| 第一节 本研究入组病例及其临床病理特征 |
| 1. 膀胱癌肿瘤组织病例 |
| 1.1 膀胱癌肿瘤组织病例的临床病理特征 |
| 1.2 膀胱癌肿瘤组织病例随访情况 |
| 2. 膀胱癌尿样本 |
| 2.1 膀胱癌尿样本病例的临床病理特征 |
| 2.2 膀胱癌尿样本病例随访情况 |
| 第二节 膀胱癌组织中DNA拷贝数异常改变辅助膀胱癌预后判断 |
| 1. DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的相关性分析 |
| 1.1 膀胱癌肿瘤组织中的DNA拷贝数异常 |
| 1.2 膀胱癌肿瘤组织中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的关系 |
| 2. DNA拷贝数异常与患者预后的相关性分析 |
| 2.1 DNA拷贝数异常与非肌层浸润性膀胱癌预后的相关性 |
| 2.2 DNA拷贝数异常与肌层浸润性膀胱癌预后的相关性 |
| 3. 基于临床病理风险因素与DNA拷贝数异常的预后预测模型 |
| 3.1 Cox风险比例回归分析影响膀胱癌患者无瘤生存期的独立预后因素 |
| 3.2 基于膀胱癌独立预后因素构建预后预测模型 |
| 3.2.1 构建非肌层浸润性膀胱癌患者预后预测模型 |
| 3.2.2 构建肌层浸润性膀胱癌患者预后预测模型 |
| 3.2.3 高风险非肌层浸润性膀胱癌患者预后预测 |
| 第三节 基于Real-time PCR方法检测膀胱癌术前尿脱落细胞中DNA拷贝数异常改变辅助膀胱癌预后判断 |
| 1. 膀胱癌患者尿样本中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的相关性分析 |
| 1.1 膀胱癌患者术前尿样本中的DNA拷贝数异常改变 |
| 1.2 术前尿样本中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的关系 |
| 2. 膀胱癌患者术前尿样本中DNA拷贝数异常与预后的相关性分析 |
| 2.1 术前尿样本中DNA拷贝数异常与预后的关系 |
| 2.2 术前尿样本中DNA拷贝数异常与非肌层浸润性膀胱癌短期肿瘤复发的相关性 |
| 2.3 构建非肌层浸润性膀胱癌短期肿瘤复发预测模型 |
| 第四节 基于3D数字PCR方法检测膀胱癌术前尿脱落细胞中DNA拷贝数异常改变辅助膀胱癌预后判断 |
| 1. 膀胱癌患者术前尿样本中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的相关性分析 |
| 1.1 膀胱癌患者术前尿样本中的DNA拷贝数异常改变 |
| 1.2 术前尿样本中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的关系 |
| 2. 3D数字PCR与real-time PCR对尿液中拷贝数变异分子的检测效能比较 |
| 2.1 受试者工作曲线分析比较两者检测效能 |
| 2.2 构建基于3D数字PCR的术前尿样本诊断模型 |
| 3. 膀胱癌患者术前尿样本中DNA拷贝数异常与预后的相关性分析 |
| 3.1 尿样本中DNA拷贝数异常与非肌层浸润性膀胱癌预后的相关性 |
| 3.2 尿样本中DNA拷贝数异常与肌层浸润性膀胱癌预后的相关性 |
| 讨论 |
| 1. 膀胱癌相关分子标志物研究的策略 |
| 2. 组织中膀胱癌预后相关分子标志物 |
| 3. 尿液中膀胱癌预后相关分子标志物 |
| 4. 3D数字PCR在膀胱癌患者尿液检测中的应用 |
| 5. CEP63、FOSL2及PAQR6的异常改变与肿瘤的关系 |
| 6. 本项研究的局限性 |
| 本章小结 |
| 材料与方法 |
| 一、研究病例和实验材料 |
| 1. 膀胱癌患者及其生物学样品 |
| 2. 生物样品收集、制备和鉴定所需试剂 |
| 3. 实时荧光定量PCR |
| 4. 3D数字PCR |
| 5. 引物序列 |
| 6. 主要仪器和设备 |
| 7. 主要分析软件 |
| 二、实验方法 |
| 1. 尿沉渣DNA提取 |
| 2. 实时荧光定量PCR |
| 3. 扩增产物质量检测 |
| 4. 引物扩增标准曲线 |
| 5. 3D数字PCR |
| 6. 统计学方法 |
| 第二章 EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义 |
| 导论 |
| 1. EB病毒概述 |
| 2. EB病毒相关的上皮性恶性肿瘤 |
| 3. EB病毒编码基因及其变异与恶性肿瘤的关系 |
| 4. EB病毒编码的小RNA与恶性肿瘤的关系 |
| 5. 本项研究的目的和策略 |
| 结果 |
| 第一节 EB病毒编码的miRNA在胃癌中的表达及其医学生物学意义 |
| 一、研究入组病例及其临床病理特征 |
| 二、EB病毒相关胃癌中病毒及宿主miRNA的表达 |
| 1. EB病毒相关胃癌中病毒miRNA的表达谱 |
| 1.1 miRNA芯片质量控制 |
| 1.2 EB病毒相关胃癌肿瘤组织中病毒miRNA的表达谱 |
| 1.3 EB病毒相关胃癌细胞系中病毒miRNA的表达谱 |
| 1.4 EB病毒相关胃癌中高表达的病毒miRNA |
| 1.5 探索EB病毒相关胃癌中高表达病毒miRNA的靶基因及其功能 |
| 2. EB病毒相关胃癌中宿主miRNA的表达 |
| 2.1 EB病毒相关胃癌组织中宿主miRNA的差异表达分析 |
| 2.2 EB病毒相关胃癌细胞系中宿主miRNA的差异表达分析 |
| 2.3 EB病毒相关胃癌中与病毒有关的宿主miRNA |
| 3. EB病毒编码的miRNA与宿主miRNA的相关性分析 |
| 3.1 探索EB编码的miRNA与宿主细胞miRNA表达的相关性 |
| 3.2 探索与EB病毒miRNA与相关宿主miRNA结构的相关性 |
| 3.3 探索与EB病毒相关的宿主miRNA的靶基因及其功能 |
| 三、EB病毒相关胃癌中病毒miRNA对宿主基因表达的影响 |
| 1. EB病毒相关胃癌中差异表达的宿主基因 |
| 1.1 转录组测序EB病毒相关胃癌组织中宿主基因的差异表达 |
| 1.2 公共数据库中EB病毒相关胃癌组织中宿主基因的差异表达 |
| 1.3 EB病毒相关胃癌与EB病毒阴性胃癌中宿主基因的差异表达 |
| 2. 差异表达的宿主基因与病毒miRNA的相关性 |
| 2.1 从差异表达的宿主基因中筛选病毒与宿主miRNA的共同靶基因 |
| 2.2 病毒与宿主miRNA共同靶基因KEGG信号通路富集 |
| 四、EB病毒相关胃癌中病毒miRNA的功能研究 |
| 1. 瞬时转染后细胞中miR-BART1-3p和miR-BART7-3p的表达变化 |
| 2. EB病毒miRNA对胃癌细胞增殖能力的影响 |
| 2.1 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p过表达对细胞增殖能力的影响 |
| 2.2 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p敲降对细胞增殖能力的影响 |
| 3. EB病毒miRNA对胃癌细胞周期的影响 |
| 3.1 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p过表达对细胞周期的影响 |
| 3.2 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p敲降对细胞周期的影响 |
| 4. EB病毒miRNA对胃癌细胞迁移能力的影响 |
| 4.1 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p过表达对细胞迁移能力的影响 |
| 4.2 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p敲降对细胞迁移能力的影响 |
| 第二节 EB病毒编码的miRNA在鼻咽癌中的表达及其医学生物学意义 |
| 一、研究入组病例及其临床病理特征 |
| 二、鼻咽癌中EB病毒miRNA的表达 |
| 三、鼻咽癌中EB病毒miR-BART7-3p的功能研究 |
| 1. 瞬时转染后细胞中miR-BART7-3p的表达变化 |
| 2. miR-BART7-3p对鼻咽癌细胞增殖能力的影响 |
| 2.1 miR-BART7-3p过表达对鼻咽癌细胞增殖能力的影响 |
| 2.2 miR-BART7-3p敲降对鼻咽癌细胞增殖能力的影响 |
| 3. miR-BART7-3p对鼻咽癌细胞周期的影响 |
| 3.1 miR-BART7-3p过表达对鼻咽癌细胞周期的影响 |
| 3.2 miR-BART7-3p敲降对鼻咽癌细胞周期的影响 |
| 4. miR-BART7-3p对鼻咽癌细胞迁移能力的影响 |
| 4.1 miR-BART7-3p过表达对鼻咽癌细胞迁移能力的影响 |
| 4.2 miR-BART7-3p敲降对鼻咽癌细胞迁移能力的影响 |
| 讨论 |
| 1. 临床相关研究质量控制 |
| 2. EB病毒相关胃癌中病毒miRNA的研究 |
| 3. 本项研究中病毒miRNA在EB病毒相关胃癌中的表达及其意义 |
| 4. 鼻咽癌中病毒miRNA的研究 |
| 5. 本项研究中病毒miRNA在鼻咽癌中的表达及其意义 |
| 本章小结 |
| 材料与方法 |
| 一、实验材料 |
| 1. EB病毒相关胃癌患者及其生物学样品 |
| 2. 鼻咽癌相关患者及其生物学样品 |
| 3. 临床样品收集、制备和鉴定所需试剂 |
| 4. 主要试剂盒 |
| 5. 实时定量荧光PCR试剂 |
| 6. 细胞培养和miRNA转染 |
| 7. 常用试剂配制 |
| 8. 细胞培养用主要器皿 |
| 9. 主要仪器 |
| 10. 主要分析软件 |
| 二、实验方法 |
| 1. 基因表达谱芯片技术 |
| 2. 芯片数据读取 |
| 3. 芯片数据预处理和标准化 |
| 4. 第二代测序 |
| 5. miRNA实时定量荧光PCR |
| 6. 总RNA样品的提取、制备及质量鉴定 |
| 7. 细胞生物学实验方法 |
| 参考文献 |
| 基金资助 |
| 致谢 |
（4）肾组织中与狼疮性肾炎相关的失调基因生物信息学分析鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 中英文缩略词表 |
| 第1章 引言 |
| 第2章 资料和方法 |
| 2.1 芯片基因数据资料 |
| 2.2 数据处理 |
| 2.2.1 差异基因的筛选 |
| 2.2.2 差异基因的交集分析 |
| 2.2.3 基因注释与富集分析 |
| 2.2.4 蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络分析和关键基因簇的筛选 |
| 2.2.5 关键信号途径富集 |
| 2.2.6 关键转录因子的筛选 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 样品处理和差异表达基因的筛选 |
| 3.2 生物学功能注释结果 |
| 3.3 细胞组分注释结果 |
| 3.4 GO细胞功能富集分析结果 |
| 3.5 KEGG途径富集分析结果表明DGEs与病毒感染相关 |
| 3.6 建立PPI网络并挖掘关键基因簇 |
| 3.7 寻找关键基因簇中的关键信号通路 |
| 3.8 寻找可能调控关键基因途径的关键转录因子 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 第6章 展望与不足 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的学术成果 |
| 综述 关于狼疮性肾炎的风险基因相关研究进展 |
| 参考文献 |
（5）TCGA和ACRG分型在河北省胃癌人群中应用价值的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写 |
| 引言 |
| 第一部分 ACRG分型在河北省胃癌人群中的临床特征及预后意义 |
| 前言 |
| 资料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 TCGA分型在河北省胃癌人群中的临床特征及预后意义 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分 ACRG亚型MSI和EMT存在预后差异的分子机制探索 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 TCGA和ACRG相关检测指标在胃癌中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（6）HLA-DPB1和EB病毒gp42蛋白的结合方式与新疆地区霍奇金淋巴瘤发病的相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 新疆地区EB病毒阳性霍奇金淋巴瘤患者的生存状况分析 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 临床资料的收集 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 HLA-DPB1与EB病毒gp42 蛋白的结合方式研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 主要试剂与耗材 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 实验方法与步骤 |
| 1.5 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 新疆地区EB病毒阳性霍奇金淋巴瘤患者的免疫分子检测 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 主要实验试剂与耗材 |
| 1.3 主要实验方法与步骤 |
| 1.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 EB病毒与霍奇金淋巴瘤发病机制的相关研究 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（7）缺硒通过LncRNA TCONS18040481/miR-7b调控TNFR1诱导鸡肝细胞程序性坏死的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 缺硒对机体损伤及其研究进展 |
| 1.1.1 缺硒对肝脏疾病发生的研究进展 |
| 1.1.2 mRNA转录组在缺硒病中应用的研究进展 |
| 1.1.3 非编码RNA(ncRNA)在缺硒病中的研究进展 |
| 1.2 ceRNA调控网络的研究进展 |
| 1.2.1 ceRNA假说及其调控网络成员 |
| 1.2.2 ncRNA与肝脏疾病关系的研究进展 |
| 1.3 程序性坏死的研究进展 |
| 1.3.1 程序性坏死概述 |
| 1.3.2 TNFα/TNFR1信号调控程序性坏死 |
| 1.3.3 NF-κB/ROS途径参与TNFα/TNFR1信号对程序性坏死的调控 |
| 1.4 研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 主要仪器与试剂 |
| 2.1.1 主要仪器 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 试验动物分组与采样 |
| 2.2.2 肝脏组织显微结构的观察 |
| 2.2.3 肝脏组织转录组的检测方法 |
| 2.2.4 蛋白提取与Western blot(WB)的检测方法 |
| 2.2.5 RT-qPCR法对肝脏组织和LMH细胞中miRNA表达的检测方法 |
| 2.2.6 RT-qPCR法对肝脏组织和LMH细胞中lncRNA和mRNA表达的检测方法 |
| 2.2.7 鸡LMH传代细胞的培养 |
| 2.2.8 miR-7b过表达/敲低LMH细胞模型的建立 |
| 2.2.9 TNFR1抑制LMH细胞模型的建立 |
| 2.2.10 细胞核与细胞质内RNA分离的方法 |
| 2.2.11 miR-7b与TNFR1靶向关系的双荧光素酶报告基因系统验证方法 |
| 2.2.12 LncRNA Tcons_18040481过表达/抑制LMH细胞模型的建立 |
| 2.2.13 LncRNA Tcons_18040481与miR-7b靶向关系的双荧光素酶报告基因系统验证方法 |
| 2.2.14 鸡LMH细胞中TNFR1和NF-κB的免疫荧光(IF)的检测方法 |
| 2.2.15 AO/EB检测鸡LMH细胞坏死的方法 |
| 2.2.16 流式细胞术检测鸡LMH细胞坏死的方法 |
| 2.2.17 ROS与氧化应激相关指标的检测方法 |
| 2.3 试验数据的统计与分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 缺硒鸡肝脏组织病理学的观察结果 |
| 3.2 缺硒鸡肝脏组织程序性坏死和炎症相关蛋白表达的检测结果 |
| 3.3 缺硒鸡肝脏转录组测序结果 |
| 3.3.1 缺硒鸡肝脏组织中mRNA的测序结果 |
| 3.3.2 缺硒肝脏组织差异mRNA基因功能富集分析结果 |
| 3.3.3 缺硒鸡肝脏组织中miRNA的测序结果与验证 |
| 3.3.4 缺硒鸡肝脏组织中差异miRNA预测靶基因的GO和KEGG富集结果 |
| 3.3.5 缺硒鸡肝脏组织中LncRNA的测序结果与验证 |
| 3.3.6 缺硒鸡肝脏组织中差异lncRNA预测靶基因的GO和KEGG富集结果 |
| 3.3.7 差异miRNA和LncRNA潜在互作网络 |
| 3.4 miR-7b调控程序性坏死的检测结果 |
| 3.4.1 miR-7b过表达和抑制LMH细胞模型的建立 |
| 3.4.2 miR-7b过表达和抑制对LMH细胞坏死的AO/EB检测结果 |
| 3.4.3 miR-7b过表达和抑制对LMH细胞坏死的流式细胞术检测结果 |
| 3.4.4 miR-7b过表达和抑制对程序性坏死通路中蛋白表达影响的检测结果 |
| 3.5 miR-7b对 TNFR1 靶向关系的验证 |
| 3.5.1 miR-7b与TNFR1靶向关系的预测结果 |
| 3.5.2 miR-7b与TNFR1靶向关系的双荧光素酶报告基因系统验证结果 |
| 3.5.3 miR-7b过表达和抑制后TNFR1表达的检测结果 |
| 3.6 miR-7b通过TNFR1对NF-κB通路调控的检测结果 |
| 3.6.1 miR-7b过表达和抑制对NF-κB通路调控的检测结果 |
| 3.6.2 miR-7b抑制同时抑制TNFR1对NF-κB通路调控的检测结果 |
| 3.7 miR-7b抑制通过TNFR1对程序性坏死调控的检测结果 |
| 3.7.1 miR-7b抑制同时抑制TNFR1对细胞坏死水平的检测结果 |
| 3.7.2 miR-7b抑制同时抑制TNFR1对程序性坏死通路中蛋白表达影响的检测结果 |
| 3.8 miR-7b过表达和抑制对LMH细胞内氧化应激水平影响的检测结果 |
| 3.9 Tcons_18040481与miR-7b靶向关系的验证 |
| 3.9.1 Tcons_18040481细胞内的定位分析结果 |
| 3.9.2 Tcons_18040481与miR-7b靶向关系的双荧光素酶报告基因系统验证结果 |
| 3.9.3 过表达和敲低Tcons_18040481与miR-7b验证两者表达关系的检测结果 |
| 3.9.4 过表达和敲低Tcons_18040481对TNFR1表达影响的检测 |
| 3.10 过表达Tcons_18040481对程序性坏死影响的检测结果 |
| 3.10.1 过表达Tcons_18040481对程序性坏死水平影响的检测结果 |
| 3.10.2 过表达Tcons_18040481对程序性坏死通路中蛋白表达影响的检测结果 |
| 3.11 过表达Tcons_18040481通过TNFR1对NF-κB通路调控的检测结果 |
| 3.11.1 过表达和敲低Tcons_18040481对NF-κB通路调控的检测结果 |
| 3.11.2 过表达Tcons_18040481同时敲低TNFR1对NF-κB通路相关基因蛋白水平影响的检测结果 |
| 3.12 过表达Tcons_18040481同时抑制TNFR1对程序性坏死影响的检测结果 |
| 3.12.1 过表达Tcons_18040481同时敲低TNFR1对程序性坏死水平影响的检测结果 |
| 3.12.2 过表达Tcons_18040481同时敲低TNFR1对程序性坏死相关基因蛋白水平影响的检测结果 |
| 3.13 过表达Tcons_18040481对LMH细胞内氧化应激水平影响的检测结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 缺硒对肝脏组织损伤的影响 |
| 4.2 缺硒对转录组的影响 |
| 4.2.1 缺硒对mRNA转录组的影响 |
| 4.2.2 缺硒对lncRNA转录组的影响 |
| 4.2.3 缺硒对miRNA转录组的影响 |
| 4.3 Tcons_18040481对miR-7b及下游靶基因TNFR1 的影响 |
| 4.3.1 Tcons_18040481作为miR-7b的分子海绵调控miR-7b的表达 |
| 4.3.2 miR-7b对TNFR1表达的影响 |
| 4.4 缺硒通过调控Tcons_18040481/miR-7b/TNFR1激活NF-κB/ROS信号通路诱导鸡肝细胞程序性坏死 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
（8）PIK3CA基因在鼻咽癌发生发展及放疗抵抗中的作用机制研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 PIK3CA基因表达模式及其对鼻咽癌发生发展和细胞生物学行为的作用研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 统计分析 |
| 1.5 技术路线图 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 miR-515-5p在 PIK3CA诱导的鼻咽癌细胞增殖、凋亡和放疗抵抗中作用研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 使用试剂与仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 统计学分析 |
| 1.5 技术路线图 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 NPC细胞中PVT1/miR-515-5p-PIK3CA轴调控机制研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 试剂与仪器 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.4 统计学处理 |
| 1.5 技术路线图 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 PIK3CA 基因与头颈部肿瘤发病相关性研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（9）白花泡桐丛枝病发生相关ceRNA研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 英文缩略表 |
| 摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 植原体病害研究概况 |
| 1.1.1 植原体病害症状 |
| 1.1.2 植原体的传播及分类 |
| 1.1.3 植原体病害诊断 |
| 1.1.3.1 形态学检测 |
| 1.1.3.2 组织化学检测 |
| 1.1.3.3 免疫学检测 |
| 1.1.3.4 核酸检测 |
| 1.1.4 植原体基因组 |
| 1.2 植物病害发生与ceRNA变化 |
| 1.2.1 转录组研究 |
| 1.2.2 miRNA研究 |
| 1.2.3 lncRNA研究 |
| 1.2.4 circRNA研究 |
| 1.3 泡桐丛枝病研究进展 |
| 1.3.1 泡桐丛枝病症状 |
| 1.3.2 泡桐丛枝病发病规律 |
| 1.3.3 泡桐丛枝病发病机理 |
| 1.3.3.1 泡桐丛枝病发生的生理生化研究 |
| 1.3.3.2 泡桐丛枝病发生的组学变化研究 |
| 1.3.4 泡桐丛枝病的防治 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 第二章 泡桐丛枝病发生模拟系统的建立 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.2.1 试剂处理方法 |
| 2.1.2.2 不同处理条件下白花泡桐幼苗形态变化观察 |
| 2.1.2.3 不同处理条件下白花泡桐幼苗丛枝植原体含量的测定 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同处理条件下白花泡桐幼苗形态变化 |
| 2.2.2 不同处理条件下白花泡桐幼苗丛枝植原体含量变化 |
| 2.2.3 泡桐丛枝病发生模拟系统建立 |
| 2.3 小结和讨论 |
| 2.3.1 小结 |
| 2.3.2 讨论 |
| 第三章 白花泡桐丛枝病发生ceRNA表达谱分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.1.2.1 总RNA提取及检测 |
| 3.1.2.2 建库及测序 |
| 3.1.2.3 生物信息分析 |
| 3.1.2.4 转录本组装 |
| 3.1.2.5 miRNA的鉴定及其靶基因预测 |
| 3.1.2.6 lncRNA的鉴定及其靶基因预测 |
| 3.1.2.7 circRNA鉴定及其功能分析 |
| 3.1.2.8 差异ceRNA分析 |
| 3.1.2.9 qRT-PCR验证 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 白花泡桐转录本表达谱 |
| 3.2.1.1 白花泡桐转录本的鉴定及功能分析 |
| 3.2.1.2 泡桐丛枝病恢复和发病过程中白花泡桐转录本变化 |
| 3.2.1.3 qRT-PCR验证转录本的表达 |
| 3.2.2 白花泡桐miRNA表达谱 |
| 3.2.2.1 白花泡桐miRNA的鉴定及其靶基因预测 |
| 3.2.2.2 泡桐丛枝病恢复和发病过程中白花泡桐miRNA变化 |
| 3.2.2.3 白花泡桐miRNA的qRT-PCR验证 |
| 3.2.3 白花泡桐lncRNA表达谱 |
| 3.2.3.1 白花泡桐lncRNA的鉴定、分类和功能分析 |
| 3.2.3.2 泡桐丛枝病恢复和发病过程中白花泡桐lnc RNA变化 |
| 3.2.3.3 白花泡桐mRNA和lncRNA特征的比较 |
| 3.2.3.4 白花泡桐lncRNA的qRT-PCR验证 |
| 3.2.4 白花泡桐circRNA表达谱 |
| 3.2.4.1 白花泡桐circRNA的鉴定及功能分析 |
| 3.2.4.2 泡桐丛枝病恢复和发病过程中白花泡桐circRNA变化 |
| 3.2.4.3 白花泡桐circRNA的qRT-PCR验证 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 3.3.1 小结 |
| 3.3.2 讨论 |
| 第四章 白花泡桐丛枝病发生特异相关ceRNA研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.2.1 泡桐丛枝病相关RNA的鉴定 |
| 4.1.2.2 ceRNA网络构建 |
| 4.1.2.3 白花泡桐SPL基因家族鉴定及分析 |
| 4.1.2.4 q RT-PCR验证 |
| 4.1.2.5 miR156f与PfSPL3的转化试验 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 白花泡桐丛枝病发生特异相关转录本的鉴定 |
| 4.2.2 白花泡桐丛枝病发生特异相关miRNA的鉴定 |
| 4.2.3 白花泡桐丛枝病发生特异相关lnc RNA的鉴定 |
| 4.2.4 白花泡桐丛枝病发生特异相关circ RNA的鉴定 |
| 4.2.5 泡桐丛枝病发生特异相关ceRNA网络的构建及分析 |
| 4.2.6 泡桐丛枝病发生特异相关ceRNA的 q RT-PCR验证 |
| 4.2.7 miR156f及其靶基因PfSPL3的功能验证 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 4.3.1 小结 |
| 4.3.2 讨论 |
| 第五章 白花泡桐丛枝病发生特异相关miR156f的分子功能分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 白花泡桐丛枝病发生特异相关miR156f与PfSPL3靶向关系验证 |
| 5.1.2.1 降解组测序验证miR156f与PfSPL3靶向关系 |
| 5.1.2.2 RLM-5'RACE验证miR156f与 PfSPL3靶向关系 |
| 5.1.2.3 双荧光素酶报告基因试验miR156f与PfSPL3靶向关系 |
| 5.1.3 白花泡桐miR156f的模拟靶标鉴定 |
| 5.1.4 白花泡桐丛枝病发生特异相关miR156f靶基因SPL3互作蛋白 |
| 5.1.4.1 酵母双杂试验筛选SPL3互作蛋白 |
| 5.1.5 体内验证蛋白互作 |
| 5.1.6 体外验证蛋白互作 |
| 5.1.7 PfSPL3调控基因预测 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 miR156f与PfSPL3关系 |
| 5.2.1.1 降解组测序验证miR156f和PfSPL3靶向关系 |
| 5.2.1.2 RLM-5'RACE确定miR156f剪切PfSPL3位点 |
| 5.2.1.3 双萤光素酶报告试验确定miR156f靶向调控PfSPL3 |
| 5.2.2 miR156f的模拟靶标 |
| 5.2.3 白花泡桐丛枝病发生特异相关miR156f靶基因SPL3互作蛋白 |
| 5.2.3.1 酵母双杂试验筛选SPL3互作蛋白 |
| 5.2.3.2 SPL3互作蛋白的体内验证 |
| 5.2.3.3 SPL3互作蛋白的体外验证 |
| 5.2.4 PfSPL3调控基因预测 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 5.3.1 小结 |
| 5.3.2 讨论 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| ABSTRACT |
| 附录 |
| 攻读博士期间发表论文 |
（10）深海嗜耐压菌群落结构与耐压新种的环境适应机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 课题来源及研究背景 |
| 1.1.1 课题来源 |
| 1.1.2 研究背景 |
| 1.2 深渊微生物多样性的研究进展 |
| 1.3 极端微生物多样性的研究进展 |
| 1.4 嗜压细菌的研究进展 |
| 1.5 多样性分析方法研究进展 |
| 1.5.1 基于纯培养的传统分析方法 |
| 1.5.2 基于分子生物学技术的传统分析方法 |
| 1.5.3 基于高通量测序的微生物多样性分析方法 |
| 1.6 细菌多相分类学研究进展 |
| 1.6.1 传统分类学研究 |
| 1.6.2 基因型分类学研究 |
| 1.7 微生物对压力的适应机制研究进展 |
| 1.7.1 核酸 |
| 1.7.2 脂类 |
| 1.7.3 蛋白质 |
| 1.7.4 鞭毛系统 |
| 1.7.5 与压力相关的基因 |
| 1.8 本文的研究目的和意义 |
| 1.9 本文的主要研究内容 |
| 第2章 实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 样品来源 |
| 2.1.2 培养基 |
| 2.1.3 试剂 |
| 2.1.4 仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 高压富集培养和分离纯菌 |
| 2.2.2 高通量测序 |
| 2.2.3 荧光定量PCR |
| 2.2.4 细菌群落多样性分析 |
| 2.2.5 新种多相分类学鉴定 |
| 2.2.6 基因组分析 |
| 2.2.7 转录组分析 |
| 第3章 雅浦海沟耐嗜压微生物群落结构特征的研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 耐嗜压微生物群落结构特征分析 |
| 3.2.1 α和β多样性分析 |
| 3.2.2 细菌群落的组成分析 |
| 3.2.3 定量分析 |
| 3.2.4 关键物种分析 |
| 3.2.5 网络拓扑结构分析 |
| 3.3 微生物群落结构的比较分析 |
| 3.3.1 不同培养条件的耐嗜压微生物群落结构的差异 |
| 3.3.2 关键物种在群落结构中的关键作用 |
| 3.3.3 深渊和超深渊耐嗜压微生物群落结构的比较分析 |
| 3.3.4 不同海沟耐嗜压微生物群落特征的差异 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 深海可培养耐压细菌的分离鉴定 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 深海耐压细菌的分离鉴定 |
| 4.2.1 雅浦海沟可培养耐压细菌的分离 |
| 4.2.2 西南印度洋可培养耐压细菌的分离 |
| 4.3 海洋芽孢杆菌(Oceanobacillus piezotolerans)YLB-02~T多相分类研究 |
| 4.3.1 YLB-02~T的16S r RNA基因分析及系统发育树的构建 |
| 4.3.2 YLB-02~T的生理生化分析 |
| 4.3.3 YLB-02~T的化学成分分析 |
| 4.3.4 YLB-02~T的分子生物学分析 |
| 4.3.5 YLB-02~T的新种描述 |
| 4.4 赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus yapensis)YLB-03~T多相分类研究 |
| 4.4.1 YLB-03~T的16S r RNA基因分析及系统发育树的构建 |
| 4.4.2 YLB-03~T的生理生化分析 |
| 4.4.3 YLB-03~T的化学成分分析 |
| 4.4.4 YLB-03~T的分子生物学分析 |
| 4.4.5 YLB-03~T的新种描述 |
| 4.5 芽孢杆菌(Bacillus piezotolerans)YLB-04 T多相分类研究 |
| 4.5.1 YLB-04~T的16S r RNA基因分析及系统发育树的构建 |
| 4.5.2 YLB-04~T的生理生化分析 |
| 4.5.3 YLB-04~T的化学成分分析 |
| 4.5.4 YLB-04~T的分子生物学分析 |
| 4.5.5 YLB-04~T的新种描述 |
| 4.6 海洋单胞菌属(Marinomonas piezotolerans)YLB-05 T多相分类研究 |
| 4.6.1 YLB-05~T16S r RNA基因分析及系统发育树的构建 |
| 4.6.2 YLB-05~T生理生化分析 |
| 4.6.3 YLB-05~T化学成分分析 |
| 4.6.4 YLB-05~T分子生物学分析 |
| 4.6.5 YLB-05~T新种描述 |
| 4.7 四株嗜冷耐压希瓦氏菌的多相分类研究 |
| 4.7.1 16SrRNA基因分析及系统发育树的构建 |
| 4.7.2 生理生化分析 |
| 4.7.3 化学成分分析 |
| 4.7.4 分子生物学分析 |
| 4.7.5 新种描述 |
| 4.8 本章小结 |
| 第5章 耐压希瓦氏菌YLB-06T的压力适应机制 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 嗜冷耐压希瓦氏菌(Shewanella psychropiezotolerans)YLB-06T基因组描述. |
| 5.2.1 基因组基本特征 |
| 5.2.2 基因组功能分析 |
| 5.3 希瓦氏菌从浅海到深渊的演化过程 |
| 5.3.1 海洋希瓦氏菌的基因组变化与水深有关 |
| 5.3.2 希瓦氏菌从上层海洋到深渊带的演化历史 |
| 5.4 转录组分析 |
| 5.4.1 菌株YLB-06低温高压高表达基因分析 |
| 5.4.2 菌株YLB-06在进化中获得的基因在低温高压下表达的转录分析 |
| 5.5 与压力适应机制相关的分析 |
| 5.6 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
四、EB病毒编码的信号转导模拟分子研究进展（论文参考文献）
- [1]基于二代测序和甲基化谱测序数据筛选EBV相关胃癌预后基因[D]. 曾宪长. 福建医科大学, 2021(02)
- [2]BLV-miRNAs调控人源靶基因预测及对人淋巴细胞基因表达的影响[D]. 王雍. 黑龙江八一农垦大学, 2021
- [3]1、DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究 2、EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义[D]. 蔡曌. 北京协和医学院, 2021
- [4]肾组织中与狼疮性肾炎相关的失调基因生物信息学分析鉴定[D]. 王晓雨. 南昌大学, 2021(01)
- [5]TCGA和ACRG分型在河北省胃癌人群中应用价值的研究[D]. 王强. 河北医科大学, 2021(02)
- [6]HLA-DPB1和EB病毒gp42蛋白的结合方式与新疆地区霍奇金淋巴瘤发病的相关性研究[D]. 李红玉. 新疆医科大学, 2021(08)
- [7]缺硒通过LncRNA TCONS18040481/miR-7b调控TNFR1诱导鸡肝细胞程序性坏死的研究[D]. 李晓晶. 东北农业大学, 2020
- [8]PIK3CA基因在鼻咽癌发生发展及放疗抵抗中的作用机制研究[D]. 韩艳艳. 新疆医科大学, 2020(03)
- [9]白花泡桐丛枝病发生相关ceRNA研究[D]. 王哲. 河南农业大学, 2020(03)
- [10]深海嗜耐压菌群落结构与耐压新种的环境适应机制[D]. 于丽波. 哈尔滨工业大学, 2020(01)